معلومة

تسمية الإنزيم الصحيحة

تسمية الإنزيم الصحيحة


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

لقد لاحظت أن العديد من مقالات ويكيبيديا والدورات التدريبية ومواقع المسارات تستخدم اختصارًا مختلفًا لنفس الإنزيم. على سبيل المثال: تسرد ويكيبيديا اختصار طفرة الفوسفوجليسيرات كـ PGM ، بينما تسردها wikipaths على أنها PGAM في مسار تحلل السكر. ثم هناك إنزيمات مثل فوسفات glyceraldehyde 3 والتي يتم اختصارها إما GAPDH أو G3PDH. وقد أدى ذلك إلى العديد من الالتباسات ، لا سيما عندما يكون اختصار الإنزيم مختلفًا تمامًا عن اختصار الجين ، على سبيل المثال: بروتين كيناز أ (PKA).

بالنسبة للأسماء الرسمية للجينات ، أستخدم genenames.org. اعتقدت أنه قد يكون من الممارسات الشائعة اختصار إنزيم باختصاره الجيني ، لكنني أرى أن هذا يمثل مشكلة نظرًا لأن العديد من الإنزيمات يتم ترميزها بواسطة وحدات فرعية وجينات متعددة من مواقع مختلفة.

هل هناك موقع أو طريقة لمعرفة الاسم الرسمي / الاختصار الصحيح والمعترف به على نطاق واسع بشكل لا لبس فيه للإنزيم ، كما هو الحال بالنسبة للجينات؟


لا ، ليس هذا ما رأيته من قبل. تقليديًا ، تعد معرفات لجنة الإنزيم (EC) هي الطريقة الوحيدة للتأكد من أن اثنين (أو أكثر) من الاختصارات أو الاختصارات تشير جميعها إلى نفس نشاط الإنزيم. في بعض الأحيان ، عندما يصبح الموقف معقدًا للغاية ، ستشارك الأطراف المعنية في تأليف اصطلاح تسمية جديد مقترح داخل الحقل الفرعي الخاص بهم. قد تتطلب بعض المجلات اختصارات محددة ، ولكن بخلاف ذلك ، يتمتع المؤلفون بحرية استخدام أي تسميات يرغبون فيها.


نظام تصنيف وتسمية الإنزيمات IUB

Ø الانزيمات يتم تصنيفها بناءً على التفاعل الذي تحفزه.

Ø عادة ، تتم تسمية الإنزيمات بإضافة اللاحقة "-ase" لاسم الركيزة الخاصة بهم أو إلى كلمة تصف نشاطهم.

$. يوريس: - يحفز التحلل المائي لليوريا.

$. بوليميراز الحمض النووي:& # 8211 يحفز بلمرة الحمض النووي.

Ø العديد من الإنزيمات لها أسماء شائعة توفر القليل من المعلومات حول التفاعلات التي تحفزها.

Ø مثال: التربسين - إنزيم محلل للبروتين يفرزه البنكرياس.

قواعد تسمية وتصنيف الإنزيمات

Ø يتبع علماء الكيمياء الحيوية قواعد منهجية لـ التسمية (التسمية) و تصنيف من الانزيمات.

Ø تم إعداد قواعد تسمية وتصنيف الإنزيمات بواسطة الاتحاد الدولي للكيمياء الحيوية (IUB *) في عام 1964.

Ø * IUB هو الآن IUBMB (الاتحاد الدولي للكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية).

Ø في نظام IUB ، كل إنزيم له اسم ورقم تعريف فريد.

Ø يتكون الاسم المنهجي لكل إنزيم من جزأين.

$. اسم المادة المتفاعلة(س)

$. تليها كلمة تنتهي بـ "-ase" تحديد نوع تفاعل

Ø مثال: نازعة هيدروجين الكحول

Ø غالبًا ما يكون الاسم الموصى به للإنزيم للاستخدامات اليومية هو اسم الإنزيم المستخدم مسبقًا (الاسم الشائع)

Ø يسمى رقم التعريف الفريد للإنزيم رقم لجنة الإنزيم (رقم EC)

نظام تصنيف الانزيم IUB

Ø تم تصنيف جميع الإنزيمات إلى سبع فئات رئيسية (* سابقًا ستة) بناءً على نوع تفاعل يحفزون.

Ø تم تقسيم هذه المجموعات إلى أقسام فرعية وتقسيمها إلى مزيد من الفئات الفرعية.

Ø بناءً على هذا التصنيف ، "رقم فريد من أربعة أرقام' (مسمى رقم EC) لكل إنزيم كرمز تعريف (يتم وصف مفهوم رقم EC أدناه).

ستة أصناف من الإنزيمات (نظام IUB)

(1). أوكسيدوروكتاز

(2). المحولات

(3). هيدروليسات

(5). الايزوميراز

(7). حقائب شفافة

(1). أوكسيدوروكتاز

Ø تحفيز Oxidoreductases أكسدة و تخفيض ردود الفعل (تفاعلات الأكسدة والاختزال).

Ø هذا التفاعل يشمل نقل البروتونات أو الإلكترونات بين الركائز.

Ø مثال: ديهيدروجينيز الكحول ، أوديديز

(2). المحولات

Ø تحفيز النقل نقل من أ مجموعة وظيفية من مادة إلى أخرى.

Ø المجموعات التي تنقلها هذه الإنزيمات عادة هي الميثيل مجموعة، إيثيل مجموعة، امينو مجموعة، فوسفات المجموعة وما إلى ذلك)

Ø مثال: ناقلة أمين ، نوكليوزيد أحادي الفوسفات كيناز (إن إم بي كيناز)

(3). هيدروليسات

Ø Hydrolases تحفز التحلل المائي (الانهيار) التفاعل مع الماء (نقل المجموعات الوظيفية إلى الماء)

Ø مثال: ليباز ، أميليز ، ببتيداز

Ø تحفيز Lyases إضافة مجموعات لمضاعفة الروابط وتشكيل روابط مزدوجة من قبل إزالة المجموعات.

Ø مثال: فوماراس ، ديكاربوكسيلاز

(5). إيزوميراز:

Ø تحفز الأيزوميرات نقل المجموعات داخل الجزيئات لإنتاج أشكال أيزومرية (تفاعلات أيزومرية).

Ø يحفز ضمجزيئي عامل ضمن الجزيئ (ضمن الجزيء) نقل المجموعة.

Ø مثال: ثلاثي إيزوميراز فوسفات الفوسفات ، فوسفوجلوكوموتاز

Ø تحفيز Ligases تركيز (الانضمام) من جزيئين مع حساب الطاقة من التحلل المائي ATP.

Ø يحفز تكوين روابط C - C و C - S و C - O و C - N عن طريق تفاعل التكثيف المقترن بانقسام ATP.

Ø مثال: Aminoacyl-tRNA synthetase ، DNA ligase

(7 *). حقائب شفافة

Ø * هذه الفئة هي فئة رئيسية مضافة حديثًا لتصنيف إنزيم IUBMB.

Ø تحفز حقائب النقل حركة الأيونات أو الجزيئات عبر أغشية أو فصلها داخل الأغشية.

سينثيز ATP (المصدر: ويكيبيديا)

ميزات نظام IUB لتصنيف الإنزيمات

Ø تم تصنيف جميع الإنزيمات إلى 7 فصول رئيسية.

Ø تنقسم كل فئة رئيسية إلى الفئات الفرعية.

Ø تنقسم كل فئة فرعية إلى الفئات الفرعية الفرعية.

Ø تم تعيين كل إنزيم مع محدد رقم الكود.

Ø يسمى هذا الرقم الكود رقم لجنة الإنزيم (رقم EC).

Ø يتكون رقم EC من 4 أرقام، مفصوله ب فترات.

Ø يشير كل رقم في رقم EC إلى فئة معينة في التصنيف.

$. مثال: نازعة هيدروجين الكحول (EC رقم 1.1.1.1)

$. الرقم الأول يشير إلى الفئة الرئيسية

$. الرقم الثاني يشير إلى فئة فرعية

$. الرقم الثالث يشير إلى الفئة الفرعية

$. يشير الرقم الرابع إلى الاسم المحدد المنهجي للإنزيم.

Ø يتكون الاسم المنهجي المحدد للإنزيم من جزأين.

$. الجزء الأول يشير إلى اسم الركيزة.

$. الجزء الثاني يشير إلى طبيعة رد الفعل.

$. مثال: الكحول ديهيدروجينيز (ADH)

مثال على رقم EC:

Ø ضع في اعتبارك التفاعل التالي في تحلل السكر.

ATP + D- جلوكوز → ADP + D- جلوكوز 6 فوسفات

Ø الإنزيم المسؤول عن هذا التفاعل هو Hexokinase.

Ø الاسم الجديد لـ hexokinase وفقًا لـ IUMB هو ATP- الجلوكوز فسفو ترانسفيراز.

Ø يشير الاسم إلى انتقال مجموعة الفوسفوريل من ATP إلى الجلوكوز.

Ø EC عدد Hexokinase هو 2.7.1.1

$. الرقم الأول (2) يشير إلى اسم الفئة (Transferases).

$. الرقم الثاني (7): فئة فرعية (Phosphotransferases).

$. الرقم الثالث (1) إنزيم فسفوتانسفيراز مع مجموعة هيدروكسيل كمستقبل.

$. الرقم الرابع (1) د الجلوكوز كمتقبل لمجموعة الفوسفوريل.

Ø لأي إنزيم ، أ اسم تافه أكثر شيوعًا.

Ø هنا الاسم هو Hexokinase.

Lehninger AB ، (2018) ، كتاب الكيمياء الحيوية ، إد. 5 ، بيرسون الدولية ، نيويورك

بيرج ، جي إم ، تيموكزكو ، جيه إل وسترير ، إل. ، 2012. الكيمياء الحيوية / جيريمي إم بيرج ، جون إل. تيموكزكو ، لوبرت سترير مع جريجوري جاتو ، الابن.

Voet ، D. ، Voet ، J.G. and Pratt، CW، 2013. أساسيات الكيمياء الحيوية: الحياة على المستوى الجزيئي

هل تحب هذا المنشور & # 8230
يرجى ترك لي في قسم التعليقات أدناه.
سأكون سعيدا لقراءة تعليقاتكم والرد.


محتويات

الكلمة التسمية مشتق من اللاتينية لا رجال ('اسم و كالار ('للإتصال'). المصطلح اللاتيني تسمية يشير إلى قائمة الأسماء ، وكذلك الكلمة التسمية، والتي يمكن أن تشير أيضًا إلى مزود أو مذيع للأسماء.

تُعرف دراسة أسماء العلم باسم onomastics، والتي لها نطاق واسع يشمل جميع الأسماء واللغات والمناطق الجغرافية ، وكذلك المناطق الثقافية. [5]

التمييز بين علم التسميات والتسميات ليس واضحًا بسهولة: علم التسميات هو نظام غير مألوف لمعظم الناس ، كما أن استخدام المصطلحات بالمعنى الأكاديمي غير معروف أيضًا. على الرغم من أن الحقلين يتكاملان ، إلا أن التسمية تهتم أكثر بالقواعد والاتفاقيات المستخدمة في تكوين الأسماء. [ بحاجة لمصدر ]

بسبب الدوافع الاجتماعية والسياسية والدينية والثقافية ، قد يتم إعطاء أسماء مختلفة للأشياء المتشابهة ، في حين قد يتم إعطاء أشياء مختلفة نفس الاسم والتي ترتبط ارتباطًا وثيقًا بأشياء مماثلة يمكن اعتبارها منفصلة ، بينما من ناحية أخرى قد يتم اعتبار أشياء مختلفة بشكل كبير. تعتبر نفسها.

على سبيل المثال ، كل من الهندية والأردية هما لغتان هندوستانيتان مفهمتان بشكل وثيق (أحدهما سنسكريتي والآخر عربي). ومع ذلك ، فقد فضلهم الهندوس والمسلمون كلغات منفصلة ، كما رأينا في سياق الصراع الهندوسي الإسلامي الذي أدى إلى عنف تقسيم الهند عام 1947. في المقابل ، تعتبر اللهجات غير المفهومة بشكل متبادل والتي تختلف اختلافًا كبيرًا في البنية ، مثل العربية المغربية والعربية اليمنية والعربية اللبنانية ، نفس اللغة بسبب الهوية الدينية القومية الإسلامية. [6] [7] [8]

تزودنا الأسماء بطريقة هيكلة ورسم خريطة للعالم في أذهاننا ، لذلك ، بطريقة ما ، تعكس أو تمثل كائنات تجربتنا.

تحرير الأسماء والكلمات واللغة والمعنى

لقد وفر توضيح الروابط بين اللغة (خاصة الأسماء والأسماء) والمعنى والطريقة التي ندرك بها العالم حقلاً ثريًا من الدراسة للفلاسفة واللغويين. تشمل مجالات الدراسة ذات الصلة: التمييز بين أسماء العلم وأسماء العلم [9] وكذلك العلاقة بين الأسماء ، [10] المراجع ، [11] المعاني (الدلالات) ، وهيكل اللغة.

تحرير التصنيف الشعبي

تم وصف التصنيف العلمي الحديث بأنه "في الأساس تدوين عصر النهضة لمبادئ التصنيف الشعبي."[12] يتم تمثيل الأنظمة الرسمية للتسميات العلمية والتصنيف من خلال التصنيف البيولوجي. وقد تم إنشاء جميع أنظمة التصنيف لغرض ما. ويرسي نظام التصنيف العلمي كل كائن حي ضمن التسلسل الهرمي المتداخل لفئات التصنيف المقبولة دوليًا. وتتضمن صيانة هذا النظام قواعد رسمية من التسميات والاجتماعات الدولية الدورية للمراجعة. تطور هذا النظام الحديث من التصنيف الشعبي لعصور ما قبل التاريخ.

التصنيف الشعبي يمكن توضيحها من خلال التقاليد الغربية للبستنة والبستنة. على عكس التصنيف العلمي ، تخدم التصنيفات الشعبية أغراضًا عديدة. من الأمثلة في البستنة تجميع النباتات وتسمية هذه المجموعات وفقًا لخصائصها واستخداماتها:

    والفواكه والنباتات المعمرة (طبيعة دورة الحياة) والفواكه وأعشاب الطهي والتوابل (استخدام الطهي) والأشجار والشجيرات (عادة النمو)
  • النباتات البرية والمزروعة (سواء تمت إدارتها أم لا) و (سواء كانت تعتبر مصدر إزعاج أم لا) ، إلخ.

يرتبط التصنيف الشعبي عمومًا بالطريقة التي يستخدم بها السكان الريفيون أو السكان الأصليون اللغة لفهم وتنظيم الأشياء من حولهم. يؤطر علم البيولوجيا الإثنية هذا التفسير إما من خلال "النفعيين" مثل برونيسلاف مالينوفسكي الذين يؤكدون أن الأسماء والتصنيفات تعكس بشكل أساسي الاهتمامات المادية ، و "المثقفون" مثل كلود ليفي شتراوس الذين يعتقدون أنهم ينبعون من العمليات العقلية الفطرية. [14] تمت مراجعة أدبيات التصنيفات الإثنوبيولوجية في عام 2006. [15] يتم تعريف التصنيف الشعبي بالطريقة التي يقوم بها أعضاء المجتمع اللغوي بتسمية النباتات والحيوانات وتصنيفها بينما يشير علم الأعراق إلى الهيكل الهرمي والمحتوى العضوي والوظيفة الثقافية التصنيف البيولوجي الذي وجده علماء البيولوجيا الإثنية في كل مجتمع حول العالم. [15]: 14

كشفت الدراسات الإثنوغرافية عن تسمية وتصنيف الحيوانات والنباتات في المجتمعات غير الغربية عن بعض المبادئ العامة التي تشير إلى الأسلوب المفاهيمي واللغوي للإنسان ما قبل العلم لتنظيم العالم البيولوجي بطريقة هرمية. [16] [17] [18] [19] تشير مثل هذه الدراسات إلى أن الرغبة في التصنيف هي غريزة الإنسان الأساسية. [20] [21]

  • في جميع اللغات ، يتم تمييز المجموعات الطبيعية من الكائنات الحية (الأصناف الحالية)
  • يتم ترتيب هذه المجموعات في مجموعات أكثر شمولاً أو فئات إثنوبيولوجية
  • يوجد في جميع اللغات حوالي خمس أو ست فئات إثنوبيولوجية من الشمولية المتدرجة
  • يتم ترتيب هذه المجموعات (الفئات الإثنوغرافية) بشكل هرمي ، وعمومًا في صفوف متنافية
  • غالبًا ما تكون الرتب التي يتم فيها تسمية وتصنيف كائنات معينة متشابهة في الثقافات المختلفة

المستويات التي تنتقل من الأكثر شمولاً إلى الأقل شمولاً هي:

  1. "مبتدئ فريد" - على سبيل المثال مصنع أو حيوان. نادرًا ما يستخدم اسم واحد شامل في التصنيفات الشعبية ولكنه يعادل بشكل فضفاض كائن حي أصلي ، "سلف مشترك"
  2. "شكل الحياة" - على سبيل المثال شجرة, عصفور, عشب و سمكة. هذه عادةً ما تكون معجم أولي (وحدات لغوية أساسية) مكافئة بشكل فضفاض لشعبة أو قسم بيولوجي رئيسي.
  3. "الاسم العام" - على سبيل المثال بلوط, صنوبر, روبن, سمك السلور. هذا هو لبنة البناء الأكثر عددًا والأساسية في جميع التصنيفات الشعبية ، والأكثر شيوعًا التي يشار إليها ، والأكثر أهمية من الناحية النفسية ، ومن بين اللبنات الأولى التي تعلمها الأطفال. يمكن عادةً ربط هذه الأسماء مباشرةً بمجموعة من المستوى الثاني. مثل أسماء شكل الحياة هذه هي معاجم أولية.
  4. "اسم محدد" - على سبيل المثال التنوب الأبيض, بعد البلوط. أكثر أو أقل من الأنواع. معجم ثانوي وأقل تكرارًا بشكل عام من الأسماء العامة.
  5. "اسم متنوع" - على سبيل المثال طفل ليما الفول, زبدة الفول ليما.

في جميع الثقافات تقريبًا ، تتم تسمية الكائنات باستخدام كلمة أو كلمتين مكافئة لكلمة "نوع" (جنس) و "نوع خاص" (محيط). [12] عندما تتكون من كلمتين (أ ذات الحدين) يتكون الاسم عادة من اسم (مثل ملح, كلب أو نجمة) وصفة الكلمة الثانية التي تساعد في وصف الأول ، وبالتالي تجعل الاسم ككل "محددًا" ، على سبيل المثال ، حضن الكلب, ملح البحر، أو نجم الفيلم. ربما يكون معنى الاسم المستخدم لاسم شائع قد فُقد أو نُسي (حلزون, الدردار, أسد, قرش, شخص شره) ولكن عندما يمتد الاسم الشائع إلى كلمتين أو أكثر ، يتم نقل الكثير عن استخدام الكائن الحي أو مظهره أو خصائصه الخاصة الأخرى (شعاع اللدغة, التفاح السام, العملاق النتن hogweed, قرش رأس المطرقة). هذه ذات الحدين الصفة الاسمية هي تمامًا مثل الأسماء الخاصة بنا مع عائلة أو لقب مثل سيمبسون واسم صفة آخر مسيحي أو اسم أسبق يحدد اسم سيمبسون ، على سبيل المثال هومر سيمبسون. يبدو من المعقول أن نفترض أن شكل الأسماء العلمية التي نطلق عليها المصطلحات ذات الحدين مشتق من هذه الطريقة البسيطة والعملية لبناء الأسماء الشائعة - ولكن باستخدام اللاتينية كلغة عالمية.

تمشيا مع وجهة النظر النفعية ، يؤكد مؤلفون آخرون أن علم التشابه العرقي يشبه "شبكة معقدة من التشابهات" أكثر من التسلسل الهرمي الأنيق. [22]

الاسم هو تسمية لأي اسم: يمكن للأسماء تحديد فئة أو فئة من الأشياء أو شيء واحد ، إما بشكل فريد أو ضمن سياق معين. تُعطى الأسماء ، على سبيل المثال ، إلى البشر أو أي كائنات أو أماكن أو منتجات أخرى - كما هو الحال في الأسماء التجارية - وحتى للأفكار أو المفاهيم. إن الأسماء كأسماء هي اللبنات الأساسية للتسميات.

الكلمة اسم ربما مشتق من الكلمة المفترضة للغة الهندية الأوروبية نومن. [23] التمييز بين الأسماء والأسماء ، إذا تم إجراؤها على الإطلاق ، دقيق للغاية ، [24] وإن كان واضحًا اسم يشير إلى الأسماء على أنها فئات معجمية ووظيفتها في سياق اللغة ، [25] بدلاً من ذلك باعتبارها "تسميات" للأشياء والخصائص.

تحرير الأسماء الشخصية

الأسماء الشخصية البشرية ، يشار إليها أيضًا باسم الأسماء المستعارة، [26] يتم تقديمها واستخدامها وتصنيفها بعدة طرق اعتمادًا على اللغة والثقافة. في معظم الثقافات (إندونيسيا هي استثناء واحد) ، من المعتاد إعطاء الأفراد اسمين على الأقل. في الثقافة الغربية ، يتم إعطاء الاسم الأول عند الولادة أو بعد ذلك بوقت قصير ويشار إليه بالاسم المعطى أو الاسم الأول أو اسم المعمودية (إذا تم تقديمه بعد ذلك) أو ببساطة الاسم الأول. في إنجلترا قبل الغزو النورماندي عام 1066 ، استخدمت المجتمعات الصغيرة من السلتيين والأنجلو ساكسون والإسكندنافيين عمومًا أسماء فردية: تم تحديد كل شخص باسم واحد إما كاسم شخصي أو لقب. مع زيادة عدد السكان ، أصبح من الضروري تدريجيًا التعرف على الأشخاص بشكل أكبر - مما أدى إلى ظهور أسماء مثل جون الجزار ، وهنري من ساتون ، وروجر بن ريتشارد. والتي تطورت بشكل طبيعي إلى جون بوتشر وهنري ساتون وروجر ريتشاردسون. نحن نعرف الآن هذا الاسم الإضافي بشكل مختلف كاسم ثانٍ ، واسم العائلة ، واسم العائلة ، واللقب ، أو أحيانًا الاسم المستعار ، وقد تسارع هذا الاتجاه الطبيعي من خلال التقليد النورماندي لاستخدام الألقاب التي تم إصلاحها وراثية داخل العائلات الفردية. معًا ، يُعرف هذان الاسمان الآن بالاسم الشخصي أو ببساطة الاسم. هناك العديد من الاستثناءات لهذه القاعدة العامة: غالبًا ما يُدخل الغربيون اسمًا ثالثًا أو أكثر بين الاسم الأول والألقاب. واصلة ، واسمهم قبل الزواج ولقب زوجهم ، تُدرج بعض الدول السلافية الشرقية اسم الأب (اسم مشتق من الاسم المعطى للأب) بين الاسم المعطى واسم العائلة في أيسلندا ، ويستخدم الاسم المعطى مع اسم الأب ، أو matronym (اسم مشتق من اسم الأم المعطى) ، ونادراً ما تستخدم الألقاب. الألقاب (تسمى أحيانًا الأسماء الخاطئة) هي أسماء غير رسمية تستخدم في الغالب بين الأصدقاء.

الأسماء الشائعة وأسماء العلم تحرير

الفرق بين أسماء العلم والأسماء الشائعة هو أن أسماء العلم تدل على كيان فريد مثل جسر لندن ، بينما تستخدم الأسماء الشائعة بمعنى أكثر عمومية للإشارة إلى فئة من الكائنات على سبيل المثال كوبري. العديد من أسماء العلم غامضة في المعنى لأنها تفتقر إلى أي معنى ظاهر بالطريقة التي تعني بها الكلمات العادية ، ربما لسبب عملي وهو أنه عندما تتكون من أسماء جماعية ، فإنها تشير إلى مجموعات ، حتى عندما يتم تصريفها للمفرد على سبيل المثال. "لجنة". تشير الأسماء الخرسانية مثل "الملفوف" إلى الأجسام المادية التي يمكن ملاحظتها بواسطة إحدى الحواس على الأقل بينما تشير الأسماء المجردة ، مثل "الحب" و "الكراهية" إلى أشياء مجردة. في اللغة الإنجليزية ، يتم تشكيل العديد من الأسماء المجردة عن طريق إضافة لاحقات تشكيل الأسماء ("-ness" ، "-ity" ، "-tion") إلى الصفات أو الأفعال على سبيل المثال. "السعادة" ، "الصفاء" ، "التركيز". الضمائر مثل "هو" و "هي" و "التي" و "تلك" تقف مكان الأسماء في الجمل الاسمية.

تختلف كتابة الأسماء بالأحرف الكبيرة باختلاف اللغة وحتى السياق المعين: غالبًا ما يكون للمجلات أنماط منزل خاصة بها للأسماء الشائعة.

تحرير الأسماء

يمكن التمييز بين أنواع معينة من الأسماء ببساطة عن طريق استخدام اللاحقة-الاسم من اليونانية أونوما (ὄνομα ، "الاسم"). لذلك لدينا ، على سبيل المثال ، الأسماء المائية لتسميات المسطحات المائية ، والمرادفات هي أسماء لها نفس المعنى ، وما إلى ذلك. يمكن وصف الحقل بأكمله بأنه chrematonymy - أسماء الأشياء.

تعديل الأسماء الجغرافية

الأسماء الجغرافية هي أسماء علم تُعطى لمختلف السمات الجغرافية (الأسماء الجغرافية) ، وكذلك للسمات الكونية (الكونية). يمكن أن يشمل ذلك أسماء الجبال والأنهار والبحار والقرى والبلدات والمدن والبلدان والكواكب والنجوم وما إلى ذلك. الأسماء الصحيحة للقرى والبلدات والمدن hodonymy ، ودراسة أسماء العلم للشوارع والطرق ، ودراسة الأسماء الصحيحة للمسطحات المائية أو الأسماء ، ودراسة الأسماء الصحيحة للجبال والتلال ، إلخ. [27] [28] [29]

تحظى أسماء المواقع الجغرافية بجاذبية شعبية بسبب اهتمامها الاجتماعي والثقافي والتاريخي وأهميتها بالنسبة لرسم الخرائط. ومع ذلك ، فقد وجد العمل على أصل أصل الأسماء الجغرافية أن العديد من أسماء الأماكن وصفية أو شرفية أو تذكارية ولكنها في كثير من الأحيان ليس لها معنى أو أن المعنى غامض أو مفقود. كما أن العديد من فئات الأسماء مترابطة في كثير من الأحيان. على سبيل المثال ، يتم اشتقاق العديد من أسماء الأماكن من الأسماء الشخصية (فيكتوريا) ، والعديد من أسماء الكواكب والنجوم مشتقة من أسماء الشخصيات الأسطورية (فينوس ونبتون) ، والعديد من الأسماء الشخصية مشتقة من أسماء الأماكن وأسماء الأمم وما شابه (وود ، بريدج). [30] [31]

التسمية والتصنيف والتعريف تحرير

بالمعنى العلمي الدقيق ، تعتبر التسمية جزءًا من (على الرغم من اختلافها عن) التصنيف. علاوة على ذلك ، فإن الدقة التي يطلبها العلم في التسمية الدقيقة للأشياء في العالم الطبيعي قد نتج عنها مجموعة متنوعة من رموز التسميات الطبيعية الدولية.

التصنيف يمكن تعريفها على أنها دراسة التصنيف بما في ذلك مبادئه وإجراءاته وقواعده ، [32]: 8 بينما تصنيف في حد ذاته هو ترتيب الأصناف (كائنات التصنيف) في مجموعات بناءً على أوجه التشابه أو الاختلاف. [33] [34] يستلزم القيام بالتصنيف تحديد ، ووصف ، [35] وتسمية الأصناف ، [36] وبالتالي فإن التسمية ، بالمعنى العلمي ، هي فرع من فروع التصنيف المعني بتطبيق الأسماء العلمية على التصنيف ، بناءً على عنصر معين نظام التصنيف ، وفقًا للقواعد والاتفاقيات الدولية المتفق عليها.

هوية يحدد ما إذا كان كائن حي معين يتطابق مع أحد الأصناف التي تم تصنيفها وتسميتها بالفعل - لذلك يجب أن يسبق التصنيف تحديد الهوية. [37] يشار إلى هذا الإجراء أحيانًا باسم عزم. [32] : 5

تحرير علم الأحياء

على الرغم من اعتماد نظام Linnaeus للتسميات ذات الحدين بسرعة بعد نشر كتابه Species Plantarum و Systema Naturae في 1753 و 1758 على التوالي ، فقد مر وقت طويل قبل أن يكون هناك إجماع دولي بشأن القواعد العامة التي تحكم التسميات البيولوجية. تم إنتاج أول كود نباتي في عام 1905 ، ورمز علم الحيوان في عام 1889 ورمز النبات المزروع في عام 1953. وظهر الاتفاق على تسمية ورموز الجينات في عام 1979.

تحرير علم الفلك

على مدى مئات السنين الماضية ، ارتفع عدد الأجسام الفلكية المحددة من المئات إلى أكثر من مليار ، ويتم اكتشاف المزيد كل عام. يحتاج علماء الفلك إلى تسميات منهجية عالمية لتحديد كل هذه الأجسام بشكل لا لبس فيه باستخدام اصطلاحات التسمية الفلكية ، مع تعيين أسماء للأشياء الأكثر إثارة للاهتمام ، وعند الاقتضاء ، تسمية السمات المهمة أو المثيرة للاهتمام لتلك الكائنات.

تحرير الكيمياء

ال تسميات IUPAC هو نظام لتسمية المركبات الكيميائية ولوصف علم الكيمياء بشكل عام. يتم صيانتها من قبل الاتحاد الدولي للكيمياء البحتة والتطبيقية.

  • ال كتاب أزرق[40] [41] و كتاب احمر: [42] المنشوران اللذان يحتويان على قواعد تسمية المركبات العضوية وغير العضوية. [43]
  • ال الكتاب الأخضر، يحتوي على توصيات لاستخدام الرموز للكميات المادية (بالاشتراك مع IUPAP) [44]
  • ال الكتاب الذهبي، يحدد عددًا كبيرًا من المصطلحات الفنية المستخدمة في الكيمياء. [45]

توجد خلاصات مماثلة للكيمياء الحيوية [46] (بالاشتراك مع IUBMB) والكيمياء التحليلية [47] والكيمياء الجزيئية. [48] ​​يتم استكمال هذه الكتب بتوصيات أقصر لظروف معينة والتي يتم نشرها من وقت لآخر في المجلة الكيمياء البحتة والتطبيقية. يمكن الوصول إلى هذه الأنظمة من خلال الاتحاد الدولي للكيمياء البحتة والتطبيقية (IUPAC).


لجان التسمية البيوكيميائية

ال الاتحاد الدولي للكيمياء البحتة و التطبيقية (IUPAC) و الاتحاد الدولي للكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية (IUBMB) اللجنة المشتركة IUPAC-IUBMB حول التسمية البيوكيميائية (JCBN) و لجنة التسمية التابعة للاتحاد الدولي للكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية (NC-IUBMB). ويرد في الفقرات أدناه عرض موجز لهدف وهدف هذه اللجان.

المزيد من المعلومات التفصيلية والتوصيات الخاصة بـ التسمية البيوكيميائية بما فيها تسمية الانزيم يمكن العثور عليها على موقع التسمية وعلى موقع ويب مزود بوظيفة بحث متطورة مخصصة لها تسمية الانزيم. يمكن العثور على رسائل JCBN الإخبارية على النشرات الإخبارية JCBN

الغرض من اللجان

الغرض من اللجان هو تسهيل توصيل المعلومات البيوكيميائية من خلال تشجيع العلماء على استخدام مصطلحات مفهومة بشكل عام.

يقدمون توصيات لهذا الهدف. تسعى اللجان للحصول على المشورة من الخبراء في مختلف مجالات الكيمياء الحيوية حول الأمور التي يصعب فيها الاتصال بسبب الممارسات غير المتسقة. هذه هي نقطة البداية لمعظم مبادرات اللجان. يشمل الخبراء الذين تم استشارتهم محرري المجلات ومديري قواعد البيانات. على سبيل المثال ، نشأت التوصيات الخاصة بتسمية القواعد المحددة بشكل غير كامل في متواليات الأحماض النووية (1984) من محاولة مجموعة دولية من الخبراء لحل الارتباك الذي نتج سابقًا عن وجود العديد من الأنظمة المختلفة لتمثيل مجموعات مثل " G أو C "، والتي تمت كتابتها بخمس طرق مختلفة على الأقل.

الأصول

تم إنشاء لجان التسميات الحالية من قبل الاتحاد الدولي للكيمياء الحيوية (IUB الآن الاتحاد الدولي للكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية ، IUBMB) والاتحاد الدولي للكيمياء البحتة والتطبيقية (IUPAC) لتحل محل لجنة IUPAC-IUB حول التسمية الكيميائية الحيوية (CBN ) ، الذي توقف في عام 1977. هناك لجنتان رسميًا:

  • JCBN ، اللجنة المشتركة IUPAC-IUBMB حول التسمية الكيميائية الحيوية
  • NC-IUBMB ، لجنة التسمية في IUBMB

باختصاصات مختلفة نوعًا ما. JCBN مسؤول بشكل مشترك أمام كل من الاتحادات الدولية ، ويتعامل مع مسائل التسميات الكيميائية الحيوية التي لها أهمية في كل من الكيمياء الحيوية والكيمياء. NC-IUBMB مسؤول فقط أمام IUBMB ويتعامل مع مسائل التسميات البيوكيميائية البعيدة عن اهتمامات الكيميائيين.

من الناحية العملية ، هناك تداخل كبير في مهام اللجنتين وهما دائمًا يعملان ويلتقيان كهيئة واحدة ، مع رئيس مشترك وسكرتير مشترك. يتم سرد الأعضاء الحاليين على شبكة الإنترنت. ما لم يُذكر خلاف ذلك ، فإن مصطلح "لجان التسمية" في هذه الصفحة يشير بشكل متساوٍ إلى JCBN و NC-IUBMB.

إجراءات وضع التوصيات الجديدة

يتم دائمًا إعداد التوصيات الأولية لأي موضوع من قبل خبراء في مجال الموضوع ، ولكن تتم دراستها لاحقًا من قبل لجان التسمية في محاولة لمواءمتها مع التوصيات في المجالات ذات الصلة بالكيمياء الحيوية ، أو في الواقع في الكيمياء والتخصصات الأخرى. على الرغم من أن هذه الخطوة غالبًا ما تبدو غير ضرورية للخبراء في مجال مقيد من الموضوع ، إلا أن أهميتها تظهر عندما يحاول المرء تقديم المعلومات على نطاق أوسع أو إلى جمهور أوسع. على سبيل المثال ، قبل بضع سنوات ، طُلب من لجان التسمية تقديم المشورة بشأن بعض مسودات التوصيات التي تم فيها اقتراح أنا (في الكتابة الرومانية العادية وبدون أي محددات) كرمز قياسي يمكن استخدامه بدون تعريف لجلوبيولين مناعي معين. أشر إلى أن هذا لا يمكن قبوله إلا في سياق ضيق للغاية ، لأنه سيكون مربكًا عندما تكون هناك حاجة إلى الرمز الكيميائي لليود ، أو إذا تم أيضًا استخدام الرمز المكون من حرف واحد للإيزولوسين ورمز القوة الأيونية (منفصلان تمامًا من الخلط مع الضمير الشخصي ، كما هو الحال ، على سبيل المثال ، في "لقد مزجت I مع هرمون الغدة الدرقية 131 المسمى I في محلول I = 0.5 مول / لتر يحتوي على 5 ملي مولار"). هناك حاجة إلى مزيد من المراجعة بعد اقتناع لجان التصنيف بأي توصيات ، حيث يتعين على الاتحادات الدولية ، التي تتحمل المسؤولية النهائية عن أي منشور ، أن تقتنع بأنها تمثل آراء مجموعة واسعة من الخبراء. تختلف إجراءات المراجعة الفعلية للاتحادان إلى حد ما ، لكن أهدافهما واحدة ، ولها أيضًا نتائج إضافية تتمثل في أن إعداد أي وثيقة بطيء لا محالة. حتى المستندات التي تم إنتاجها بسرعة أكبر ، مثل التسمية للقواعد المحددة بشكل غير كامل في تسلسل الأحماض النووية المذكورة أعلاه ، والتي لم تواجه عقبات خطيرة في طريق الموافقة ، تستغرق عادةً عامين على الأقل.

صلات مع هيئات أخرى

هناك حتما بعض التداخل بين عمل لجان التسميات البيوكيميائية والهيئات المماثلة في التخصصات الأخرى ، خاصة من خلال IUPAC القسم الثامن ، التسمية الكيميائية وتمثيل الهيكل. تتوفر العديد من توصيات تسميات IUPAC عبر الويب. لتجنب الوصول إلى توصيات متضاربة ، تحافظ لجان التسمية على علاقات وثيقة مع هذه الهيئات (وخلال وجود اللجان الحالية ، كانت دائمًا تضم ​​أعضاء حاليين أو سابقين في CNOC من بين أعضائها). نرحب دائمًا بالمدخلات من اللجان الأخرى المعنية بالتسميات الكيميائية الحيوية ، وأي هيئة مهتمة بإرسال مراقب إلى اجتماعات JCBN و NC-IUBMB مدعوة للاتصال بأمين السر ، الدكتور S Boyce.

نشر التوصيات

بصرف النظر عن تسمية الإنزيم ، التي تمت مناقشتها أدناه ، يتم نشر توصيات لجان التسمية في الأدبيات البحثية الأولية. تم نشر جميع توصيات JCBN في الكيمياء البحتة والتطبيقية ، وجميع توصيات JCBN و NC-IUBMB منشورة حاليًا في مجلة FEBS، المعروف سابقًا باسم المجلة الأوروبية للكيمياء الحيوية، بإذن من FEBS. تظهر العديد من المستندات أيضًا في مجلات أخرى ، وأي مجلة ترغب في إعادة نشر مستند يمكن أن تحصل عادةً على إثباتات جودة النسخ من مجلة FEBS ، لتجنب الحاجة إلى إعادة الإعداد. ومع ذلك ، لا يلزم استخدام هذه البراهين ، ويمكن للمجلات التي تفضل تعيين النوع بنفسها أن تفعل ذلك دون أي تعقيدات تتعلق بحقوق النشر. من وقت لآخر ، يتم نشر هذه الوثائق معًا كخلاصة وافية ، والتسميات الكيميائية الحيوية والوثائق ذات الصلة ، تم نشر أحدث إصدار بواسطة مطبعة بورتلاند لـ IUBMB في عام 1992 (ISBN 1 85578 005 4).

قائمة منشورات JCBN و NC-IUBMB متاحة عبر الويب ، والنصوص الكاملة لما يلي متوفرة أيضًا. سيتم إضافة الآخرين كما يسمح الوقت.


5: معلومات الإنزيم

لسهولة الاتصال ، تم تصنيف الإنزيمات إلى 6 فئات. يحتوي كل إنزيم على اسم منتظم ورقم رمز ، واسم شائع (أو اسم عمل - عادةً ما يكون أقل تعقيدًا). يخبرك الاسم المنهجي بشيء عن التفاعل ، في حين أن الاسم الشائع قد يكون أو لا. فيما يلي قائمة بالفئات المنهجية لأسماء الإنزيمات وأسس تصنيفها.

1. أوكسيدوروكتاز- انتقال الإلكترونات ، تفاعلات الأكسدة / الاختزال

التسمية: المانح: متقبل أوكسيدوروكتاز مثال: اللاكتات: ( mathrm> ) أوكسيدوروكتاز

(للتفاعلات التي تقلل / تتأكسد ( mathrm> ) ، ( mathrm> ) تُكتب دائمًا كمستقبل مستقل عن الاتجاه الفسيولوجي للتفاعل).

الأسماء الشائعة في هذه الفئة:

ديهيدروجينيز نقل الهيدروجين من متبرع إلى متقبل غير الأكسجين.

أوكسيديز نقل الهيدروجين (أو الكهربائي) من المتبرع إلى الأكسجين كمستقبل

تم دمج أكسجين الأوكسجين في الركيزة

2. ناقل نقل مجموعة من مركب (يسمى المتبرع) إلى آخر (المتقبل)

التسمية: المانح: متلقي grouptransferase مثال: ألانين: ( alpha ) - KG aminotransferase

(تتم كتابة ATP دائمًا كمتبرع مستقل عن الاتجاه الفسيولوجي للتفاعل).

( ( alpha ) - KG (= ( alpha ) ketoglutarate) يتم كتابتها دائمًا كمستقبل مستقل عن الاتجاه الفسيولوجي).

الأسماء الشائعة في هذه الفئة:

Kinase (= phosphotransferase) ينقل مجموعة الفوسفوريل من مركب إلى آخر

ترانساميناز (= ناقلة أمين) ينقل مجموعة أمينية إلى مجموعة كيتو

3. هيدرولاز الانقسام المائي- (يمكن اعتباره انتقالًا إلى ( mathrmيا> )). ( mathrmO> ) تستخدم لتقسيم رابطة واحدة مع إدخال الماء إلى منتجين.

التسمية: مجموعة الركيزة هيدرولاز

مثال: بيروفوسفات فوسفوهيدرولاز

الأنواع الفرعية الشائعة في هذه الفئة:

إزالة الفوسفاتيز من استرات الفوسفات مثال: بيروفوسفاتيز

4. لياز انشقاق C-C و C-O و C-N والروابط الأخرى عن طريق الإزالة ، تاركًا رابطة مزدوجة ، أو رد فعل عكسي - إضافة مجموعات إلى روابط مزدوجة.

التسمية: مجموعة الركيزة- لياز (الواصلة ضرورية في الاسم)

This is always written in the direction of cleavage. Thus substrate is the molecule that gets cleaved. What is written as the group in the name? Typically, the small group is written. When the two cleavage products are of equivalent size, then the group that underwent electronic rearrangement is designated.

hydro-lyase (NOT hydrolase) carboxy-lyase

5. Isomerase Intramolecular rearrangement

Nomenclature: substrate type of rearrangementisomerase

e.g., cis-transisomerase/ ketolisomerase

Common subtypes in this class:

mutase Intramolecular transfer of a group

epimerase Interconversion of chirality at one C

6. ليجاس Joining of two molecules with hydrolysis of nucleoside triphosphate

Nomenclature: X:Y ligase (____ forming)

another name for this type of reaction synthetase (all ligases could also be called synthetases)

CAREFUL: The term synthase is not a systematic class name, but a common name. Synthase does not tell you the reaction class, but synthetase indicates specifically the ligase class. Synthetase is synonymous with ligase.


There are three main groups of restriction endonucleases (REases) called Types I, II and III ( 1, 2). Since 1973, REases and DNA methyltransferases (MTases) have been named based on an original suggestion by Smith and Nathans ( 3). They proposed that the enzyme names should begin with a three‐letter acronym in which the first letter was the first letter of the genus from which the enzyme was isolated and the next two letters were the first two letters of the species name. Extra letters or numbers could be added to indicate individual strains or serotypes. Thus, the enzyme هينdII was one of four enzymes isolated from ح aemophilus في fluenzae serotype d . The first three letters of the name were italicized. Later, a formal proposition for naming the genes encoding REases and MTases was adopted ( 4). When there were only a handful of enzymes known, these schemes were very useful, but as more enzymes have been found, often from different genera and species with names whose three‐letter acronyms would be identical, considerable laxity in naming conventions has appeared. In addition, we now know that each major type of enzyme can contain sub‐types. This especially applies to the Type II enzymes, of which more than 3500 have been characterized ( 5). In this paper we revisit the naming conventions and outline an updated scheme that incorporates current knowledge about the complexities of these enzymes. We describe a set of naming conventions for REases and their associated MTases. Since the homing endonucleases ( 6) have been named in an analogous fashion, we propose that similar guidelines be applied to that group of enzymes. Finally, it is important to realize that the aim of this document is to provide a nomenclature for these enzymes, not to provide a rigorous classification.

First, we introduce a number of general changes, standard abbreviations and definitions that are recommended for use.

1. ‘Restriction enzyme’ and ‘restriction endonuclease’ should be regarded as synonymous and the abbreviation REase (or in some cases, R) is preferred. However, the abbreviation ENase, which has been used extensively, may also be used. Alternative names such as restrictases should be avoided. The abbreviation R‐M should be used for restriction‐modification. Homing endonuclease should be abbreviated HEase.

2. Methyltransferase is the preferred name, since it correctly describes the activity. Methylase, while in common use, is not strictly accurate and should be avoided in print. The abbreviation MTase (or in some cases, M) should be the standard.

3. Italics will no longer be used for the first three‐letter acronym of the REase or MTase name. Many journals already avoid italics and retaining the italic convention is not easily translated to computers and serves no essential purpose. The convention of naming different enzymes from the same isolate of the same organism with increasing Roman numerals will continue.

4. Restriction enzyme names should not include a space between the main acronym and the Roman numeral. This practice, which has been employed to avoid the inelegant look caused when characters in italic fonts are juxtaposed next to characters in a regular font, is incorrect. Now that italics will no longer be used in names there is no reason to continue this practice. The previous scheme of using a raised dot after the prefix will be abandoned and a normal dot (period) should be used. Furthermore, except for the single period or hyphen (in homing endonucleases) that is used to separate the prefix from the main part of the name, no punctuation marks, such as parentheses, periods, commas or slashes, should be used in REase or MTase names. Only alphanumeric characters should appear. Already the enzymes from نوستوك species C have been changed from their original Nsp(7524)I to NspI and many others have also changed. The most recent is Bst4.4I, which has changed to Bst44I.

5. The designation of the three main types of REases as Type I, Type II and Type III will continue, with the capital ‘T’ preferred. However, they will be divided into subtypes as indicated below. One new type of REase will be added. This is Type IV, which will include those systems that cleave only methylated DNA as their substrate and show only weak specificity, such as the McrA, McrBC and Mrr systems of الإشريكية القولونية.

6. The sequence databases contain many genes that are excellent candidates to encode DNA MTases and REases, based on sequence similarity. These will be named according to the same guidelines as are used for biochemically characterized enzymes, but will carry the suffix P to indicate their p utative nature. Once they have been characterized biochemically and shown to be active, the P will be dropped and their names will be changed to a regular name with the next Roman numeral that is appropriate.

7. The current convention of naming R‐M enzymes with a prefix M, R, etc. will be expanded to include the protein products of related genes such as the controlling proteins (e.g. C.BamHI) and the nicking enzymes that cleave G/T mismatches (e.g. V.HpaII for the vsr‐like enzyme associated with the HpaII system) and N.BstNBI for the regular nicking enzymes. In addition, up to two characters will be allowed in the prefix. This will enable enzymes, such as Eco57I, with both REase activity and MTase activity fused in a single protein to be designated RM.Eco57I. Its accompanying MTase would remain as M.Eco57I. Note that the current convention of permitting the REase to be named either with or without the ‘R’ prefix will be continued. Thus, R.EcoRI and EcoRI will be considered synonymous as will RM.Eco57I and Eco57I. For certain nicking enzymes that have been obtained from the Type IIT enzymes, where one of the two heterodimeric subunits has been inactivated the resultant mutant nicking enzymes should be called Nt.BbvCI or Nb.BbvCI, where the ‘t’ and the ‘b’ indicate cleavage of the top or bottom strand of the normal recognition sequence.

8. When two REase or MTase genes are present and associated with a single R‐M system they should be referred to with the second character of the prefix being an Arabic 1 or 2. Thus, the two M gene products of the HphI R‐M system would be M1.HphI and M2.HphI.

9. The standard abbreviations for methylated bases should be 5‐methylcytosine (m5C), N4‐methylcytosine (m4C) and N6‐methyladenine (m6A). It is not necessary to use a superscript for the number.

10. Isoschizomers are REases that recognize the same sequence. The first example discovered is called a prototype and all subsequent enzymes that recognize the same sequence are isoschizomers of the prototype. Neoschizomers are that subset of isoschizomers that recognize the same sequence, but cleave at different positions from the prototype. Thus, AatII (recognition sequence: GACGT↓C) and ZraI (recognition sequence: GAC↓GTC) are neoschizomers of one another, while HpaII (recognition sequence: C↓CGG) and MspI (recognition sequence: C↓CGG) are isoschizomers, but not neoschizomers. Analogous designations are not appropriate for MTases, where the differences between enzymes are not so easily defined and usually have not been well characterized.

11. The solitary MTases (i.e. not associated with an REase) such as the Dam and Dcm MTases of بكتريا قولونية and the eukaryotic MTases such as Dnmt1 and Dnmt3a will be named systematically in accordance with the general rules established for the prokaryotic enzymes. Thus, the systematic name for the Dam MTase of بكتريا قولونية K12 will be M.EcoKDam and the murine maintenance MTase will be M.MmuDnmt1. However, it will be acceptable to refer to them by their more commonly used trivial names, Dam, Dcm, Dnmt1, etc., but it will simplify automated searching and cross‐referencing of the literature if the systematic name, including the M prefix, also appears at least initially in a publication. Solitary MTases that are phage or virus borne are also named with the prefix M and the name of the phage or virus that carries them. Optionally, the host name may be included. Thus, the MTase encoded by phage SPR of العصوية الرقيقة is named M.SPRI ( 7) and the MTase encoded by the archaeal virus ϕCh1 of Natrialba magadii is named M.NmaPhiCh1I ( 8).

12. The rules for naming genes of Type II R‐M systems should adhere to the proposals of Szybalski وآخرون. ( 4) with the obvious extensions to accommodate C, V and N genes. Thus, the entire name should be italicized, the first letter will be lower case and the capital letter(s) used as a prefix for the protein will become the suffix for the gene. The gene for EcoRI thus becomes ecoRIR and that for its MTase is ecoRIM. In the case of genes with two prefixes in the protein name the gene name would incorporate both letters of the prefix. Thus, the gene for RM.Eco57I would become eco57IRM. In the case of Type I enzymes, an acronym for the source organism should be followed by the traditional gene designations, hsdS, hsdR and hsdM. Thus, the three genes of the EcoKI restriction system would be ecoKIhsdM, ecoKIhsdR و ecoKIhsdS. However, it will be acceptable to omit the ecoKI where appropriate.

13. It sometimes happens that two genes are required for a single enzyme activity, effectively encoding two subunits. In these situations the two genes and their products should carry a suffix A and B. For example, BbvCI is a heterodimeric REase. The two gene products would be called R.BbvCIA (or just BbvCIA) and R.BbvCIB (or just BbvCIB), and the active holoenzyme would be BbvCI. Note that the two separate MTases of this system would be M1.BbvCI and M2.BbvCI. For enzymes like Eco57I, which have both endonuclease and MTase activity in the same polypeptide chain, the endonuclease would be referred to as RM.Eco57I, but the second MTase activity associated with this system would be called M.Eco57I. For MTases, an example is M.AquI, which has one gene encoding the N‐terminal region up to the middle of the variable region of this m5C MTase and a second gene encoding the remaining C‐terminal region ( 9). In this case, the two parts of this protein should be referred to as M.AquIA and M.AquIB and the genes as aquIAM و aquIBM.


Consensus nomenclature rules for radiopharmaceutical chemistry — Setting the record straight ☆,☆☆

Over recent years, within the community of radiopharmaceutical sciences, there has been an increased incidence of incorrect usage of established scientific terms and conventions, and even the emergence of ‘self-invented’ terms. In order to address these concerns, an international Working Group on ‘Nomenclature in Radiopharmaceutical Chemistry and related areas’ was established in 2015 to achieve clarification of terms and to generate consensus on the utilisation of a standardised nomenclature pertinent to the field.

Upon open consultation, the following consensus guidelines were agreed, which aim to: •

Provide a reference source for nomenclature good practice in the radiopharmaceutical sciences.

Clarify the use of terms and rules concerning exclusively radiopharmaceutical terminology, i.e. nuclear- and radiochemical terms, symbols and expressions.

Address gaps and inconsistencies in existing radiochemistry nomenclature rules.

Provide source literature for further harmonisation beyond our immediate peer group (publishers, editors, IUPAC, pharmacopoeias, إلخ.).


Enzymes : Biological Catalysts

An enzyme is a biological catalyst that can accelerate a specific chemical reaction by lowering the activation energy but remain unaltered in the process. Most enzymes are proteins. Some are nucleic acids (RNA) like nbozymes. Enzymes have enormous catalytic power. They greatly increase the rate at which specific chemical reactions take pike.

The metabolism of an animal is controlled specifically at some points. Catalysis takes place at this point. Therefore, catalysis is one of the most important Iiinctions in fife. Catalysis is a series of chemical processes. These processes are regulated by the enzymes. Thus the same reaction can occur without enzyme. But it will occur at a much slower rate. The enzymes remain unaltered. So enzyme can be used again and again.

An enzyme is extremely selective for the *reaction. The reactants of enzymatic reactions are called substrates.

The precise “fit” between an enzyme and its specific substrate is necessary for catalysis. For example, cellular concentrations of many reactants must be kept at low levels. It avoids undesirable side reactions. At the same time, concentrations of enzyme must be kept high for the required reactions. Thus the reaction occurs at a rate compatible with life. The enzymes channel molecules into specific chemical pathways. So the metabolism proceeds under these different conditions.

All enzyme names end With the suffix ase. They are named after their substrate. But several digestive enzymes were discovered earlier. They do not follow this rule. For example, pepsin .and trypsin.

ENZYME STRUCTURE

Enzymes are three dimensional globular protein molecules or nucleic acids They سرعة up the chemical reaction in the living organisms. It has at least one السطحية منطقة. This region has a crevice or pocket. This crevice occupies only a small portion of the surface of enzymes. This crevice is known as the enzyme’s active site.

Active site has a specific shape. Therefore, a substrate molecule fits into it in a very specific way. Weak chemical forces like hydrogen bonds keep this substrate in place.

The substrate binds with the enzyme. It changes the شكل of enzyme. هذه الظاهرة تسمى induced fit. ال attachment of the active site with the المادة المتفاعلة brings chemical groups of the active site into positions. It increases their ability to work oil the substrate and to catalyze the chemical reaction. متي ال reaction is completed, the product of the catalyzed reaction is released. ال enzyme resumes its initial conformation (shape). It is ready to catalyze another chemical reaction.

ENZYME FUNCTION

أ substrate molecule binds with the active site of enzyme. هكذا enzyme-substrate complex (ES) لقد تكون. This is the first step in enzyme catalysis.

Enzyme + Substrate –. Enzyme substrate complek b Enzyme + المنتج

  1. The unstable amino acid groups of the enzyme form certain bonds with the substrate. Thus enzyme-substrate complex is formed.
  2. These side groups distort the substrate bonds. So it lower the activation energy needed to break the bonds.
  3. The bonds break. It releases the substrate.
  4. The substrate now reacts to produce the final product and release the enzyme.

FACTORS AFFECTING ENZYME ACTIVITY

Some factors alter the three-dimensional shape of an enzyme. Thus they affect the activity of enzyme. Two factors affect enzyme activity.

The hape of a ‘protein or nucleic acid is determined by its hydrogen bonds Temperature disrupts hydrogen bonds. For example, the enzymes of most ofbirds and mammal have function in a narrow range of temperature. This range is between 35 and 40° C.

(a) L, w Temperature: The bonds of protein of enzymes are not flexible below C. So it does not permit the change in shape. This change of shape is necessary for substrate to fit into a reactive site.

(b)H h Temperature: The bonds are too weak to hold the protein in proper p sition above 40° C. So enzyme can not maintain its shape. When proper s ape is lost, the enzyme is destroyed. This loss of shape is called d naturation.

Mos enzymes have optimum pH. This optimum ph is between 6 and 8. When pH is to low, the H + ions combine with the R groups of the enzyme’s amino acids. So i reduces their ability to bind with substrates. Acidic environments can also denature enzymes. Attachment of a cofactor changes the shape of the protein and allows it to combine with its substrate.


Biotransformation

بي. Mackenzie , . J.O. Miners , in Comprehensive Toxicology , 2010

4.20.2 UDP-Glucuronosyltransferase Nomenclature

As recommended by the HUGO Gene Nomenclature Committee, UGTs have been named based on their evolutionary relatedness to each other, as assessed by sequence similarities and construction of UGT gene family trees ( Mackenzie وآخرون. 1997, 2005b ). Each gene is given the root symbol UGT (in italics), followed by an Arabic number representing the family, a letter for the subfamily, and an Arabic number for the individual gene within that family or subfamily. Rodent genes are in lower case after the first letter (e.g., Ugt) as recommended by the Mouse Genome Informatics database however, all gene products are in upper case (without italics) irrespective of the species. In the special case of the UGT1A, UGT2A1، و UGT2A2 genes, each exon 1 spliced to exons 2–5 is regarded as a unique gene and named UGT1A1, UGT1A2P, UGT1A3, … , UGT1A13P أو UGT2A1, UGT2A2, depending on the position of the first exon relative to the shared set of exons (see Section 4.20.3.1 for further details on gene structure). However, as many UGT genes were named before their location in the genome was determined, names already in general usage were retained to avoid confusion, as long as they adhered to the general rules proposed above. أعضاء UGT2B subfamily and UGT2A3 do not share exons and hence are named according to the chronological order of their discovery.

UGT genes that are orthologous between species are given the same name. For example, rodent and primate UGT1A1 genes are clearly orthologous and hence have the same name but may be differentiated in publications by a prefix indicating the species, for example, (PANTR)UGT1A1, (CANFR)UGT1A1, and (HUMAN)UGT1A1 for the chimpanzee, dog, and human enzymes, respectively. The prefix indicating the species is derived from the letter-based code for different species established by SWISS_PROT. Alleles are designated by an asterisk followed by an Arabic numeral and uppercase Roman letters with less than four characters to name the allele (e.g., UGT1A3*7A) according to the criteria listed on the UGT allele naming website. Proteins derived from alleles have a period between the name of the gene product and number (e.g., UGT1A3.7A). Where alternate exons are spliced to form the mature transcript, the variant transcripts are denoted by _v1, 2, 3, etc. (v for variant) and the variant proteins by _i1, 2, 3, etc. (i for isoform). Thus UGT1A1 or UGT1A1_v1 is the transcript that includes shared exon 5, whereas UGT1A1_v2 is the transcript containing exon 5b, in place of exon 5 (or 5a). The corresponding proteins are designated UGT1A1 or UGT1A1_i1 and UGT1A1_i2, respectively.

Based on this nomenclature system, mammalian UGTs have been divided into two major families, UGT1 and UGT2 (see الشكل 2 ). In general, members within each family share more than 45% amino acid identity but are ≤45% identical to UGTs of the alternative family. The UGT2 family has been further divided into subfamilies, UGT2A and UGT2B the members of each sharing ≥70% amino acid identity. To date, humans are known to possess 19 functional UGT, as well as nine pseudogenes (possessing at least one incomplete exon) and many gene remnants. The intact human genes include nine members of the UGT1 family (known as UGT1A genes), three UGT2A genes and seven members of the UGT2B subfamily ( Mackenzie وآخرون. 1997, 2005b ). The UGTs are members of a broader superfamily of UDP-glycosyltransferases, enzymes that transfer glycosyl groups to lipophilic substances from a variety of UDP sugars. All UDP-glycosyltransferases, including UGTs, share a 44 amino acid characteristic ‘signature sequence’ in their C-terminal half that appears to be involved in the binding of the UDP moiety of the nucleotide sugar ( Mackenzie وآخرون. 1997, 2005b ) (see Section 4.20.7.1 ).

الشكل 2 . Dendogram depicting relationships between the primary amino acid sequences of human UGTs. Alignment of the amino acid sequences was performed with Clustal X v1.81 ( Thompson وآخرون. 1997 ) and visualization of the dendogram was achieved using TreeView v1.6.6 ( Page 1996 ).


شاهد الفيديو: Korrekte Aussprache: Berliner DJs Mit Vergnügen Special (يوليو 2022).


تعليقات:

  1. Kajisho

    أعتقد أنه خطأ. أنا متأكد. نحن بحاجة إلى مناقشة. اكتب لي في PM ، إنه يتحدث إليك.

  2. Shane

    مبروك ، رسالة عظيمة

  3. Jorrel

    من قبلي ، هذا ليس أفضل متغير

  4. Soterios

    يا لها من إجابة رشيقة

  5. Freeland

    موضوع لا نهائي



اكتب رسالة