معلومة

كيف يتم تعريف سلالة بكتيرية؟

كيف يتم تعريف سلالة بكتيرية؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

عندما يُشار إلى نوع من البكتيريا من خلال سلالته ، فهل هو استنساخ لمؤسس واحد أم أن اختلاف كمية معينة مسموح به؟


من الناحية النظرية ، هم مستنسخات ، ولكن اعتمادًا على عمر السلالة (بعض السلالات قديمة بشكل مدهش: ~ 40 عامًا) هناك تباين داخل السلالات.

والعكس صحيح أيضا. يتم عزل البكتيريا من نوع واحد مرتين وتسمية أشياء مختلفة من قبل مختبرات مختلفة ويمكن أن يستغرق الخطأ سنوات حتى يتم اكتشافه ، وهذا أقل دقة.


تستنسخ البكتيريا نفسها بشكل فعال بحيث تكون جميع الحيوانات المستنسخة متطابقة نظريًا. لكن مثل كل كائن حي ، فإنهم يخضعون للتطور الدارويني ، لذلك هناك دائمًا فرصة لحدوث طفرة عشوائية. نظرًا لأن البكتيريا عادة ما تتكاثر بسرعة ، يمكن أن يحدث معدل هذه الطفرات بسرعة مما يؤدي إلى تطور السلالة إلى سلالة مختلفة (قليلاً).


في حين أن أ استنساخ (أو السكان النسيلي) هم السكان الحاليون للأفراد المنحدرين من فرد سلف واحد معين ، أ أضنى يمكن فهمها على أنها مجموعة كاملة من الأفراد وصولاً إلى ذلك الفرد بعينه.

ولكن كما هو مذكور في الإجابات الأخرى ، على الرغم من أن الطابع متساوي المنشأ غالبًا ما يتم اعتباره تقريبًا ضمنيًا إلى حد ما ، لا يمنع أي من هذين المفهومين التباين الجيني أو يفترض أن جميع الأفراد من الاستنساخ أو السلالة المذكورة متماثلون.

مفهوم محيط بالنسبة للكائنات الميكروبية أكثر تعقيدًا.


أضنى

زنزانة أضنى
مجموعة من الخلايا المستنبتة ، من أصل نباتي أو حيواني ، لها عمر محدود ، على عكس خط الخلية. (الشكل 6-5)
مسرد كامل.

الكتروني أضنى
التوزيع المشوه للإلكترونات في الركيزة الناجم عن قرب ثنائي القطب القوي في الإنزيم ، على سبيل المثال Zn2 + في carboxypeptidase.
العودة إلى صفحة البحث.

بكتيريا مختلفة أضنىتنتج أنواعًا مختلفة من عديدات السكاريد الخارجية بمعدلات مختلفة من أنواع مختلفة من المصادر. هناك احتمالات في اكتشاف عديدات السكاريد الخارجية الجديدة التي يمكن استخدامها في تطبيقات مختلفة. يتأثر إنتاج عديدات السكاريد الخارجية البكتيرية بظروف النمو.

ينمو أسرع من نظيره البري ، ويقال إنه غني جدًا بالمعادن والفيتامينات ومضادات الأكسدة ، ويحتوي على ما يصل إلى 16 في المائة من البروتين بالوزن الجاف. أبالون أبلى بلاءً حسنًا في نظامه الغذائي ، حيث نما بمعدلات "تجاوزت تلك المذكورة سابقًا في الأدبيات". .

كائن حي يختلف عن الكائنات الحية الأخرى من نفس النوع بسبب الاختلافات الجينية.

يُطلق عليها اسم GloFish التجاري من الأنواع الأخرى المزروعة مثل "ذهبي" و "رملي" و "طويل الزعانف" و "ليوبارد".

: تعداد الخلايا ، وكلها تنشأ من عزلة نقية واحدة.
الركيزة: القاعدة التي ينمو عليها الكائن الحي. يمكن أن تكون أيضًا المواد التي تعمل عليها المركبات والإنزيمات.

التصرف كمتلقين أثناء الاقتران (أنثى). إنه يفتقر إلى عامل F.

التي تختلف في فترة الحضانة والأعراض والتأثيرات على مناطق الدماغ المختلفة. يجادل المشككون بأن هذه الاختلافات ناتجة عن طفرات في الحمض النووي وهي دليل على أن البريونات تحتوي بالفعل على مادة وراثية.

من البكتيريا المقاومة تظهر في المجتمع ، دعنا نقول أنها تظهر في المدرسة. ما الذي يجب أن يفعله الناس في مجال الصحة العامة للسيطرة عليه؟

معا.
قوة هجينة. التغاير.
هيبومورف. أليل متحور لا يلغي وظيفة النوع البري للجين وقد يعطي نمطًا ظاهريًا أقل حدة من متحولة فقدان الوظيفة.

الإشريكية القولونية هي نوع من جنس (Escherichia) وبدورها Escherichia هي نوع جنس عائلة Enterobacteriaceae ، حيث لا ينبع اسم العائلة من جنس Enterobacter + "i" (كذا) + "aceae" ، ولكن من "enterobacterium" + "aceae" (المعوية ليست جنسًا.

من الفئران المستخدمة في أبحاث السرطان ، والتي تسمى Oncomouse ، كانت أول حيوان ثديي حصل على براءة اختراع!
تتنبأ هذه الأغنام المستنسخة ، دوللي ، باحتمال استنساخ البشر ، وهو أحد الاحتمالات العديدة للتكاثر قيد المناقشة.
متحف التكنولوجيا للابتكار
201 شارع السوق الجنوبي
سان خوسيه ، كاليفورنيا 95113
+1 (408) 294-8324 .

من نوع له خصائص بيولوجية معينة تفصله عن أفراد آخرين من ذلك النوع.
بلاكارم
آفات اللفحة البكتيرية على السيقان.

تفضيلات التزاوج.
(اختبار الانتواع: ذرية عقيمة وعدم تقارب التهجين.).

تمت تسمية s على اسم أنواعها من البروتينات السطحية للهيماجلوتينين والنورامينيداز ، لذلك سيتم تسميتها ، على سبيل المثال ، H3N2 للنوع 3 هيماجلوتينين والنوع 2 نورامينيداز.

من فيروس الورم الحليمي البشري الذي يسبب الثآليل الأخمصية والثآليل الأخرى شائع جدًا في البيئة. من غير المعروف سبب إصابة بعض الأشخاص بالثآليل والبعض الآخر لا يصابون بها.

تحتوي المكورات العقدية على مادة سامة على سطحها تسمى الستربتوليسين. عندما تهاجم خلايا الدم البيضاء هذه البكتيريا ، ماذا يحدث؟

) ، DH5a (كما سبق) ، JM101 و JM109 (مناسب لنمو لاقمات M13) ، XL1-Blue (للأغراض العامة ، جيد لفحص lacZ الأزرق / الأبيض).

كانت القمل موجودة دائمًا "وهي أكثر شيوعًا الآن لأن كل القمل غير المقاوم مات موتًا صاعقًا.
تسبب التعرض لشامبو القمل في حدوث طفرات لمقاومة الشامبو.

هذا هو lac Z التقى bio ويحمل F 'episome مع تسلسل الحمض النووي plac O lac Z على الحلقة ، وتم تربيته لعدة ساعات.

س.
السمة الخلقية / kən-JEHN-ə-təl / سمة موجودة عند الولادة ولا تنتج عن التأثيرات البيئية.

التي تنتجها زواج الأقارب
المصدر: Jenkins، John B. 1990. Human Genetics، 2nd Edition. نيويورك: هاربر وأمبير رو
.

من مجموعة Keio التي يُقال إنها تنمو على الجلوكوز مع عيب في النمو (انظر المعلومات التكميلية ، S3 و S7) ليست كافية. لذلك لا علاقة لها بالقول ".

على القلب حيث تتلقى عضلة القلب كمية أقل من الأكسجين ويمكن أن يتلف أول أكسيد الكربون بطانات الشرايين بشكل مباشر.
النيكوتين.

تم إحيائها / إحيائها.
2. تم تحويل Live R إلى Live S بواسطة بعض "العوامل التحويلية".
أدت تجارب أخرى إلى استنتاج جريفيث أن الرقم 2 كان صحيحًا.

حيث يضعف الالتحام معًا لشظايا أوكازاكي ويشتبه في حدوث طفرة في إنزيم موجود في شوكة النسخ المتماثل. ما هو الإنزيم الأكثر احتمالية للطفرة؟
نسخ التيلومير.

تهجين بين حيوان متغاير الزيجوت للأليلات التي تم الحصول عليها من اثنين من الأبوين

س. تستخدم أيضًا لوصف بروتوكول تربية تهجين متبوعًا بتقاطع خلفي.
أنظر أيضا: الكائنات الحية النموذجية (ORNL)
الكروموسوم الاصطناعي البكتيري (BAC).

s قادرة أيضًا على النمو الديازوتروفي. قدم تسلسل الجينوم كمية كبيرة من المعلومات حول الأساس الجيني لعملية التمثيل الغذائي للنيتروجين ومكافحته في البكتيريا الزرقاء المختلفة.

تحدث إعادة التجميع الجيني بين فيروسات الأنفلونزا المختلفة في هذه الحيوانات ، وإذا كان البشر يعيشون في أماكن قريبة مع الحيوانات ، فإن فيروسات الأنفلونزا تحتوي على أجزاء من الحمض النووي الريبي من جميع الأنواع المختلفة

يمكن أن تبدأ في إصابة البشر.

أدت الطفرات في التركيب المستضدي لفيروس الأنفلونزا إلى عدد من الأنواع الفرعية للإنفلونزا و

ألياف الأكتين في خلية ملطخة بالفلوريسنت

محدد للأكتين
على عكس الغشاء النووي ، فإن غشاء البلازما المحيط بالخلية أحادي وليس له مسام.

من المحاصيل هو مثال على التكنولوجيا الحيوية الزراعية: مجموعة من الأدوات التي تشمل تقنيات التربية التقليدية والطرق الأكثر حداثة المعتمدة على المعمل.

واحدة من أخطر

تعظم النسيج العضلي نتيجة المتكرر

أو الإصابة ليست نادرة. غالبًا ما يتم العثور عليه حول وتر العضلة المقربة الطويلة و Vastus medialis في الفرسان ، أو في Pectoralis major و Deltoideus للجنود. قد يأخذ شكل عوارض مثبتة بقوة في العظام "على سبيل المثال ،

توجد هذه البكتيريا في أمعاء الإنسان والحيوان ، وعادة ما تكون غير ضارة ، ولكن بعضها

المعروف باسم O157: يعتبر H7 سلاحًا بيولوجيًا محتملاً.

تقدم العملية نباتًا إلى معتدل

من نفس العامل الممرض أو المرتبط به ارتباطًا وثيقًا. في النهاية ، قد يبني النبات مقاومة للفيروس.

جي في المرحاض
نظام غذائي مُصنَّع يحتوي على نسبة عالية من السكر والكربوهيدرات المكررة مثل الخبز والكعك والمربى وحبوب الإفطار والحلويات وما إلى ذلك. نقص الخضروات والفواكه الطازجة وحبوب الحبوب الكاملة غير المصنعة والأرز البني
وراثي - أكثر شيوعًا عند النساء ويسري في العائلات
حمل
بدانة .

تم العثور على إنزيمات التقييد في العديد من الأنواع المختلفة

البكتيريا حيث يتمثل دورها البيولوجي في المشاركة في الدفاع الخلوي. هذه الإنزيمات "تقيد" الدنا الغريب (الفيروسي) الذي يدخل الخلية عن طريق تدميرها.

تُستخدم عادةً في رسم الخرائط الجزيئية عادةً ما تكون سلالات فطرية مؤتلفة. يتم اشتقاق خطوط RI من تهجين بين الآباء ذوي الأنماط الجينية متعددة الأشكال.

كائن حي دقيق يفتقر إلى القدرة على توليف واحد أو أكثر من عوامل النمو الأساسية ، والتي يجب بالتالي تضمينها في الوسط للسماح بالنمو.

لقاح الأنفلونزا هو لقاح مضعف من ثلاثة فيروسات مختلفة

يجب أن يؤلف اللقاح. هذه إستراتيجية لمكافحة معدل الطفرات العالية للفيروس.

Mysticetes هي مغذيات مرشح ،

جي المياه من خلال البالين الخاصة بهم لالتقاط عناصر الفريسة. يشمل Mysticetes أكبر الحيتان ، الزعانف والحيتان الزرقاء. الحوت الأزرق هو أكبر حيوان عاش على وجه الأرض. (onlinezoologists.com) 2. أي حوت صائب ، أو حوت عظم الحوت. (biology-online.org) 3.

تكاثر الطحالب الضارة. تتكاثر (عادة) الطحالب الدقيقة العوالقية التي تنتمي إلى أ

من الأنواع التي لها مادة سامة ضارة بالكائنات البحرية أو البشر الذين يستهلكون الكائنات البحرية.
طابع وراثي. شخصية مورفولوجية يمكن تفسير حالتها المعطاة جزئيًا من حيث النمط الجيني للفرد.

(2) ما يوجه ، يتلاعب ، يدير ، ينظم ، يعيد عن قصد

، أو إحداث تغيير.
(علم) موضوع أو مجموعة في تجربة لا يتم فيها تطبيق العامل الذي يتم اختباره ، وبالتالي ، يعمل كمعيار للمقارنة مع مجموعة أخرى حيث يتم تطبيق العامل.
الفعل .

وهذا الفوسفات الثالث يذهب إلى هذه المنطقة ذات السلبية الكبيرة لذلك هناك الكثير

على هذا الرابط وبسهولة شديدة ، يمكنك كسره وهو يطير نوعًا ما مثل أحد مسدسات السهام القديمة حيث تدفعه مرة أخرى حملاً زنبركًا ثم تسحب الزناد وتنطلق ،.

الشكل 2. المناعية

البروتين الريبوسومي RPL17 في الكبد ، يظهر توطين العصارة الخلوية للبروتين.
RPL17
الأيض .

تشتمل بنوك الخلايا على بنوك الخلايا الرئيسية (MCBs) وبنوك الخلايا العاملة (WCBs). MCBs منزل الخلية الأولية

التي يتم تخزينها ولا يتم استخدامها لأغراض الإنتاج. خلايا منزل WCBs المستخدمة في الإنتاج الصيدلاني المزروعة من تلك التي يتم الاحتفاظ بها في MCB بحيث يتم تمييز ثباتها وتوحيدها بشكل جيد.

s of Streptococcus pneumoniae).
التكيف: توفر البيئات الميكروية للجسم المضيف موائل للبكتيريا القادرة على غزو الأنسجة الانتقائي (مثل النيسرية السحائية مقابل العقدية الرئوية.

أول الخلايا المستنبتة باستمرار ، سرطان عنق الرحم البشري

مأخوذة من امرأة تدعى Henrietta Lacks (وسميت بعدها).
الديدان
دودة طفيلية ، مثل الدودة المفلطحة أو الدودة المستديرة.

الإجهاد العوامل الفيزيائية أو الكيميائية أو العاطفية التي تضع أ

على حيوان. تعاني النباتات أيضًا من إجهاد فسيولوجي في ظل ظروف بيئية معاكسة.
مرض مرتبط بالتوتر انظر صدمة الإجهاد.

أثناء استخراج DNA البلازميد من الخلية البكتيرية ، يتم قطع خيط واحد من الحمض النووي. هذا يريح الالتواء

اللازمة للحفاظ على الالتفاف الفائق ، وإنتاج الشكل المألوف من البلازميد.

علم الوراثة ليس العامل الوحيد الذي يؤثر على فسيولوجيا الحيوانات والنباتات. بيئي

تعيث فسادا على الكائنات حقيقية النواة كذلك. بالنسبة للكائنات الحية التي لا تعيش في الموائل المائية ، يجب تخزين المياه في بيئاتها الخلوية.

طفرة غذائية غير قادرة على التوليف ولا يمكن أن تنمو على وسائط تفتقر إلى جزيئات أساسية معينة يتم تصنيعها عادة من النوع البري

من نفس النوع.
أفيس
فئة الطيور الفقارية ، وتتميز بالريش وتكييفات الطيران الأخرى.

تسمى السمية عندما تكون قادرة على إنتاج السم. تُستخدم هذه المصطلحات عادةً للإشارة إلى أن العامل الممرض البكتيري (المحتمل) مصاب بالعدوى أو اللايسوجين للعاثية التي تشفر الجينات السامة القادرة على التعبير.

يتغير (يتطور) فيروس الأنفلونزا الشائع كل عام بما يكفي لإنتاج لقاح جديد للإنفلونزا لحماية البشر من العدوى المتكررة. بالإضافة إلى ذلك ، هناك عدد كبير من البكتيريا

طورت مقاومة للمضادات الحيوية للأدوية التي ابتكرها الإنسان والتي كانت تقتلها في السابق.

إذا أصيب شخص ما بالمرض في النهاية ، فهناك احتمال ألا تعمل المضادات الحيوية مرة أخرى. لقد حضنت بكتيريا خارقة! إنه يحدث طوال الوقت في المستشفيات. نحن نقتل الأمراض السهلة ولكن بعض الطافرات

هذا يريح الالتواء

اللازمة للحفاظ على الالتفاف الفائق ، وإنتاج الشكل المألوف من البلازميد. (انظر البلازميد.) المعاهد الوطنية للصحة. انظر المعاهد الوطنية للصحة. نيتروسليلوز. غشاء يستخدم لشل حركة DNA أو RNA أو البروتين ، والذي يمكن بعد ذلك فحصه بتسلسل محدد أو جسم مضاد. تثبيت النيتروجين.

الجينات الكابتة للورم - الجينات التي تعمل عادة لإعادة

نمو الأورام أفضل حالة مفهومة هي الورم الأرومي الشبكي الوراثي.


ما هي السلالة

السلالة هي نوع وراثي أو نوع فرعي أو ثقافة لنوع بيولوجي. يتم استخدامها بشكل أكثر شيوعًا في علم الأحياء الدقيقة. علاوة على ذلك ، تنشأ سلالة من مستعمرة خلية واحدة ، والكائنات الحية الدقيقة ، مثل الفيروسات والبكتيريا والفطريات ، لها سلالات عديدة داخل النوع. على سبيل المثال ، سلالة & # 8220flu & # 8221 هي شكل بيولوجي معين من الأنفلونزا أو فيروس & # 8220flu & # 8221 الذي يتميز بأشكاله الإسوية المختلفة للبروتينات السطحية. وبالتالي ، فإن السلالة تحمل بشكل كبير خاصية وراثية معينة ، والتي لا تحدث داخل الأعضاء الآخرين من النوع.

الشكل 1: السلالة الفيروسية H1N1

إلى جانب ذلك ، فإن الاختلاف الجيني هو اختلاف الجينوم بين الأفراد في نفس النوع بسبب الطفرات الجينية التي تحدث أثناء التكاثر الجنسي. عادة ، يمكن أن يحدث الاختلاف الجيني بسبب طفرات الجينات ، وتدفق الجينات ، والتزاوج العشوائي ، والتخصيب العشوائي ، والعبور بين الكروموسومات المتجانسة. بالإضافة إلى ذلك ، فإن الاختلاف الجيني هو آلية مهمة ، والتي تفرض التطور من خلال الانتقاء الطبيعي. كما أنه مهم أيضًا في الحفاظ على التنوع البيولوجي بين الأنواع.


نتائج

تضخيم وتسلسل شظايا الجينات من العقديات مجموعة viridans

تم اختيار الاشعال لتضخيم الشظايا الداخلية لثمانية شظايا جينية منزلية كما في الطرق (الجدول 1). نجحت البادئات في تضخيم شظايا الجينات الثمانية من 326 من 375 (87٪) سلالة من مجموعة Mitis التي تم فحصها. قاموا أيضًا بتضخيم الأجزاء الصحيحة من بعض أنواع المكورات العقدية خارج مجموعة Mitis ، بما في ذلك جميع سلالات S. anginosus, S. الدهليزي و S. المقيحة التي تم فحصها. ومع ذلك ، فإن جوا لا يمكن تضخيم الجين من بعض السلالات (في الغالب S. الدم و S. cristatus) وتم القضاء على هذا الجين لإنتاج مخطط MLSA النهائي المكون من سبعة مواضع. يمكن تضخيم جينات التدبير المنزلي السبعة المختارة من جميع المكورات العقدية لمجموعة viridans التي تم فحصها وكانت على الأقل 40 كيلو بايت على حدة. الرئوية الرئوية كروموسوم R6.

لكل سلالة ، تم تسلسل شظايا الجين على كلا الجدائل وتشذيبها لتحديد مواضع البداية والنهاية. لكل موضع ، كانت التسلسلات المشذبة من جميع السلالات بنفس الطول ، مما يشير إلى أن indels في هذه الجينات كانت غائبة ، كما كانت في المقابل S. agalactiae ، S. mutans و S. suis متواليات ، وبالتالي من المحتمل أن تكون غير شائعة بين مجموعة فيريدانز.

تحديد مجموعات التسلسل

يوضح الشكل 1 شجرة مرتبطة بالجوار لجميع التسلسلات المتسلسلة البالغ عددها 420 (402 من سلالات مجموعة viridans ، و 17 من سلالات من S. المقيحة وواحد من S. agalactiae) من المواقع السبعة المستخدمة في مخطط MLSA الجديد المكون من سبعة مواضع ، مع سلالات ملونة حيث تم توفير تعيين واضح للأنواع بواسطة مختبر MK. حددت الشجرة عددًا من مجموعات التسلسل التي تم حلها جيدًا ، مع قيم ثقة 95 ٪ من التمهيد للعقد. السلالات التي تم تحديدها على أنها S. pseudopneumoniae (بما في ذلك سلالة النوع) متجمعة معًا ولكن لم يتم حلها جيدًا من S. ميتيس الكتلة (قيمة التمهيد 92٪ للعقدة التي تفصل S. pseudopneumoniae و S. ميتيس العناقيد على الشجرة المتصلة المجاورة ، ولكن فقط 46٪ على شجرة التطور الدنيا انظر أدناه). ال S. ميتيس كانت الكتلة غير عادية لأنها تتكون من مجموعة من المجموعات الفرعية وثيقة الصلة الناشئة من الفرع الذي يفصل الرئوية الرئوية و S. pseudopneumoniae مجموعات من أن S. Oralis.

شجرة تُظهر مواضع السلالات المميزة جيدًا وسلالات النوع ضمن عناقيد متسلسلة. تم إنشاء شجرة شعاعية متصلة بالجوار باستخدام التسلسلات المتسلسلة لجميع السلالات الـ 420. سلالات مجموعة viridans الملونة هي تلك المخصصة للأنواع في مختبر MK ، يشار إلى المواقع على شجرة سلالات النوع من أنواع مجموعة viridans. يتم عرض أنواع مجموعة Mitis و Anginosus و Salivarius ، على التوالي ، كدوائر ملونة ومربعات وماسات. قيم دعم Bootstrap (٪) لكل من العقد المؤدية إلى مجموعات تسلسل مجموعة Mitis هي قيم موضحة للمجموعات داخل مجموعات Anginosus و Salivarius موضحة في الشكل 2C. يتم ترتيب مفتاح اللون من أعلى إلى أسفل وفقًا لموضع المجموعات على الشجرة الشعاعية ، من الرئوية الرئوية إلى S. المقيحة.

كان التوافق بين هذه المجموعات وأسماء الأنواع المخصصة غير كامل ، وفقًا للصعوبات في تعيين سلالات مجموعة viridans للأنواع. ومع ذلك ، احتوت جميع المجموعات تقريبًا على سلالة واحدة محددة (الشكل 1). وفقًا لذلك ، يمكن معادلة غالبية مجموعات التسلسل بالأنواع المعترف بها ، أي ، S. anginosus ، S. australis ، S. constellatus ، S. cristatus ، S. gordonii ، S. infantis ، S. intermedius ، S. mitis ، S. oralis ، S.Panasanguinis ، S. pseudopneumoniae ، S. sanguinis, S. اللعاب ، S. ثيرموفيلوس و S. الدهليزي. الاستثناءات الوحيدة كانت S. peroris نوع السلالة التي ، على الرغم من كونها على فرع طويل بشكل غير عادي ، تقع داخل مجموعة تضمنت خلاف ذلك S. الرضع نوع سلالة والعديد من السلالات المرجعية لتلك الأنواع ، و S. oligofermentans كان ذلك ضمن مجموعة فرعية من S. Oralis (انظر أدناه).

بالنسبة للعديد من مجموعات التسلسل ، كان هناك توافق كامل ، أو شبه كامل ، مع أسماء الأنواع المعينة على أساس فحص النمط الظاهري. ومع ذلك ، بالنسبة لبعض الأنواع (على سبيل المثال ، S. mitis ، S. الرضع و S. Oralis) التي تأثرت بتغيير التصنيف ، أو الصعوبات في التمايز الظاهري ، كان هناك تناقض كبير بين المجموعات وأسماء الأنواع المعينة مسبقًا. كان الشذوذ الرئيسي هو أن السلالات التي تم تعيينها تاريخيًا كـ S. ميتيس تقع في عدد من مجموعات التسلسل المختلفة وثيقة الصلة ، لا سيما تلك التي تتكون من S. الرضع و S. Oralis. كان هذا الشذوذ ناتجًا إلى حد كبير عن السلالات التي تم تعيينها في البداية كـ "S. ميتيس biovar 2 "إما جزء من S. Oralis العنقودية (انظر أدناه) ، بالاتفاق مع الملاحظة الأخيرة [18] ، أو جزء من الموصوفة لاحقًا S. الباسنغو العنقودية [26]. إلى جانب التجمعات الشاذة لبعض 'S. ميتيس ' سلالات ، كانت هناك سلالات واحدة تم تعيينها كـ S. جوردوني و S. الرضع في حدود S. Oralis الكتلة ، سلالة واحدة من 'S. ميتيس biovar 2 'داخل S. anginosus العنقودية وسلالة واحدة من S. anginosus في حدود S. كوكبة العنقودية.

ترتبط السلالات داخل مجموعات التسلسل الرئيسية بشكل جيد بما فيه الكفاية مع أسماء الأنواع التي تم الحصول عليها من خلال إجراءات التصنيف القياسية ، وتضمنت سلالة النوع من الأنواع ، حيث تم اعتبار كل مجموعة من مجموعات التسلسل لتمثيل مجموعة الأنواع. يوضح الشكل 2 أ شجرة مرتبطة بالجوار لجميع سلالات 420 مع السلالات داخل كل مجموعة ملونة وفقًا لأسماء الأنواع المخصصة لها. يوضح الشكل 2C نفس الشجرة مع انهيار مجموعات مجموعة Mitis لإظهار دقة أفضل لمجموعات الأنواع داخل مجموعتي Anginosus و Salivarius. لم يتم تلوين بعض السلالات التي كانت على هامش مجموعات التسلسل ، لتمثل عدم اليقين فيما يتعلق بالأنواع التي تنتمي إليها. تم استخدام الشجرة الموضحة في الشكل 2A كشجرة مرجعية MLSA لتعيين سلالة استعلام لمجموعة أنواع viridans من موقعها داخل إحدى مجموعات الأنواع المحددة.

الشجرة المرجعية MLSA. أ. تمت إعادة تسمية شجرة الانضمام المجاورة في الشكل 1 بحيث تم تخصيص جميع السلالات الموجودة داخل مجموعة متسلسلة للأنواع التي تم استنتاجها من المواضع الموجودة على شجرة سلالة النوع وغيرها من السلالات المميزة جيدًا. حدود S. ميتيس و S. pseudopneumoniae المجموعات غير واضحة إلى حد ما ويتم عرض السلالات الموجودة على جوانب هذه المجموعة كدوائر بيضاء (أنواع غير مؤكدة) للإشارة إلى ذلك. يُشار إلى السلالات التي تم إعادة فحصها لأنها كانت قيمًا متطرفة عن مجموعات الأنواع ، أو كانت متميزة عن جميع السلالات الأخرى ، بعلامة النجمة الحمراء. ب. الشجرة المكونة من نفس مجموعة التسلسلات المتسلسلة باستخدام الحد الأدنى من التطور. ج. انهارت الشجرة التي تربط الجار مع مجموعات مجموعة ميتيس ، لتُظهر بشكل أوضح المجموعات المتسلسلة ضمن مجموعتي Anginosus و Salivarius. يتم عرض مواضع سلالات النوع وقيم التمهيد للعقد.

مقارنة أنماط التجميع باستخدام مخططات MLSA المختلفة وطرق مختلفة لبناء الأشجار

إذا كان من المقرر أن يكون MLSA نهجًا موثوقًا به لتحديد الأنواع كمجموعات متسلسلة ، فيجب الحصول على نفس المجموعات لنفس مجموعة السلالات بمجموعات مختلفة من الجينات المنزلية. يوضح الشكل 3 مقارنة بين الأشجار المنتجة من مجموعة من 93 سلالة من S. pseudopneumoniae, الرئوية الرئوية, S. ميتيس و S. Oralis التي تميزت بكل من مخطط MLSA الجديد ذي المواقع السبعة والمخطط السابق الذي استخدم ستة من جينات MLST الخاصة بالمكورات الرئوية [11 ، 15]. على الرغم من أن هذه المخططات استخدمت جينات مختلفة تمامًا لتدبير المنزل ، إلا أن الأشجار كانت متشابهة بشكل ملحوظ. كانت المسافات الجينية بين المجموعات ، مع ذلك ، أقل مع مخطط MLSA الجديد مقارنة بالمخطط السابق (الشكل 3). كان هناك اختلافان طفيفان بين الأشجار. أولاً ، سلالتين على هامش S. pseudopneumoniae الكتلة باستخدام مواقع MLST متحالفة مع S. ميتيس الكتلة باستخدام مخطط MLSA ذي السبعة مواضع وتم إعادة تعيينها كأنواع غير مؤكدة. ثانيًا ، كانت سلالة واحدة (768-1) خارجًا عن الرئوية الرئوية عنقود متسلسل في الشجرة المكونة من ستة مواضع ولكن ليس في الشجرة ذات المواقع السبعة جوا كان الجين متباينًا بشكل غير عادي وكان أيضًا غريبًا عندما تمت إضافة هذا الجين إلى مخطط MLSA ذي المواقع السبعة (الشكل 4 ب).

مقارنة تجميع السلالات باستخدام مخططين مختلفين من MLSA. تم الحصول على الشجرة المجاورة لمجموعة من 93 سلالة من الرئوية الرئوية, S. pseudopneumoniae, S. ميتيس و S. Oralis باستخدام مخطط MLSA ذي السبعة مواضع (A) تمت مقارنة الشجرة التي تم الحصول عليها من نفس السلالات باستخدام التسلسلات المتسلسلة لستة من المواقع المستخدمة في الرئوية الرئوية مخطط MLST (ب). يتم رسم الشجرتين على نفس المقياس.

التأثير على أنماط التجميع لإضافة موضع إضافي ( جوا ) إلى مخطط سبعة مواضع. ال جوا تم تسلسل الجين بنجاح من 326 من سلالات مجموعة Mitis وتمت مقارنة الشجرة المجاورة التي تم الحصول عليها لهذه السلالات باستخدام مخطط MLSA ذي السبعة مواضع (A) مع تلك التي تم الحصول عليها من نفس السلالات عن طريق إضافة جوا تسلسل التسلسل المتسلسل للمواقع السبعة (ب). رمز اللون لمجموعات الأنواع هو كما في الشكل 2. يشار إلى المواضع على شجرة سلالات النوع.

لم تتأثر أنماط التجميع بشكل كبير بخوارزمية بناء الأشجار. يوضح الشكل 2 ب الشجرة الناتجة عن الحد الأدنى من التطور (طريقة تعتمد على التحسين المحلي لشجرة ربط الجوار الأولية) ، مقارنةً بالشجرة التي تم الحصول عليها باستخدام ربط الجار (كانت المقارنات مقتصرة على هاتين الطريقتين لأن كلاهما فعال من الناحية الحسابية ، كما هو مطلوب لـ التوليد السريع للأشجار عبر الإنترنت مع تسلسل عدد كبير من السلالات). كان تخصيص السلالات لمجموعات التسلسل هو نفسه ، وكان الاختلاف الوحيد المهم هو تقسيم فرعي أكثر وضوحًا من S. ميتيس تجميع في مجموعات فرعية باستخدام الحد الأدنى من التطور. كما هو متوقع بالنسبة للتسلسلات التي ترتبط ارتباطًا وثيقًا ، فإن استخدام تصحيح المسافة الجينية لم يحدث فرقًا في أنماط التجميع (البيانات غير معروضة).

تأثير إضافة جين ثامن إلى مخطط MLSA

لتقييم ما إذا كانت إضافة جين ثامن قد أدى إلى تحسين دقة مجموعات التسلسل (خاصةً S. ميتيس و S. pseudopneumoniae) ، سلالات مجموعة Mitis 326 التي فيها جوا يمكن تضخيم الجين لإنتاج شجرة ذات ثمانية مواضع ، والتي يمكن مقارنتها مع شجرة ذات سبعة مواضع تم إنتاجها لجميع سلالات مجموعة Mitis (الشكل 4). لم يكن هناك سوى اختلافات طفيفة بين أشجار ثمانية وسبعة مواضع ، باستثناء موقع S. peroris اكتب إجهادًا إما داخل أو خارج S. الرضع الكتلة ، لم يؤثر أي من الاختلافات على دقة مجموعات التسلسل ، وتم اختيار مخطط السبعة مواضع لجميع الأعمال الإضافية.

تحديد أنواع مجموعة viridans الجديدة المحتملة

يجب أن يكون مخطط MLSA قادرًا على تحديد الأنواع الجديدة المحتملة كمجموعات من السلالات ، أو السلالات الفردية ، والتي من الواضح أنها لا تقع ضمن أي من مجموعات الأنواع المعروفة. تحققنا أولاً مما إذا كانت السلالات التي لم تقع في مجموعات الأنواع المعروفة ، أو كانت متطرفة عن مجموعات الأنواع ، يمكن أن تكون نتيجة لاستخدام الحمض النووي من الثقافات المختلطة. في جميع الحالات ، أعطت الزراعة الفرعية الإضافية لهذه السلالات (المسمى في الشكل 2 أ) وإعادة تسلسل المواقع السبعة نفس النتائج التي تم الحصول عليها في البداية ، واستبعد احتمال أن يكون الموضع على الشجرة المتسلسلة لهذه السلالات يرجع إلى استخدام الحمض النووي من الثقافات المختلطة.

يتم توفير مثال واحد على مجموعة غير محددة من خلال أربع سلالات وثيقة الصلة (تم تعيينها بواسطة MK كـ S. ميتيس) التي نشأت كنسب مميز من الفرع الذي يفصل بين S. ميتيس و S. Oralis مجموعات (غير معروف في الشكل 2). تم عزل هذه السلالات الأربعة من أفراد عائلتين مدرجتين في دراسة التنوع النسيلي لـ S. ميتيس داخل الأفراد [40]. على الرغم من أنه لا يمكن التمييز بين السلالات S. ميتيس من خلال تحليل النمط الظاهري ، قد يشكلون نوعًا منفصلاً.

وبالمثل ، فإن المجموعتين الرئيسيتين اللتين تشتملان على سلالات من النوع S. ميتيس و S. Oralis كلاهما يشتمل على عدة مجموعات فرعية ، والتي قد تتطلب الاعتراف بها كأنواع منفصلة. كمثال ، 10 سلالات تم تعيينها مسبقًا لـ "S. ميتيس biovar 2 '[25] ، تشكل كتلة فرعية (بما في ذلك سلالات SK34 و SK79 و SK96 وغيرها) داخل المجموعة الرئيسية S. Oralis العنقودية (الشكل 5) ، بالاتفاق مع الملاحظات الأخيرة [18]. تختلف هذه السلالات ظاهريًا عن الجزء المتبقي من S. Oralis الكتلة من خلال التحلل المائي للأرجينين وإيجابية α-maltosidase ، وعن طريق التعبير عن مستضد الكربوهيدرات لجدار الخلية K من مجموعة Lancefield (البيانات غير معروضة). بالإضافة إلى ذلك ، فإن جميع سلالات "S. ميتيس تفتقر المجموعة الفرعية biovar 2 'إلى نشاط الأنزيم IgA1 (الشكل 5).

المجموعات الفرعية المتميزة ظاهريًا داخل S. Oralis مجموعة الأنواع. منطقة الشجرة المجاورة التي تتضمن سلالات داخل S. Oralis يتم عرض مجموعة الأنواع بمزيد من التفصيل. يشار إلى المواقف على شجرة سلالات النوع. يشار إلى المجموعة الفرعية للسلالات المتميزة ظاهريًا والتي هي تحلل الأرجينين وإيجابية ألفا مالتوسيداز ، والتي تعبر عن مستضد الكربوهيدرات لجدار الخلية K من مجموعة Lancefield (مظللة باللون الأزرق). وهناك مجموعة فرعية أخرى ، والتي تضمنت S. oligofermentans يشار أيضًا إلى سلالة النوع (SK1136) ، والتي تتكون حصريًا من سلالات IgA سلبية البروتياز (مظللة باللون الأصفر). يتم عرض قيم التمهيد للعقد ذات الصلة. تشير أسماء السلالات الخضراء إلى سلالات IgA1 إيجابية البروتياز بينما في اللون الأحمر تكون سلبية للبروتياز IgA1. حالة بروتياز IgA1 لعدد قليل من السلالات (أسماء السلالات السوداء) غير معروفة.

مجموعة فرعية أخرى داخل التخصص S. Oralis كانت الكتلة تتكون أيضًا حصريًا من سلالات تفتقر إلى نشاط إنزيم البروتيني IgA1 ، في حين أن ستة فقط من أصل 59 S. Oralis كانت السلالات التي لم تكن في المجموعتين الفرعيتين السابقتين IgA1 سالبة البروتياز (الشكل 5). من المثير للدهشة أن المجموعة الفرعية السالبة للبروتياز IgA1 الأخيرة تضمنت سلالة من النوع المعين S. oligofermentans، على الرغم من اختلاف تسلسل الرنا الريباسي 16 ثانية [41].

بصرف النظر عن هذه الأمثلة ، لم يتم تحديد أي من المجموعات الفرعية الأخرى داخل S. ميتيس و S. Oralis كان للمجموعات خصائص نمطية مميزة ، ويجب أن ينتظر التعرف عليها المحتمل كصنف منفصل مزيدًا من التوسع في قاعدة بيانات eMLSA والتوصيف الظاهري الشامل للسلالات. تم العثور على سلالة واحدة (غير معروف ب) على فرع طويل على الشجرة المرجعية بين S. agalactiae ومجموعات الأنواع من مجموعة ساليفاريوس (الشكل 2 ج) وحالتها التصنيفية غير واضحة. ومع ذلك ، من مقارنات BLAST لجينات التدبير المنزلي لهذه السلالة إلى قواعد بيانات تسلسل النيوكليوتيدات ، من شبه المؤكد أن هذه السلالة هي عضو في مجموعة العقديات Bovis.

الاختلافات في تنوع مجموعات الأنواع

كانت هناك اختلافات جوهرية في مدى التنوع داخل مجموعات الأنواع وأنماط تفرعها. على سبيل المثال، الرئوية الرئوية شكلت السلالات مجموعة متسلسلة محكمة على الشجرة وكان متوسط ​​التنوع داخل الأنواع 0.3 ٪ فقط ، في حين أن متوسط ​​التنوع داخل العديد من المجموعات الأخرى ، بما في ذلك تلك الموجودة في S. anginosus, S. australis, S. الرضع, S. ميتيس و S. Oralis، كان أكبر من 12 إلى 16 مرة (الجدول 2). بالإضافة إلى ذلك ، على عكس الرئوية الرئوية و S. المقيحة، حيث توجد بنية متفرعة داخل مجموعات الأنواع ، مع وجود بعض السلالات متطابقة تقريبًا والبعض الآخر أكثر ارتباطًا ، تشتمل مجموعات الأنواع الأخرى عادةً على سلالات كانت مرتبطة بشكل بعيد نسبيًا ببعضها البعض (على سبيل المثال ، S. الرضع و S. ميتيس مجموعات) ، كما يتضح من أطوال الفروع الطويلة من كل سلالة في كتلة إلى عقدتها (الشكل 2 أ).

تم الحصول على أنماط التجميع باستخدام أشجار الجين المفرد وتحديد الواردات بين الأنواع

شُيدت الأشجار المرتبطة بالجوار من تسلسل الجينات الفردية السبعة من جميع السلالات. فشلت أشجار الجينات هذه في حل مجموعات الأنواع التي تم الحصول عليها باستخدام التسلسلات المتسلسلة وأظهرت جميع الأشجار الفردية تجمعات شاذة لبعض السلالات (الشكل 6 ، ملف إضافي 1). على سبيل المثال، S. ميتيس و S. pseudopneumoniae يمكن حلها فقط على خريطة و Pyk أشجار الجينات (الشكل 6 ب). وبالمثل ، سلالات S. الرضع و S. australis لا يمكن حلها على مشروب غازي شجرة الجينات ، ولا يمكن حل سلالات أي من هذه الأنواع من بعضها البعض أو من S. الباسنغو، على ال ص شجرة (الشكل 6 أ).

أمثلة على أشجار الجينات الفردية المنتجة من تسلسلات جميع السلالات الـ 420. يظهر A-C ppaC و pyk و tuf الجينات ، التي يفشل كل منها في حل بعض مجموعات الأنواع. سلالة SK264 (تم تعيينها كـ S. الباسنغو المسمى في الشكل 2A) كسلالة الاستعلام في الشكلين 7 و 8. ص يتم تعيين أليل هذه السلالة على أنه متوافق مع المقيم حيث يقع ضمن مجموعة لم يتم حلها تتضمن الآخر S. الباسنغو التسلسلات. لكليهما Pyk و tuf، فإن التسلسلات من SK264 تقع ضمن مجموعات تم حلها جيدًا (قيم تمهيد التشغيل ≥ 80٪) من المجموعة التي تتضمن كل (أو الغالبية العظمى) الأخرى S. الباسنغو متواليات ويتم تعيينها كأليلات أجنبية. ل Pyk مصدر الأليل الأجنبي غير واضح لأن تسلسله يقع داخل مجموعة تضم تلك من عدة أنواع. ل tuf، يبدو أن التسلسل قد تم تقديمه من S. australis أضنى. The major unresolved clusters in the trees are indicated.

Approximately 96% of strains assigned to a particular species by MLSA had alleles at all seven loci that were most similar to those of other strains of that species and, in individual gene trees, the sequences clustered with those of other strains of the species. However, 16 of the viridans group strains (4%) had alleles that were considered to be foreign (see Methods for criteria used to assign alleles as foreign). Table 3 shows the putative origins for each of the seven alleles in these 16 strains.

Assigning strains to species via the internet

The main features of the eMLSA.net website are described in the Methods section. Figure 7 is a screenshot from the species assignment window of http://viridans.eMLSA.net, showing the position of a query strain (S. parasanguinis SK264) on the reference tree, and the list of species assignments of the five strains in the database with the most similar concatenated sequences, and their sequence similarity to the query sequence. In this example the query strain is assigned as S. parasanguinis since the concatenated sequence of the seven MLSA loci clusters within this species cluster, and the top five most similar concatenated sequences are from strains assigned to this species.

Species assignment on the internet. The eMLSA.net page returned after entering the seven gene sequences of a query strain and requesting a species assignment. The species assigned to the five most closely matching concatenated sequences are returned (left) along with an unrooted neighbour-joining radial tree indicating the position of the query strain. In this case, the query strain (SK264) is assigned as S. parasanguinis as the five most similar concatenated sequences are all from this species and the query strain falls within the S. parasanguinis species cluster on the tree.

Figure 8 shows a screenshot of the resident, resident compatible or foreign status assigned by eMLSA.net to each of the seven individual alleles of the above query strain. In this case, five of the individual loci are most similar to sequences from S. parasanguinis (resident alleles) or are resident compatible (for example, ppaC Figure 6A). ومع ذلك ، فإن pyk gene is within a cluster that is well resolved from the main S. parasanguinis cluster and which includes S. infantis, S. australis و S. cristatus (Figure 6B), and the tuf gene clusters within the well-resolved S. australis cluster (Figure 6C). These two alleles are therefore assigned by eMLSA.net as foreign, which may explain why this strain is an outlier within the S. parasanguinis cluster (Figure 2A).

Online assignment of alleles as resident or foreign. Having assigned a query strain to a species (Figure 7), the locus view page shows the assignment of each of the seven individual sequences as resident to that species (or compatible with being resident) or foreign. In the example, the sequences of five of the genes from strain SK264 are assigned by eMLSA.net as resident (that is, S. parasanguinis) or resident compatible, but the pyk و tuf genes are assigned as foreign. The locus view page allows the individual gene trees (in this case, the tuf tree) to be displayed to explore why the algorithm considers the sequences of an allele of a query strain to be resident, resident compatible or foreign (see Figure 6 for details). The colour codes for species clusters are as in Figure 2.


Define Conjugation in Bacteria | علم الوراثة

In this article we will discuss about the definition of conjugation in bacteria.

The occurrence of recombination by sexual union was first shown experimentally in 1946 by Joshua Lederberg and E.L. Tatum in E. coli. They took two auxotrophic strains neither of which could grow on minimal medium due to mutation in genes controlling synthesis of vitamins thiamine and biotin, and amino acids methonine, threonine and leucine.

For simplicity strain I can be designated as a – b – c – d + e + and strain II as a + b + c + d – e – . A mixture of the two auxotrophic strains was cultured together on a complete medium and samples taken and plated on minimal medium. Surprisingly prototrophic colonies in a frequency of 1 per 10 6 or 10 7 cells plated were found growing on the minimal medium.

Lederberg argued that the prototrophs would have a genotype of the wild type a + b + c + d + e + . The question arose on the origin of the prototroph colonies whether from mutation, transformation or recombination by some form of sexual union.

Mutation was ruled out because it is improbable for so many gene loci in each strain to undergo mutation simultaneously. Transformation was negated experimentally when broken DNA fragments from either strain failed to produce recombinants. It appeared therefore that some form of sexual union between living cells had produced the wild type genotype.

Further experiment by Hayes, a British geneticist, and by Jacob and Wollman, two French geneticists gave better insight of this process when they found that genetic recombination takes place in bacteria as a one-way transfer of genetic material from a male type donor to a female type receptor and the process was termed conjugation.


Biofilms and Disease

Biofilms, complex colonies of bacteria acting as a unit in their release of toxins, are highly resistant to antibiotics and host defense.

أهداف التعلم

Give examples of the roles played by biofilms in human diseases

الماخذ الرئيسية

النقاط الرئيسية

  • Once a biofilm infection is established, it is very difficult to eradicate because biofilms exhibit great resistance to most methods used to control microbial growth, including antibiotics.
  • Biofilms are able to grow anywhere there is an optimal combination of moisture, nutrients, and a surface.
  • Biofilms are responsible for diseases such as infections in patients and readily settle within wounds and burns they can also easily colonize medical devices and other surfaces where sterility is vital for health.

الشروط الاساسية

  • بيوفيلم: a thin film of mucus created by and containing a colony of bacteria and other microorganisms
  • nosocomial: contracted in a hospital, or arising from hospital treatment

Biofilms and Disease

Biofilms are complex colonies of bacteria (often containing several species) that exchange chemical signals to coordinate the release of toxins that will attack the host. Once established, they are very difficult to destroy as they are highly resistant to antimicrobial treatments and host defense. Biofilms form when microorganisms adhere to the surface of some object in a moist environment and begin to reproduce. They grow virtually everywhere in almost any environment where there is a combination of moisture, nutrients, and a surface. Biofilms are responsible for diseases such as infections in patients with cystic fibrosis, Legionnaires’ disease, and otitis media. They produce dental plaque and colonize catheters, prostheses, transcutaneous and orthopedic devices, contact lenses, and internal devices such as pacemakers. They also form in open wounds and burned tissue. In healthcare environments, biofilms grow on hemodialysis machines, mechanical ventilators, shunts, and other medical equipment. In fact, 65 percent of all infections acquired in the hospital (nosocomial infections) are attributed to biofilms. Biofilms are also related to diseases contracted from food because they colonize the surfaces of vegetable leaves and meat, as well as food-processing equipment that is not adequately cleaned.

The Five Stages of Biofilm Development: Stage 1: initial attachment stage 2: irreversible attachment stage 3: maturation I stage 4: maturation II stage 5: dispersion. Each stage of development in the diagram is paired with a photomicrograph of a developing Pseudomonas aeruginosa biofilm. All photomicrographs are shown at the same scale.

Biofilm infections develop gradually and often do not cause immediate symptoms. They are rarely resolved by host defense mechanisms. Once an infection by a biofilm is established, it is very difficult to eradicate because biofilms tend to be resistant to most of the methods used to control microbial growth, including antibiotics. Biofilms respond poorly or only temporarily to antibiotics. It has been said that they can resist up to 1,000 times the antibiotic concentrations used to kill the same bacteria when they are free-living or planktonic. An antibiotic dose that large would harm the patient therefore, scientists are working on new ways to eradicate biofilms.


Enzyme Nanoarchitectures: Enzymes Armored with Graphene

Nalok Dutta , Malay K. Saha , in Methods in Enzymology , 2018

2.2.1 Isolation of Enzyme Secreting Bacterial Strains

The bacterial strain was isolated from Himalayan hot spring soil near Manikaran (Himachal Pradesh, India). Approximately 5 g of soil sample was added to sterile 0.9% saline water. The sample saline mix was incubated overnight at 37°C and the saline supernatant was used as the bacterial source. Lipolytic bacterial strains were isolated from the soil by using serial dilution technique on tributyrin agar containing (0.5% (w/v) peptone, 0.3% (w/v) yeast, 1% (v/v) tributyrin and 2% agar, pH 7.0). Pure cultures of the isolates were maintained on minimal media agar slants containing (1.5% yeast extract, 0.5% NaCl, 1% peptone and 2% agar, pH 7.0). Culture plates were incubated at 37°C. Colonies showing clear zones (due to hydrolysis of tributyrin) around them were picked out, purified on tributyrin agar plates, and transferred to agar slants. The isolate with higher lipolytic activity was used for further processes.


The solution to the bacterial species problem

To return to our original quotation, Hey [1] is right in the case of bacteria too: the species problem is very much in our heads. Sometimes the many contingent genetic and ecological forces driving bacterial genome evolution will have produced clusters of genomes so much like each other and so much unlike any others in the world that even the tightest species definition will be satisfied. Sometimes this will merely appear to be so, because we have selected as medically interesting, or have been able to culture, certain organisms only by virtue of their possession of a single gene, while a spectrum of otherwise genomically similar relatives lacking it have gone unnoticed. Sometimes it will not be so, the contingent genetic and ecological forces working against each other and producing 'clusters' so fuzzy and with gene content versus genome sequence incongruities so striking that even the loosest criteria for genomic coherence cannot be met. We might, in an effort to match definition and concept, choose to think of genuine 'species' as those evolutionary groups that both satisfy an accepted species definition based on genomic coherence and whose coherence can be understood as the product of a biological process, as in the ecotype or BSC model. But many bacteria will not belong to such groups - and it is not a given that any such 'genuine' species exist.

There will, of course, always be a need to have some agreed-upon way of naming organisms, some species definition. Konstantinidis and Tiedje [7] suggest, primarily because of variability in gene content among closely related strains, that "standards could be as stringent as including only strains that show a greater than 99% ANI, or are less identical at the nucleotide level but share an overlapping ecological niche." But they do not endorse such a tightening up, because this "would instantaneously increase the number of existing species probably by a factor of 10, and cause considerable confusion in the diagnostic and regulatory (legal) fields". Without a magic bullet that makes our species definition and our species concept (or concepts) "one and the same", such expediency considerations will always - and legitimately - play a role in defining species.

It will often also be expedient to think in terms of lineages of strains within species and of phylogenetic relationships between species. There seems to be no other sensible way of doing this than to use concatenated shared (core) genes, and to represent the results as trees [18, 30, 31]. Useful as such trees may be, we must realize that they will not represent the true intergenomic relationships in recombinogenic groups, which will be reticulate, not tree-like - nor will they describe the evolutionary behavior of the non-core part of the pangenome of any species, which may be much larger than the core [32].

In understanding genome evolution, the 'species concept' does limited work. The ecotype and BSC models (see Figure 2) are useful heuristics, but calling them models for speciation does not make them more useful. In biogeography and biodiversity studies, the word 'species' may actually work some mischief. Questions such as 'How many species of bacteria are there?' or 'Are bacterial species cosmopolitan?' are invaluable in stimulating research into the diversity and distribution of microbial genotypes and phenotypes. But without a species definition coupled to a magic bullet concept that guarantees that defined species are natural biological entities, these questions would be better reformulated in terms of genotypes and phenotypes. There will never be such a magic bullet. In using species concepts, we microbiologists would do well to follow the advice of a philosopher, William James, who wrote: "Since it is only the conceptual form which forces the dialectic contradictions upon the innocent sensible reality, the remedy would seem to be simple. Use concepts when they help, and drop them when they hinder, understanding."


Methods of Conjugation

Bacterial conjugation occurs via three methods:

F + -F – Conjugation

This kind of conjugation occurs between the donor cell having fertility factor or F + and the recipient cell that lacks such factor or indicated as F – . F-plasmid refers to the fertility factor that functions in the expression of pilus, synthesis and exchange of plasmid DNA during mating. The role of fertility factor is controlled by the cluster of 25 tra genes, which is broadly classified into two types:

  1. Mpf: It is an acronym of the term Mating pair formation. Mpf genes hold the mating cells together and provide a passage for the DNA and protein transfer through pilus and some channels, respectively.
  2. Dtr: It is an acronym of the term DNA transfer و replication. Dtr is a gene product engaged in the processing and transferring of plasmid DNA.

The F-pili of the donor cell initiates the process of mating by first binding with the outer membrane protein of the recipient cell. في النهاية ، أ cytoplasmic bridge appears between the F + and F – cell, which commonly refers to the conjugation tube or pilus.

Through this cytoplasmic bridge, a الاسترخاء enzyme creates a nick in one strand of the F-plasmid at the oriT site. The nicked strand moves to the recipient cell from 5’-3’ prime.
OriT refers to the site where the transfer of plasmid DNA occurs. Thus, a pilus formed between the F + and F – cell facilitates the transfer of F-plasmid DNA.

ال single stranded DNA moves into the recipient cell, which later transform into the circular F-plasmid ds-DNA. After the completion of conjugation, both the partners would carry F-plasmid DNA.

Hfr-F – Conjugation

It merely refers to the mating between the high-frequency recombination و F – سلالات. Hfr strains possess F-plasmid integrated with the bacterial chromosome. An Hfr strain will function as a donor cell, which can pass on the chromosomal genes to the F – strain.
One strand of the chromosomal DNA from the Hfr strain will move to the recipient cell from the origin of the transfer site. Unlike conjugation between F + -F – strain, it involves the transfer of full bacterial chromosome and a part of F-plasmid from the Hfr donor to the F – strain.

In contrast to F + -F – strain conjugation, only a part of F-plasmid is transferred that would not cause the transformation of F – strain into F + strain. The replicated donor DNA enters the recipient cell and may degrade into fragments.

The fragmented DNA incorporates with the recipient’s nucleoid via recombination. Hfr-F – Conjugation is a relatively important process that helps in studying the mechanism of gene mapping and the relative positions of the genes in a bacterial chromosome can be also identified.

F ’ -F – Conjugation

Here, mating occurs between the F ’ and F – strains. F ’ – strain contains excised F-plasmid integrated with the chromosomal DNA of the Hfr strain. F – Strain only contains the bacterial nucleoid and functions as a recipient cell.
This kind of conjugation is virtually identical, where the F ’ plasmid enters the F – strain without being incorporated into the recipient’s nucleoid. Therefore, a recipient cell becomes F ’ – strain and functions as partially diploid merozygote, by carrying F ’ – plasmid or possessing two sets of genes.


How is a bacterial strain defined? - مادة الاحياء

This guide can help you select the best مضيف أضنى ل. your protein and your application. . combination of vector, مضيف أضنى, and culture conditions may .
المقال كامل >>>

This guide can help you select the best مضيف أضنى for your protein and your application. . Yet, 13 other Novagen مضيف سلالات are available, as lDE3 .
المقال كامل >>>

pET مضيف أضنى Descriptions. B834 • BL21 • BLR • HMS174 • NovaBlue • NovaF . NovaF- is a K-12 أضنى ideally suited as a cloning مضيف due to its high .
المقال كامل >>>

مضيف أضنى specific sex pheromone variation in Spodoptera frugiperda . The two مضيف سلالات of S. frugiperda produce systematically differing female .
المقال كامل >>>

ال مضيف سلالات have been supplied as bacterial glycerol stocks. . media (see the third column of the table in مضيف أضنى Media) with one .
المقال كامل >>>

مضيف Strains (Bacteria) Select All Get Quote Compare. Product . SCS-8 E. coli أضنى (مضيف) Agilent Technologies - Stratagene Products. 1 mL glycerol stock .
المقال كامل >>>

مضيف Strains (Yeast) Brewers Yeast. بيتشيا باستوريس Strains . Strains From ZymoResearch. XJa and XJb, the two conditionally autolytic E. coli سلالات .
المقال كامل >>>

The Morningstar أضنى most likely lived in a مضيف similar to that of a. human being--a primate. . أضنى. ال مضيف cannot live forever. At some point, it .
المقال كامل >>>

Now in color. [email protected] I'm Bill Pardy. .
المقال كامل >>>

Prevention: As it appears the مضيف أضنى only affects those who experiment with . ال مضيف has a chance to pass on the Infection أضنى (see below) to Animals and .
المقال كامل >>>

مضيف سلالات. Guest. Saturday, August 1, 2009. Knowledge Repository > MSUE Root KR . Sciences > biology > genetics > genetic resources > سلالات & GT مضيف سلالات .
المقال كامل >>>

Optimized screening أضنى for conventional yeast two-hybrid and . هذه أضنى is part of the DUALhybrid and . خميرة أضنى (Cat .
المقال كامل >>>

Home > Support > Online Tools > Molecular Biology Tools > E. coli مضيف أضنى Genetic Markers . بكتريا قولونية مضيف أضنى Genetic Markers. Genetic Marker .
المقال كامل >>>

. Molecular Biology Tools > E. coli مضيف أضنى Genotypes . For information, please review the attached Adobe Acrobat file of E. coli مضيف أضنى Genotypes .
المقال كامل >>>

جرثومي مضيف Strains for DNA Template Preparation. Sequencing . ال مضيف أضنى used for a specific template preparation can impact template quality: .
المقال كامل >>>

. مضيف–parasite dynamics Multiple سلالات Invasion . In some cases, some مضيف سلالات may. actively resist parasite attack by altering morphological, .
المقال كامل >>>

different hosts, although مضيف Þdelity is not complete. في أي أضنى (Pashley 1993) . inconsistent with our أضنى assignment based on مضيف. and mtDNA. .
المقال كامل >>>

The invention relates to methods of producing recombinant polypeptides in . in combination with a constitutively protease-deficient bacterial مضيف أضنى. .
المقال كامل >>>

Strains "breed true" when propagated in مضيف that preferentially propagates the . أربعة مضيف/أضنى combinations are exemplified: tga20 mice express PrPC at 10 .
المقال كامل >>>

. meliloti</i> (<i>S. meliloti</i>) أضنى RMBPC-2. The microorganism will be used . ال مضيف microorganism used to produce RMBPC-2 was S. meliloti أضنى الكمبيوتر. .
المقال كامل >>>


شاهد الفيديو: تنوع السلالات الجينية في العالم العربي وتداخل الأعراق تطبيق على التفرع R1b ـ Arab DNA (شهر فبراير 2023).