معلومة

ما هي الأسباب التي تجعل اكتشاف intron غير مؤكد؟

ما هي الأسباب التي تجعل اكتشاف intron غير مؤكد؟



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

يبدو أن اكتشاف تسلسل Intron / exon يتضمن تنبؤًا إحصائيًا يمكنه في أفضل الأحوال تقديم تخمين (حتى يتم تأكيده تجريبيًا) فيما يتعلق بمكان موقع لصق.

ما هي أسباب عدم وجود تسلسلات حتمية (بدلاً من الإجماع) تشير إلى مواقع لصق الموقع؟

في محاولة للإجابة على هذا بنفسي ، أعتقد أن الشيء الواضح الذي يمكنني رؤيته هو بنية الكروماتين ، والتي تتفاعل مع كيفية قراءة بوليميراز الحمض النووي الريبي لخيط الحمض النووي. إذا كانت هذه هي الحالة ، ألا تعتبر الطريقة الحالية لوصف الحمض النووي كسلسلة من أزواج قواعد AGCT معيبة بشكل أساسي؟ إذا كانت بنية الكروماتين في الواقع جزءًا من الوصف الوظيفي للحمض النووي ، فهل هناك أي جهود تُبذل لوصف ذلك؟


الفئران التي تم حذفها في أول Intron الخاص بـ Col1a1 تطور الجينات تشريح وتمزق الأبهر المعتمد على العمر

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

من قسم الكيمياء الحيوية الطبية والبيولوجيا الجزيئية (OR ، IK ، EV ، RP) ، مركز أبحاث طب القلب والأوعية الدموية التطبيقي والوقائي (OR) ، وقسم الجراحة (HH) ، جامعة توركو ، فنلندا ، مجموعة CIHR في ماتريكس Dynamics (MS) ، جامعة تورنتو ، كندا ، وأقسام الكيمياء الحيوية والطب (SH ، PB) ، جامعة واشنطن ، سياتل ، واشنطن. العنوان الحالي لـ SGH هو المستشفى الجامعي لطب الأعصاب ، هايدلبرغ ، ألمانيا.

أنت تشاهد أحدث نسخة من هذه المقالة. الإصدارات السابقة:


فرضيتان متنافستان: إنترون في وقت مبكر ضد. إنترون متأخر

نشأ تنوع البروتين على غرار خلط exon في توليد تنوع الأجسام المضادة (انظر كتاب الكيمياء الحيوية أو الوراثة الخاص بك حول نضج جهاز المناعة).

  • الإنترونات منفصلة المجالات الهيكلية. مثال على مخطط Go هنا (من هنا ، يصف هؤلاء المؤلفون زيادة كبيرة في الإنترونات في مناطق الرابط المحددة من خلال التداخل في مخطط Go).
  • في Triose Phosphate Isomerase ، تم العثور على intron في وضع اقترحه Go-plot (هنا). و. وفي حين أن الزيادة كبيرة ، إلا أنها صغيرة إلى حد ما: 216 من 570 ، أي أكثر من المتوقع في ظل التوزيع العشوائي 36). ومع ذلك ، فإن الفائض أكبر ، إذا تم أخذ البروتينات متعددة المجالات فقط في الاعتبار ، مما يشير إلى أنها تطورت بالفعل من خلال خلط exon (انظر هنا للحصول على تحليل حديث).

انترون أ - علم الصيدلة السريرية

عام

الإنترفيرون هي عائلة تتكون بشكل طبيعي من البروتينات الصغيرة والبروتينات السكرية بأوزان جزيئية من حوالي 15000 إلى 27600 دالتون تنتجها الخلايا وتفرزها استجابةً للعدوى الفيروسية وللمحفزات الاصطناعية أو البيولوجية.

علم الأدوية قبل السريرية

تمارس الإنترفيرون أنشطتها الخلوية من خلال الارتباط بمستقبلات غشائية معينة على سطح الخلية. بمجرد ارتباط الإنترفيرون بغشاء الخلية ، تبدأ سلسلة معقدة من الأحداث داخل الخلايا. أظهرت الدراسات في المختبر أن هذه تشمل تحريض بعض الإنزيمات ، وقمع تكاثر الخلايا ، وأنشطة تعديل المناعة مثل تعزيز نشاط البلعمة للبلاعم وزيادة السمية الخلوية المحددة للخلايا الليمفاوية للخلايا المستهدفة ، وتثبيط تكاثر الفيروس في المصابين بالفيروس. الخلايا.

في دراسة باستخدام خط خلايا الورم الأرومي الكبدي البشري HB 611 ، تم إثبات النشاط المضاد للفيروسات في المختبر من مضاد للفيروسات ألفا من خلال تثبيطه لتكرار فيروس التهاب الكبد B (HBV).

العلاقة بين هذه البيانات في المختبر والنتائج السريرية غير معروفة. قد يساهم أي من هذه الأنشطة في التأثيرات العلاجية للإنترفيرون.

تمت دراسة الحرائك الدوائية لـ INTRON & reg A في 12 متطوعًا من الذكور الأصحاء بعد تناول جرعات مفردة من 5 ملايين وحدة دولية / م 2 عن طريق الحقن العضلي ، وتحت الجلد ، وكتسريب في الوريد لمدة 30 دقيقة في تصميم متقاطع.

كان متوسط ​​تركيزات Intron A في المصل بعد الحقن العضلي وتحت الجلد متشابهة. كانت التركيزات القصوى في المصل التي تم الحصول عليها عبر هذه الطرق حوالي 18 إلى 116 وحدة دولية / مل وحدثت بعد 3 إلى 12 ساعة من الإعطاء. كان عمر النصف للتخلص من Intron A بعد الحقن العضلي وتحت الجلد حوالي 2 إلى 3 ساعات. كانت التركيزات في المصل غير قابلة للكشف بعد 16 ساعة من الحقن.

بعد الإعطاء في الوريد ، بلغت تركيزات المصل Intron A ذروتها (135-273 وحدة دولية / مل) بنهاية التسريب لمدة 30 دقيقة ، ثم انخفضت بمعدل أسرع قليلاً مما كانت عليه بعد إعطاء الدواء عن طريق الحقن العضلي أو تحت الجلد ، وأصبح غير قابل للكشف بعد 4 ساعات من التسريب . كان نصف عمر الإطراح حوالي ساعتين.

لم يكن من الممكن اكتشاف تركيزات Intron A في البول بعد جرعة واحدة (5 ملايين وحدة دولية / م 2) بعد أي من طرق الإعطاء بالحقن. كانت هذه النتيجة متوقعة منذ أن أظهرت الدراسات الأولية التي أجريت على كليتي الأرانب المعزولة والمروية أن الكلى قد تكون الموقع الرئيسي لتقويض الإنترفيرون.

لا توجد بيانات حركية دوائية متاحة لطريق الإعطاء داخل الآفة.

مصل الأجسام المضادة المحايدة

في المرضى الذين عولجوا بـ Intron A الذين تم اختبارهم من أجل نشاط الأجسام المضادة في التجارب السريرية ، تم اكتشاف الأجسام المضادة المضادة للإنترفيرون في المصل في 0 ٪ (0/90) من المرضى الذين يعانون من سرطان الدم مشعر الخلايا ، و 0.8 ٪ (2/260) من المرضى الذين عولجوا داخل اللوزتين أكوميناتا ، و 4 ٪ (1/24) من المرضى الذين يعانون من ساركوما كابوزي المرتبطة بالإيدز. تم اكتشاف الأجسام المضادة المعادلة في المصل في أقل من 3 ٪ من المرضى الذين عولجوا بجرعات أعلى من Intron A في الأورام الخبيثة بخلاف سرطان الدم مشعر الخلايا أو ساركوما كابوزي المرتبطة بالإيدز. لا تُعرف الأهمية السريرية لظهور نشاط معادل مضاد للإنترفيرون في المصل في هذه المؤشرات.

تم اكتشاف الأجسام المضادة المضادة للإنترفيرون في المصل في 7 ٪ (12/168) من المرضى إما أثناء العلاج أو بعد إكمال 12 إلى 48 أسبوعًا من العلاج مع 3 ملايين وحدة دولية TIW من علاج Intron A لالتهاب الكبد المزمن C وفي 13 ٪ (6 / 48) من المرضى الذين تلقوا علاج Intron A لالتهاب الكبد B المزمن عند 5 ملايين وحدة دولية في اليوم لمدة 4 أشهر ، وفي 3 ٪ (1/33) من المرضى الذين عولجوا عند 10 مليون وحدة دولية في TIW. تم اكتشاف الأجسام المضادة المضادة للإنترفيرون في المصل في 9 ٪ (5/53) من مرضى الأطفال الذين تلقوا علاج Intron A لالتهاب الكبد B المزمن عند 6 ملايين وحدة دولية / م 2 TIW. من بين جميع مرضى التهاب الكبد المزمن B أو C ، وطب الأطفال والبالغين الذين لديهم أجسام مضادة محايدة في المصل ، كانت التتر المكتشفة منخفضة (22/24 مع عيار أقل من أو يساوي 1:40 و 2/24 مع عيار أقل من أو يساوي 1: 160). لا يبدو أن ظهور نشاط معادل مضاد للإنترفيرون في الدم يؤثر على السلامة أو الفعالية.

ابيضاض الدم مشعر الخلايا

في التجارب السريرية على مرضى سرطان الدم مشعر الخلايا ، كان هناك اكتئاب في تكوين الدم خلال أول شهر إلى شهرين من علاج Intron A ، مما أدى إلى انخفاض عدد خلايا الدم الحمراء والبيضاء المنتشرة والصفائح الدموية. بعد ذلك ، حقق كل من المرضى الذين تم استئصالهم بالطحال وغير المستأصلين تحسينات كبيرة ومستمرة في الخلايا المحببة والصفائح الدموية ومستويات الهيموجلوبين في 75 ٪ من المرضى المعالجين وحدث بعض التحسن على الأقل (استجابات طفيفة) في 90 ٪. أدى علاج Intron A إلى انخفاض في فرط الخلايا في نخاع العظم وتسلل الخلايا المشعرة. كان مؤشر الخلايا المشعرة (HCI) ، الذي يمثل النسبة المئوية لخلوية نخاع العظم مضروبًا في النسبة المئوية لتسلل الخلايا المشعرة ، أكبر من أو يساوي 50٪ في بداية الدراسة في 87٪ من المرضى. انخفضت النسبة المئوية للمرضى الذين يعانون من HCI إلى 25 ٪ بعد 6 أشهر وإلى 14 ٪ بعد عام واحد. تشير هذه النتائج إلى أنه على الرغم من حدوث تحسن دموي في وقت سابق ، فقد تكون هناك حاجة إلى علاج Intron A لفترات طويلة للحصول على الحد الأقصى من تسلل الخلايا السرطانية في نخاع العظم.

انخفضت نسبة المرضى الذين يعانون من سرطان الدم مشعر الخلايا الذين يحتاجون إلى نقل خلايا الدم الحمراء أو الصفائح الدموية بشكل ملحوظ أثناء العلاج ، وانخفضت النسبة المئوية للمرضى المصابين بالعدوى المؤكدة والخطيرة مع تحسن تعداد الخلايا الحبيبية. تم إثبات عكس تضخم الطحال وفرط الطحال المهم سريريًا في بعض المرضى.

أجريت دراسة لتقييم آثار علاج Intron A الممتد على مدة الاستجابة للمرضى الذين استجابوا للعلاج الأولي. في هذه الدراسة ، تم اختيار 126 مريضًا مستجيبًا بشكل عشوائي لتلقي علاج إضافي من Intron A لمدة 6 أشهر أو المراقبة لفترة مماثلة ، بعد 12 شهرًا من علاج Intron A الأولي. خلال فترة الستة أشهر هذه ، انتكس 3٪ (2/66) من المرضى المعالجين بـ Intron A مقارنة بـ 18٪ (11/60) الذين لم يتلقوا العلاج. يمثل هذا فرقًا كبيرًا في وقت الانتكاس لصالح استمرار علاج Intron A (P = 0.006 / 0.01 ، Log Rank / Wilcoxon). نظرًا لأن نسبة صغيرة من إجمالي السكان قد انتكست ، لا يمكن تقدير متوسط ​​وقت الانتكاس في أي من المجموعتين. شوهد نمط مماثل في الانتكاسات عندما تم تقييم جميع العلاجات العشوائية ، بما في ذلك ما بعد 6 أشهر ، وبيانات المتابعة المتاحة. حدثت الانتكاسات بنسبة 15 ٪ (10/66) بين مرضى Intron A على مدى فترة زمنية أطول بكثير من 40 ٪ (24/60) مع الملاحظة (P = 0.0002 / 0.0001 ، Log Rank / Wilcoxon). تم تقدير متوسط ​​وقت الانتكاس ، باستخدام طريقة Kaplan-Meier ، ليكون 6.8 شهرًا في مجموعة المراقبة ولكن لا يمكن تقديره في مجموعة Intron A.

أظهرت المتابعة اللاحقة بمتوسط ​​وقت يقارب 40 شهرًا بقاء إجمالي قدره 87.8 ٪. في مجموعة تحكم تاريخية مماثلة متبوعة لمدة 24 شهرًا ، كان متوسط ​​البقاء على قيد الحياة حوالي 40 ٪.

سرطان الجلد الخبيث

تم تقييم سلامة وفعالية Intron A كعامل مساعد للعلاج الجراحي في المرضى الذين يعانون من الورم الميلانيني الذين كانوا خاليين من الأمراض (بعد الجراحة) ولكنهم معرضون لخطر التكرار الجهازي. وشمل هؤلاء المرضى الذين يعانون من آفات بسمك Breslow أكبر من 4 مم ، أو المرضى الذين يعانون من آفات من أي سمك Breslow مع تورط عقدي أولي أو متكرر. في تجربة عشوائية مضبوطة في 280 مريضًا ، تلقى 143 مريضًا علاج Intron A بمعدل 20 مليون وحدة دولية / م 2 عن طريق الوريد خمس مرات في الأسبوع لمدة 4 أسابيع (مرحلة الحث) متبوعًا بـ 10 مليون وحدة دولية / م 2 تحت الجلد ثلاث مرات في الأسبوع لمدة 48 أسابيع (مرحلة الصيانة). في التجربة السريرية ، كان متوسط ​​جرعة Intron A اليومية للمرضى 19.1 مليون وحدة دولية / م 2 خلال مرحلة الحث و 9.1 مليون وحدة دولية / م 2 خلال مرحلة الصيانة. بدأ العلاج بـ Intron A بعد أقل من أو يساوي 56 يومًا بعد الاستئصال الجراحي. تمت ملاحظة 137 مريضا الباقين.

أنتج علاج Intron A زيادة كبيرة في البقاء على قيد الحياة بدون انتكاس وبشكل عام. كان متوسط ​​وقت الانتكاس للمرضى المعالجين بـ Intron A مقابل مرضى المراقبة 1.72 سنة مقابل 0.98 سنة (P & lt0.01 ، رتبة لوغاريتمية طبقية). كان معدل البقاء على قيد الحياة الخالي من الانتكاس لمدة 5 سنوات ، باستخدام طريقة كابلان ماير ، 37٪ للمرضى المعالجين بـ Intron A مقابل 26٪ لمرضى المراقبة. كان متوسط ​​وقت البقاء الإجمالي للمرضى الذين عولجوا بـ Intron A مقابل مرضى المراقبة 3.82 سنة مقابل 2.78 سنة (P = 0.047 ، رتبة لوغاريتمية طبقية). كان معدل البقاء الإجمالي المقدر لمدة 5 سنوات ، باستخدام طريقة كابلان ماير ، 46٪ للمرضى المعالجين بـ Intron A مقابل 37٪ لمرضى المراقبة.

في دراسة ثانية لـ 642 مريضًا مصابًا بسرطان الجلد عالي الخطورة ، تم اختيارهم عشوائيًا بشكل متساوٍ إلى واحدة من ثلاث مجموعات: جرعة عالية من علاج Intron A لمدة عام واحد (نفس الجدول الزمني المذكور أعلاه) ، جرعة منخفضة من علاج Intron A لمدة عامين (3) MU / d TIW SC) ، والملاحظة. تمشيا مع التجربة السابقة ، أظهر علاج Intron A بجرعة عالية تحسنًا في البقاء على قيد الحياة بدون انتكاس (يقدر بـ 3 سنوات RFS 48 ٪ مقابل 41 ٪ متوسط ​​RFS 2.4 مقابل 1.6 سنة ، P = ليس مهمًا). كان البقاء على قيد الحياة الخالي من الانتكاس في ذراع Intron A بجرعة منخفضة مماثلاً لتلك التي شوهدت في ذراع المراقبة. لم يُظهر علاج Intron A بجرعة عالية ولا بجرعة منخفضة فائدة في البقاء على قيد الحياة بشكل عام مقارنة بالملاحظة في هذه الدراسة.

سرطان الغدد الليمفاوية الجريبي

تم تقييم سلامة وفعالية Intron A بالاقتران مع CHVP ، وهو نظام علاجي كيميائي مركب ، كعلاج أولي في المرضى الذين يعانون من عبء الورم الكبير العدواني ، المرحلة الثالثة / الرابعة من اللمفومة اللاهودجكينية الجرابية. تم تحديد عبء الورم الكبير من خلال وجود أي واحد مما يلي: كتلة ورم عقدي أو خارجي بقطر أكبر من 7 سم إشراك ثلاثة مواقع عقدية على الأقل (قطر كل منها أكبر من 3 سم) الأعراض الجهازية تضخم الطحال الانصباب المصلي ، الانصباب المداري أو فوق الجافية ، انضغاط الحالب أو اللوكيميا.

في تجربة عشوائية مضبوطة ، تلقى 130 مريضًا علاج CHVP وتلقى 135 مريضًا علاج CHVP بالإضافة إلى علاج Intron A بمعدل 5 ملايين وحدة دولية تحت الجلد ثلاث مرات أسبوعيًا لمدة 18 شهرًا. يتكون العلاج الكيميائي لـ CHVP من سيكلوفوسفاميد 600 مجم / م 2 ، ودوكسوروبيسين 25 مجم / م 2 ، وتينيبوسيد (VM-26) 60 مجم / م 2 ، يتم إعطاؤه عن طريق الوريد في اليوم الأول والبريدنيزون بجرعة يومية 40 مجم / م 2 عن طريق الفم في الأيام 1 إلى 5. يتكون العلاج من ست دورات CHVP تدار شهريًا ، تليها ست دورات إضافية تدار كل شهرين لمدة سنة واحدة. تلقى المرضى في مجموعتي العلاج ما مجموعه 12 دورة CHVP على مدار 18 شهرًا.

كان لدى المجموعة التي تلقت مزيجًا من علاج Intron A بالإضافة إلى CHVP بقاء أطول بشكل ملحوظ دون تقدم (2.9 سنة مقابل 1.5 سنة ، P = 0.0001 ، اختبار رتبة السجل). بعد متابعة متوسطة قدرها 6.1 سنوات ، كان متوسط ​​البقاء على قيد الحياة للمرضى الذين عولجوا بـ CHVP وحده 5.5 سنوات بينما لم يتم الوصول إلى متوسط ​​البقاء على قيد الحياة للمرضى الذين عولجوا بـ CHVP بالإضافة إلى علاج Intron A (P = 0.004 ، اختبار رتبة السجل). في ثلاث دراسات إضافية منشورة وعشوائية ومضبوطة لإضافة إنترفيرون ألفا إلى أنظمة العلاج الكيميائي المركبة المحتوية على أنثراسيكلين ، ارتبطت إضافة إنترفيرون ألفا ببقاء طويل الأمد خالٍ من التقدم. لم يتم ملاحظة الاختلافات في البقاء على قيد الحياة بشكل عام.

كونديلوماتا أكوميناتا

ترتبط Condylomata المؤنف (الثآليل التناسلية أو التناسلية) بالعدوى بفيروس الورم الحليمي البشري (HPV). تم تقييم سلامة وفعالية Intron A في علاج اللقمة المؤنف في ثلاث تجارب سريرية مزدوجة التعمية مضبوطة. في هذه الدراسات ، تم إعطاء جرعات Intron A من 1 مليون وحدة دولية لكل آفة داخل الآفة ثلاث مرات في الأسبوع (TIW) ، في أقل من أو يساوي 5 آفات لكل مريض لمدة 3 أسابيع. تمت مراقبة المرضى لمدة تصل إلى 16 أسبوعًا بعد الانتهاء من دورة العلاج الكاملة.

كان علاج Intron A من اللقمة أكثر فعالية بشكل ملحوظ من العلاج الوهمي ، حيث تم قياسه من خلال اختفاء الآفات ، وانخفاض حجم الآفة ، والتغير العام في حالة المرض. من بين 192 مريضًا تم علاجهم بـ Intron A و 206 مريضًا عولجوا بدواء وهمي والذين تم تقييم فعاليتهم في وقت الحصول على أفضل استجابة خلال فترة الدراسة ، عانى 42 ٪ من مرضى Intron A مقابل 17 ٪ من مرضى الدواء الوهمي من إزالة جميع الآفات المعالجة. وبالمثل ، 24٪ من مرضى Intron A مقابل 8٪ من مرضى العلاج الوهمي عانوا من انخفاض ملحوظ (75٪ إلى أقل من 100٪) في حجم الآفة ، 18٪ مقابل 9٪ عانوا من انخفاض متوسط ​​(50٪ إلى 75٪) في حجم الآفة ، 10 ٪ مقابل 42٪ كان لديهم انخفاض طفيف (أقل من 50٪) في حجم الآفة ، 5٪ مقابل 24٪ لم يكن لديهم أي تغيير في حجم الآفة ، و 0٪ مقابل 1٪ حدث تفاقم (P & lt0.001).

في إحدى هذه الدراسات ، تعرض 43٪ (54/125) من المرضى الذين عولجوا عدة آفات (أقل من أو تساوي 3) إلى تطهير كامل لجميع الآفات المعالجة خلال فترة الدراسة. من بين هؤلاء المرضى ، بقي 81 ٪ خاليًا من العلاج بعد 16 أسبوعًا من بدء العلاج.

المرضى الذين لم يحصلوا على إزالة كاملة لجميع آفاتهم المعالجة عولجوا بنفس هذه الآفات بدورة ثانية من العلاج. خلال هذه الدورة الثانية من العلاج ، كان لدى 38 ٪ إلى 67 ٪ من المرضى إزالة جميع الآفات المعالجة. تراوحت النسبة الإجمالية للمرضى الذين تخلصوا من جميع الآفات المعالجة بعد دورتين من العلاج من 57٪ إلى 85٪.

أظهرت الآفات المعالجة بـ Intron A تحسنًا في غضون 2 إلى 4 أسابيع بعد بدء العلاج في الدراسة أعلاه لوحظت الاستجابة القصوى لعلاج Intron A بعد 4 إلى 8 أسابيع من بدء العلاج.

كانت الاستجابة لعلاج Intron A أفضل في المرضى الذين يعانون من الورم الحميد لفترات أقصر من المرضى الذين يعانون من الآفات لفترة أطول.

اشتملت دراسة أخرى على 97 مريضًا عولجوا ثلاث آفات إما بحقن داخل الآفة بمقدار 1.5 مليون وحدة دولية من Intron A لكل آفة متبوعًا بتطبيق موضعي من 25 ٪ podophyllin ، أو تطبيق موضعي لـ 25 ٪ podophyllin وحده. تم إعطاء العلاج مرة واحدة في الأسبوع لمدة 3 أسابيع. أظهر العلاج المشترك لـ Intron A و podophyllin أنه أكثر فعالية بشكل ملحوظ من podophyllin وحده ، كما هو محدد من قبل عدد المرضى الذين تم تطهير آفاتهم. ظهر هذا الاختلاف الكبير في الاستجابة بعد العلاج الثاني (الأسبوع 3) واستمر خلال 8 أسابيع بعد العلاج. في وقت الاستجابة الأفضل للمريض ، كان 67٪ (33/49) من المرضى المعالجين بـ Intron A و podophyllin يعانون من الآفات الثلاثة المعالجة بينما 42٪ (20/48) من المرضى الذين عولجوا بالبودوفيلين كان لديهم الثلاثة كلهم ​​واضحين. (P = 0.003).

ساركوما كابوزي المرتبطة بالإيدز

تم تقييم سلامة وفعالية Intron A في علاج Kaposi's Sarcoma (KS) ، وهو مظهر شائع لمتلازمة نقص المناعة المكتسب (الإيدز) ، في التجارب السريرية في 144 مريضًا.

في إحدى الدراسات ، تم إعطاء جرعات Intron A البالغة 30 مليون وحدة دولية / م 2 تحت الجلد ثلاث مرات في الأسبوع (TIW) لمرضى KS المرتبط بالإيدز. تم تعديل الجرعات لتحمل المريض. كان متوسط ​​الجرعة الأسبوعية التي تم تسليمها في الأسابيع الأربعة الأولى 150 مليون وحدة دولية في نهاية 12 أسبوعًا بمتوسط ​​110 مليون وحدة دولية / أسبوع وبحلول 24 أسبوعًا بلغ متوسط ​​75 مليون وحدة دولية / أسبوع.

استجاب أربعة وأربعون في المائة من المرضى بدون أعراض مقابل 7 في المائة من المرضى الذين يعانون من أعراض. كان متوسط ​​وقت الاستجابة حوالي شهرين وشهر واحد ، على التوالي ، للمرضى الذين لا يعانون من أعراض أو أعراض. كان متوسط ​​مدة الاستجابة حوالي 3 أشهر و 1 شهر ، على التوالي ، للمرضى الذين لا تظهر عليهم أعراض أو أعراض. كانت نسب خط الأساس T4 / T8 0.46 للمستجيبين مقابل 0.33 لغير المستجيبين.

في دراسة أخرى ، تم إعطاء جرعات Intron A من 35 مليون وحدة دولية تحت الجلد ، يوميًا (QD) ، لمدة 12 أسبوعًا. استمر علاج الصيانة ، مع الجرعات اليومية (QOD) ، لمدة تصل إلى عام واحد في المرضى الذين حصلوا على استجابات مضادة للأورام والفيروسات. كان متوسط ​​وقت الاستجابة شهرين ومتوسط ​​مدة الاستجابة 5 أشهر في المرضى بدون أعراض.

في جميع الدراسات ، كان احتمال الاستجابة أكبر في المرضى الذين يعانون من أجهزة مناعية سليمة نسبيًا كما تم تقييمها من خلال تعداد CD4 الأساسي (قابل للتبادل مع T4). كانت النتائج عند جرعات 30 مليون IU / m 2 TIW و 35 مليون IU / QD متشابهة تحت الجلد وتم توفيرها معًا في الجدول 1. يوضح هذا الجدول العلاقة بين الاستجابة لعدد CD4 الأساسي في كل من المرضى الذين لا يعانون من أعراض أو أعراض في 30 مليون وحدة دولية / م 2 TIW ومجموعات العلاج 35 مليون وحدة دولية / QD.

في مجموعة الدراسة التي تبلغ 30 مليون وحدة دولية ، كان 7 ٪ (5/72) من المرضى مستجيبين كاملين و 22 ٪ (16/72) من المرضى كانوا مستجيبين جزئيًا. تضمنت الدراسة التي تبلغ 35 مليون وحدة دولية 13 ٪ (3/23 مريضًا) مستجيبين كاملين و 17 ٪ (4/23) مستجيبين جزئيًا.

بالنسبة للمرضى الذين تلقوا 30 مليون وحدة دولية TIW ، كان متوسط ​​وقت البقاء على قيد الحياة أطول في المرضى الذين يعانون من CD4 أكبر من 200 (30.7 شهرًا) مقارنة بالمرضى الذين لديهم CD4 أقل من أو يساوي 200 (8.9 شهرًا). بين المستجيبين ، كان متوسط ​​وقت البقاء على قيد الحياة 22.6 شهرًا مقابل 9.7 شهرًا في غير المستجيبين.

التهاب الكبد المزمن سي

تم تقييم سلامة وفعالية Intron A في علاج التهاب الكبد C المزمن في 5 دراسات سريرية عشوائية تم فيها تقييم جرعة Intron A من 3 ملايين وحدة دولية ثلاث مرات في الأسبوع (TIW). كانت الدراسات الثلاث الأولية عبارة عن تجارب خاضعة للتحكم الوهمي قيمت دورة علاجية مدتها 6 أشهر (24 أسبوعًا). في كل من الدراسات الثلاث ، أدى علاج Intron A إلى انخفاض في مصل ألانين أمينوترانسفيراز (ALT) في نسبة أكبر من المرضى مقابل مرضى التحكم في نهاية 6 أشهر من الجرعات. خلال 6 أشهر من المتابعة ، حافظ ما يقرب من 50٪ من المرضى الذين استجابوا على استجابة ALT الخاصة بهم. كشف تحليل مشترك يقارن بين المعالجة المسبقة وخزعات الكبد بعد العلاج عن تحسن نسيجي في نسبة أكبر بشكل ملحوظ إحصائيًا من المرضى المعالجين بـ Intron A مقارنةً بالضوابط.

حققت دراستان إضافيتان فترات علاج أطول (تصل إلى 24 شهرًا). 5،6 المرضى في الدراستين لتقييم مدة العلاج الأطول يعانون من التهاب الكبد مع أو بدون تليف الكبد في غياب مرض الكبد اللا تعويضي. تم تعريف الاستجابة الكاملة للعلاج على أنها تطبيع المستويات الأخيرة من ALT في المصل خلال فترة العلاج. تم تعريف الاستجابة المستمرة على أنها استجابة كاملة في نهاية فترة العلاج ، مع استمرار قيم ALT الطبيعية لمدة 6 أشهر على الأقل بعد التوقف عن العلاج.

في الدراسة 1 ، تم علاج جميع المرضى مبدئيًا باستخدام Intron A 3 ملايين وحدة دولية TIW تحت الجلد لمدة 24 أسبوعًا (التشغيل في الفترة). تم بعد ذلك تعيين المرضى الذين أكملوا فترة العلاج الأولية البالغة 24 أسبوعًا بشكل عشوائي لعدم تلقي مزيد من العلاج ، أو لتلقي 3 ملايين وحدة دولية في TIW لمدة 48 أسبوعًا إضافية. في الدراسة 2 ، تم تعيين المرضى الذين استوفوا معايير الدخول بشكل عشوائي لتلقي Intron A 3 ملايين وحدة دولية TIW تحت الجلد لمدة 24 أسبوعًا أو لتلقي Intron A 3 مليون IU TIW تحت الجلد لمدة 96 أسبوعًا. في كلتا الدراستين ، كانت متابعة المريض متغيرة وكان بعض جمع البيانات بأثر رجعي.

تظهر النتائج أن الفترات الأطول من علاج Intron A حسنت معدل الاستجابة المستدام (انظر الجدول 2). في المرضى الذين لديهم استجابات كاملة (CR) لعلاج Intron A بعد 6 أشهر من العلاج (149/352 [42 ٪]) ، كانت الاستجابات أقل استمرارًا إذا توقف الدواء (21/70 [30 ٪]) مما لو استمر لمدة 18 إلى 24 شهرًا (44/79 [56٪]). من بين جميع المرضى الذين تم اختيارهم عشوائياً ، كان معدل الاستجابة المستدامة في المرضى الذين تلقوا العلاج لمدة 18 أو 24 شهرًا 22٪ و 26٪ على التوالي في التجربتين. في المرضى الذين لم يكن لديهم CR قبل 6 أشهر ، لم ينتج عن العلاج الإضافي استجابات أكثر بشكل ملحوظ ، لأن جميع المرضى الذين استجابوا للعلاج فعلوا ذلك خلال الأسابيع الـ 16 الأولى من العلاج.

مجموعة فرعية (أقل من 50٪) من المرضى من دراسات الجرعات الممتدة المجمعة خضعت لأخذ خزعات من الكبد قبل وبعد علاج Intron A. لوحظ تحسن في النشاط التنكري للالتهاب كما تم تقييمه بأثر رجعي من قبل Knodell (الدراسة 1) و Scheuer (الدراسة 2) في كلتا الدراستين. تحسن عدد أكبر من المرضى (58٪ ، 45/78) مع العلاج الممتد مقارنة بالعلاج الأقصر (6 أشهر) (38٪ ، 34/89) في هذه المجموعة الفرعية.

قدم العلاج المركب مع Intron A و REBETOL & reg (ribavirin USP) انخفاضًا كبيرًا في الحمل الفيروسي وتحسين الاستجابة النسيجية لدى المرضى البالغين الذين يعانون من أمراض الكبد المعوضة والذين كانوا يعالجون - na & iumlve أو انتكسوا بعد العلاج باستخدام alpha interferon وحده مرضى الأطفال الذين لم يعالجوا سابقًا بألفا عانى الإنترفيرون من استجابة فيروسية مستدامة. راجع معلومات وصف REBETOL للحصول على معلومات إضافية.

التهاب الكبد المزمن ب

تم تقييم سلامة وفعالية Intron A في علاج التهاب الكبد B المزمن في ثلاث تجارب سريرية حيث تم إعطاء جرعات Intron A من 30 إلى 35 مليون وحدة دولية في الأسبوع تحت الجلد (SC) ، إما 5 ملايين وحدة دولية يوميًا (QD) ، أو 10 ملايين وحدة دولية ثلاث مرات في الأسبوع (TIW) لمدة 16 أسبوعًا مقابل عدم العلاج. كان جميع المرضى يبلغون من العمر 18 عامًا أو أكثر ولديهم مرض كبدي معوض ، وكان لديهم عدوى مزمنة من فيروس التهاب الكبد B (HBsAg في الدم إيجابية لمدة 6 أشهر على الأقل) وتضاعف HBV (مصل HBeAg إيجابي). كان المرضى أيضًا إيجابيًا في الدم HBV-DNA ، وهو مؤشر إضافي لتكرار HBV ، كما تم قياسه بواسطة اختبار البحث. 7،8 كان لدى جميع المرضى ارتفاع في مصل ألانين أمينوترانسفيراز (ALT) ونتائج خزعة الكبد المتوافقة مع تشخيص التهاب الكبد المزمن. تم استبعاد المرضى الذين يعانون من وجود أجسام مضادة لفيروس نقص المناعة البشرية (مضاد لفيروس نقص المناعة البشرية) أو الجسم المضاد لفيروس التهاب الكبد الدلتا (anti-HDV) في مصل الدم من الدراسات.

تم تعريف الاستجابة الفيروسية للعلاج في هذه الدراسات على أنها فقدان علامات المصل لتكرار HBV (HBeAg و HBV DNA). تضمنت المعلمات الثانوية للاستجابة فقدان HBsAg في المصل ، ونقص ALT في المصل ، وتحسين أنسجة الكبد.

في كل من الدراستين العشوائيتين الخاضعتين للرقابة ، أظهرت نسبة أكبر بكثير من المرضى المعالجين بـ Intron A استجابة فيروسية مقارنة بمرضى التحكم غير المعالجين (انظر الجدول 3). في دراسة ثالثة بدون مجموعة تحكم متزامنة ، لوحظ معدل استجابة مماثل لعلاج Intron A. المعالجة المسبقة بالبريدنيزون ، التي تم تقييمها في دراستين ، لم تحسن معدل الاستجابة ولم تقدم أي فائدة إضافية.

كانت الاستجابة للعلاج بـ Intron A دائمة. لم يستجيب أي مريض لعلاج Intron A بجرعة 5 ملايين وحدة دولية QD أو 10 ملايين وحدة دولية من TIW خلال فترة المتابعة ، والتي تراوحت بين 2 إلى 6 أشهر بعد انتهاء العلاج. تم الحفاظ على فقدان مصل HBeAg و HBV DNA في 100 ٪ من 19 مريضًا مستجيبًا متبوعًا لمدة 3.5 إلى 36 شهرًا بعد نهاية العلاج.

في نسبة من المرضى المستجيبين ، تبع فقدان HBeAg فقدان HBsAg. تم فقدان HBsAg في 27٪ (4/15) من المرضى الذين استجابوا للعلاج بـ Intron A بجرعة 5 ملايين وحدة دولية في اليوم ، و 35٪ (8/23) من المرضى الذين استجابوا لـ 10 مليون وحدة دولية من TIW. لم يفقد أي مريض غير مُعالج HBsAg في هذه الدراسات.

في دراسة جارية لتقييم استدامة الاستجابة الفيروسية على المدى الطويل ، تمت متابعة 64 مريضًا يستجيبون للعلاج بـ Intron A لمدة 1.1 إلى 6.6 سنوات بعد العلاج ، 95 ٪ (61/64) لا يزال مصل HBeAg سلبيًا ، و 49 ٪ (30 /) 61) فقد مصل HBsAg.

أدى علاج Intron A إلى تطبيع ALT في المصل في نسبة أكبر بكثير من المرضى المعالجين مقارنة بالمرضى غير المعالجين في كل من الدراستين الخاضعتين للرقابة (انظر الجدول 4). في دراسة ثالثة بدون مجموعة تحكم متزامنة ، لوحظ تطبيع ALT في المصل في 50 ٪ (12/24) من المرضى الذين يتلقون علاج Intron A.

ارتبطت الاستجابة الفيروسية بانخفاض ALT في المصل إلى المستوى الطبيعي أو شبه الطبيعي (أقل من أو يساوي 1.5 مرة الحد الأعلى الطبيعي) في 87٪ (13/15) من المرضى الذين يستجيبون للعلاج بـ Intron A عند 5 ملايين وحدة دولية QD ، و 100٪ (23/23) من المرضى يستجيبون لـ 10 مليون وحدة دولية في TIW.

تم تقييم التحسن في أنسجة الكبد في الدراسات 1 و 3 من خلال المقارنة بين المعالجة المسبقة وخزعات الكبد بعد العلاج لمدة 6 أشهر باستخدام مؤشر نشاط الأنسجة Knodell شبه الكمي. 9 لم يلاحظ أي فرق معتد به إحصائيًا في أنسجة الكبد في المرضى المعالجين مقارنة بالمرضى الضابطين في الدراسة 1. على الرغم من ملاحظة تحسن نسجي معتد به إحصائيًا من خط الأساس في المرضى المعالجين في الدراسة 3 (P & le 0.01) ، لم تكن هناك مجموعة تحكم للمقارنة . من بين هؤلاء المرضى الذين أظهروا استجابة فيروسية بعد العلاج بـ 5 ملايين وحدة دولية QD أو 10 ملايين وحدة دولية TIW ، لوحظ تحسن نسيجي في 85 ٪ (17/20) مقارنة بـ 36 ٪ (9/25) من المرضى الذين لم يكونوا مستجيبين للفيروسات. يرجع التحسن النسيجي في المقام الأول إلى انخفاض في شدة النخر ، والتنكس ، والالتهاب في المناطق المحيطة بالفصوص ، والبابية من الكبد (Knodell Categories I + II + III). لوحظ التحسن النسيجي المستمر في أربعة مرضى مستجيبين فقدوا مصل HBsAg وتمت متابعتهم بعد 2 إلى 4 سنوات من نهاية علاج Intron A. 10

تم تقييم سلامة وفعالية Intron A في علاج التهاب الكبد B المزمن في تجربة معشاة ذات شواهد واحدة من 149 مريضًا تتراوح أعمارهم بين سنة واحدة و 17 عامًا. تم علاج 72 مريضًا بـ 3 ملايين وحدة دولية / م 2 من علاج Intron A الذي تم إعطاؤه تحت الجلد ثلاث مرات في الأسبوع (TIW) لمدة أسبوع واحد ، ثم تم تصعيد الجرعة إلى 6 ملايين وحدة دولية / م 2 TIW لمدة لا تقل عن 16 أسبوعًا حتى 24 أسبوعًا. كانت الجرعة الأسبوعية القصوى 10 مليون وحدة دولية TIW. سبعة وسبعون مريضا لم يتم علاجهم من الضوابط. كانت معايير دخول الدراسة والاستجابة لها متطابقة مع تلك الموصوفة في جمهرة المرضى البالغين.

كان لدى المرضى الذين عولجوا بعلاج Intron A استجابة أفضل (فقدان HBV DNA و HBeAg في 24 أسبوعًا من المتابعة) مقارنةً بالضوابط غير المعالجة (24٪ [17/72] مقابل 10٪ [8/77] P = 0.05) . ظل ستة عشر من 17 من المستجيبين الذين عولجوا بعلاج Intron A سلبيًا من HBV DNA و HBeAg وكان مصل الدم الطبيعي ALT بعد 12 إلى 24 شهرًا من الانتهاء من العلاج. أصبح مصل HBsAg سلبيًا في 7 من أصل 17 مريضًا استجابوا لعلاج Intron A. لم يصبح أي من مرضى التحكم الذين لديهم HBV DNA واستجابة HBeAg سلبية HBsAg. في 24 أسبوعًا من المتابعة ، كان تطبيع ALT في المصل مشابهًا في المرضى الذين عولجوا بعلاج Intron A (17 ٪ ، 12/72) وفي مرضى التحكم غير المعالجين (16 ٪ ، 12/77). كان المرضى الذين لديهم حمض HBV الأساسي أقل من 100 بيكوغرام / مل أكثر عرضة للاستجابة للعلاج Intron A من المرضى الذين لديهم حمض HBV الأساسي أكبر من 100 بيكوغرام / مل (35 ٪ مقابل 9 ٪ ، على التوالي). كان المرضى الذين أصيبوا بالتهاب الكبد B من خلال الانتقال الرأسي من الأم معدلات استجابة أقل من أولئك الذين أصيبوا بالمرض بوسائل أخرى (5٪ مقابل 31٪ على التوالي). لم يكن هناك دليل على أن التأثيرات على HBV DNA و HBeAg كانت مقصورة على مجموعات سكانية فرعية محددة على أساس العمر أو الجنس أو العرق.

الجدول 1 الاستجابة عن طريق عدد CD4 الأساسي * في مرضى KS المرتبطين بالإيدز
30 مليون IU / m 2 TIW، SC و 35 مليون IU QD، SC
بدون أعراض ظاهرة مصحوب بأعراض
* لم تكن بيانات CD4 ، والتصنيف بدون أعراض وأعراض متاحة لجميع المرضى.
CD4 & lt200 4/14 (29%) 0/19 (0%)
200 & leCD4 & le400 6/12 (50%) 0/5 (0%)
> 58%
CD4 و GT400 5/7 (71%) 0/0 (0%)
الجدول 2 معدل الاستجابة البديلة المستدام مقابل مدة العلاج في مرضى التهاب الكبد المزمن C Intron A 3 مليون وحدة دولية TIW
مجموعة العلاج * - عدد المرضى (٪)
رقم الدراسة Intron 3 ملايين وحدة دولية 24 أسبوعًا من العلاج Intron 3 مليون وحدة دولية 72 أو 96 أسبوعًا من العلاج والخنجر الفرق (ممتد و [مدش 24 أسبوعًا)
(95٪ CI) & خنجر
* مجموعات النية في العلاج. & dagger Study 1: 72 أسبوعًا من العلاج.دراسة 2: 96 أسبوعًا من العلاج. تم تعديل فترات ثقة الخنجر لمقارنات متعددة بسبب 3 أذرع علاج في الدراسة.
استجابة ALT في نهاية المتابعة
1 12/101 (12%) 23/104 (22%) 10% (-3, 24)
2 9/67 (13%) 21/80 (26%) 13% (-4, 30)
الدراسات المجمعة 21/168 (12.5%) 44/184 (24%) 11.4% (2, 21)
استجابة ALT في نهاية العلاج
1 40/101 (40%) 51/104 (49%) --
2 32/67 (48%) 35/80 (44%) --
الجدول 3 الاستجابة الفيروسية * في مرضى التهاب الكبد المزمن ب
مجموعة العلاج والخنجر - عدد المرضى (٪)
رقم الدراسة Intron A 5 مليون وحدة دولية QD انترون 10 مليون IU TIW الضوابط غير المعالجة قيمة P & Dagger
* فقدان HBeAg و HBV DNA لمدة 6 أشهر بعد العلاج. & خنجر لم يظهر المرضى المعالجون بالبريدنيزون مسبقًا. & Dagger Intron مجموعة العلاج مقابل السيطرة غير المعالجة. تم تقييم مرضى الشاهد غير المعالجين بعد فترة مراقبة مدتها 24 أسبوعًا. تلقت مجموعة فرعية في وقت لاحق العلاج Intron A. المقارنة المباشرة غير قابلة للتطبيق (نسبة غير معلومة).
1 7 15/38 (39%) -- -- 3/42 (7%) 0.0009
2 -- -- 10/24 (42%) 1/22 (5%) 0.005
3 8 -- -- 13/24 & الطائفة (54%) 2/27 (7٪) والطائفة غير متوفر والطائفة
كل الدراسات 15/38 (39%) 23/48 (48%) 6/91 (7%) --
الجدول 4 الاستجابات البديلة * في مرضى التهاب الكبد المزمن ب
مجموعة العلاج - عدد المرضى (٪)
رقم الدراسة Intron A 5 مليون وحدة دولية QD انترون 10 مليون IU TIW الضوابط غير المعالجة قيمة P & خنجر
* انخفاض في مصل ALT إلى المعدل الطبيعي لمدة 6 أشهر بعد العلاج. & خنجر Intron مجموعة العلاج مقابل السيطرة غير المعالجة. & Dagger مرضى التحكم غير المعالجين الذين تم تقييمهم بعد فترة مراقبة مدتها 24 أسبوعًا. تلقت مجموعة فرعية في وقت لاحق العلاج Intron A. المقارنة المباشرة غير قابلة للتطبيق (نسبة غير معلومة).
1 16/38 (42%) -- -- 8/42 (19%) 0.03
2 -- -- 10/24 (42%) 1/22 (5%) 0.0034
3 -- -- 12/24 & خنجر (50%) 2/27 (7٪) و خنجر NA & خنجر
كل الدراسات 16/38 (42%) 22/48 (46%) 11/91 (12%) --

يمكن أن يعزز الإنزيم القديم قوة الخزعات السائلة للكشف عن السرطانات وتوصيفها

يطور العلماء مجموعة من الاختبارات الطبية تسمى الخزعات السائلة التي يمكنها الكشف بسرعة عن وجود السرطانات والأمراض المعدية والحالات الأخرى من عينة دم صغيرة فقط. يعمل الباحثون في جامعة تكساس في أوستن على تطوير أداة جديدة للخزعة السائلة التي يمكن أن تزود الأطباء قريبًا بصورة أكثر اكتمالاً لمرض الفرد ، مما يحسن فرصهم في العثور على أفضل علاج ، مع تجنيب المرضى الألم والإزعاج وطول المدة. أوقات الانتظار المرتبطة بالخزعات الجراحية.

ألان لامبوويتز ، الأستاذ في معهد البيولوجيا الخلوية والجزيئية وقسم العلوم البيولوجية الجزيئية ، وفريقه يدرسون إنزيمًا قديمًا في البكتيريا يمكن استخدامه للكشف عن أجزاء من المادة الجينية التي يفرزها السرطان أو الخلايا المريضة الأخرى في المريض. تيار الدم.

يمكن للعديد من الخزعات السائلة الحالية اكتشاف الحمض النووي في الدم ، ويمكن للآخرين اكتشاف الحمض النووي الريبي ، على الرغم من أنها تميل إلى إغفال العديد من المؤشرات الحيوية الرئيسية للحمض النووي الريبي وإساءة تفسير الآخرين. لكن هذا الإنزيم القديم الموصوف في ورقة بحثية نشرت اليوم في المجلة الخلية الجزيئية، يكتشف النطاق الكامل من RNAs بدقة أعلى بكثير ، مما يساعد على فهم كل من الملف الشخصي العام لمرض مثل السرطان ومعلومات محددة حول نشاطه في مريض معين. يمكن أن توفر هذه الطريقة المحسّنة أداة رئيسية للأطباء الذين يسعون لتحقيق حلم الطب الدقيق ، أو العلاجات المصممة للأفراد بناءً على جيناتهم وتاريخ حياتهم ، فضلاً عن الجوانب الفريدة لأمراضهم.

في هذه الدراسة الجديدة ، كشفت الباحثة ما بعد الدكتوراة جينيفر ستاموس لأول مرة عن التركيب الجزيئي لهذا الإنزيم الذي يكتشف الحمض النووي الريبي في العمل ، مما يوفر أدلة حول كيفية عمله وكيف يمكن تحسينه لاستخدامه في الاختبارات الطبية.

يحمل كل من الحمض النووي والحمض النووي الريبي معلومات وراثية مفيدة لفهم حالة مرضية مثل السرطان. يشبه الحمض النووي قائمة في مطعم ، تحتوي على جميع المعلومات حول الوجبات التي يمكن للعميل الاختيار من بينها في أي يوم معين ، في حين أن الحمض النووي الريبي يشبه طلب العميل - الأرقام والأنواع المحددة للوجبات المطلوبة بالفعل.

قال لامبوويتز: "المؤشرات الحيوية للحمض النووي ثابتة. إنها توفر معلومات عن الطفرات التي تسبب المرض ، لكنها لا تقدم معلومات حول تأثير هذه الطفرات على العمليات الخلوية ، والتي يمكن أن تختلف باختلاف الأفراد". هذا أحد الأسباب التي تجعل الطفرة المسببة للسرطان لها تأثيرات مختلفة وتستجيب بشكل مختلف للعلاج ، اعتمادًا على الفرد ، وهو اعتبار رئيسي للطب الشخصي.

وعلى النقيض من ذلك ، فإن "مراقبة الحمض النووي الريبي الخلوي توفر لمحة سريعة عما يحدث بالضبط في الأنسجة المريضة ، مثل الورم ، في وقت معين" ، على حد قول لامبوويتز."يمكن استخدام هذه الطريقة لمراقبة التقدم اليومي للمرض والاستجابة للعلاج والتنبؤ بكيفية استجابة الأفراد المختلفين المصابين بالسرطان للعلاجات المختلفة."

يتصور لامبوويتز أخذ خزعة سائلة من شأنها ، بالاقتران مع أدوات أخرى ، أن تزود المهنيين الصحيين بكل هذه المعلومات. تسمى مجموعة الإنزيمات التي يدرسها والتي يعتقد أنها يمكن أن تساعد TGIRTs (تُنطق TIE-girts) ، وهي اختصار لمجموعة النسخ العكسية من المجموعة الثانية intron. تجد TGIRTs خيوطًا من الحمض النووي الريبي (RNA) وتخلق خيوطًا تكميلية من الحمض النووي تقوم بتشفير نفس المعلومات ويمكن تسلسلها بسرعة لتوفير معلومات تشخيصية. نظرًا لأنهم قادرون على عمل نسخ من الحمض النووي بدقة لأي نوع من أنواع الحمض النووي الريبي تقريبًا من كميات صغيرة جدًا من المواد الأولية ، فإنهم سيفعلون بشكل أفضل في التقاط المؤشرات الحيوية للمرض أكثر من أي شيء متوفر حاليًا في الخزعة السائلة القائمة على الحمض النووي الريبي ، وفقًا لامبوويتز.

يتعاون Lambowitz وفريقه مع الأطباء لاختبار الخزعات السائلة بناءً على إنزيم TGIRT. الأولى ، في مركز إم دي أندرسون للسرطان بجامعة تكساس في هيوستن ، تركز على سرطان الثدي الالتهابي. مركز آخر ، في مركز مدينة الأمل الطبي الوطني بالقرب من لوس أنجلوس ، يركز على الورم النقوي المتعدد ، وهو نوع من السرطان يؤثر على الخلايا في نخاع العظام. إذا نجحت ، فإن هذه الخزعات السائلة الجديدة ستنضم إلى تقنيات الخزعة السائلة الأخرى المستخدمة بالفعل ، مثل تلك التي تكتشف في دم الأمهات الحوامل تشوهات الكروموسومات في الجنين النامي.

TGIRTs هي إنزيمات قديمة تعود إلى وقت كانت فيه المعلومات الجينية مخزنة بشكل أساسي في RNA لكن الحياة كانت تنتقل إلى DNA. ومن النتائج الرئيسية الأخرى للدراسة أن إنزيمات TGIRT تشبه بشكل ملحوظ إنزيمات فيروسات RNA ، التي تنسخ الحمض النووي الريبي. يسلط هذا الضوء على الدور التطوري المحتمل لـ TGIRTs والأنزيمات الأخرى ذات الصلة الوثيقة في تطور الكائنات الحية الحالية ، والتي تستخدم الحمض النووي للمواد الجينية.

المؤلف المشارك الآخر للدراسة هو ألفريد لينتش ، طالب دراسات عليا في العلوم الحيوية الجزيئية.

تم دعم هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة ومؤسسة ويلش.

تخضع إنزيمات TGIRT وطرق استخدامها لبراءات الاختراع وطلبات براءات الاختراع التي تم ترخيصها من قبل جامعة تكساس وجامعة شرق ولاية تينيسي لشركة تابعة لجامعة تكساس ، InGex LLC. Lambowitz والجامعة هم من أصحاب الأسهم الأقلية في InGex ، وتتلقى جامعة Lambowitz وبعض أعضاء مختبره الحاليين والسابقين مدفوعات الإتاوات من بيع إنزيمات ومجموعات TGIRT وترخيص الملكية الفكرية.


الاستعلام مقابل النصوص المرجعية

كان الغرض الأصلي من GffCompare هو تقييم مدى دقة مطابقة مجموعة من النصوص "الجديدة" ("الاستعلام") للتعليق التوضيحي المرجعي. من أجل تقييم الدقة والحساسية بشكل صحيح عند مقارنة مجموعتين من النصوص ، يجب توخي الحذر بشكل خاص للإدخالات "المكررة" أو "الزائدة عن الحاجة" داخل كل مجموعة.

يحاول GffCompare اكتشاف مثل هذه النصوص المكررة وإزالتها ، ويستخدم افتراضات مختلفة قليلاً لمجموعة * المراجع * (المجموعة المعطاة مع الخيار -r) مقارنة بمجموعة "الاستعلام". بشكل افتراضي ، يكون GffCompare أكثر صرامة عند تقييم التكرار في مجموعة المرجع منه في مجموعة الاستعلام. تؤثر هذه "الصرامة" أيضًا على نصوص exon المفردة (SETs) والنصوص متعددة exon (METs):

  • عند تحميل النصوص المرجعية:
    • تعتبر المجموعات (نصوص exon المفردة) "مكررة" (أي مطابقة وزائدة عن الحاجة) إذا كان الأقصر هو محتواة بالكامل داخل حدود الأكبر و إذا كان الأقصر 80٪ على الأقل من طول الأكبر
    • تعتبر METs زائدة عن الحاجة إذا كان لديهم سلسلة intron مطابقة تمامًا وإذا كانت حدود النص الأقصر هي محتواة بالكامل داخل حدود النسخة الأكبر (لذا فإن exons الطرفية لنسخة واحدة تكون دائمًا أطول أو مساوية للإكسونات الطرفية المتداخلة للآخر).
    • تعتبر مجموعات الإعدادات زائدة عن الحاجة باستخدام تقييم "تطابق" غامض مثل هذا:
      • المنطقة المتداخلة> = 80٪ من طول النص الأكبر أو (> = 70٪ من طول النص الأكبر و> = 80٪ من طول النص الأقصر) تبدو الجملة الأخيرة زائدة عن الحاجة بعض الشيء ولكن ذلك بالتحديد يتم استخدام check أيضًا في مكان آخر في gffcompare ، أي لحالات "الاحتواء العكسي" عندما أردنا تخفيف الطريقة التي نقيم بها "التطابق" مع مرجع عندما يكون المرجع أقصر من الاستعلام وربما "محتويًا تقريبًا" داخل الاستعلام .

      بسبب هذه الطرق المختلفة لتقييم "التكرار" ضمن مجموعة نصوص الاستعلام مقابل النصوص المرجعية ، قد يجد المرء أن تشغيل GffCompare لمجموعة من النصوص مقابل نفسها قد يؤدي في بعض الحالات إلى دقة الأرقام التي ليست كلها بنسبة 100٪ في ملف إخراج الإحصائيات ، إذا كانت هذه المجموعة تحتوي على نصوص يمكن العثور عليها "متكررة" بشكل مختلف عند تحميل الملف كمجموعة "استعلام" مقارنةً عند تحميل نفس الملف كملف المرجعي يضع.

      يمكن إجبار GffCompare على استخدام نفس معايير "التكرار" لكل من مجموعات بيانات الاستعلام والمرجع باستخدام الخيار الذي يفرض نفس "الفحص الصارم" لاحتواء الحدود وما إلى ذلك لمجموعة بيانات "الاستعلام" كما هو الحال بالنسبة لمجموعة البيانات المرجعية.


      توليد عدم اليقين في الجوار في الشبكات الاجتماعية

      يوجد عدم الدقة وعدم الاكتمال والديناميكية في مجموعة واسعة من تطبيقات الشبكة. من الصعب تحديد علاقة عدم اليقين بين العقد نظرًا لأن النماذج التقليدية ليست ذات مغزى في الشبكات غير المؤكدة ، كما أن التعقيد الحسابي المتأصل في مشاكل عدم اليقين أمر مستعص على الحل دائمًا. في هذه الورقة ، ندرس كيفية التقاط عدم اليقين في الشبكات عن طريق تحويل سلسلة من اللقطات لشبكة إلى رسم بياني غير مؤكد. كما تم اقتراح مخطط جديد لأخذ العينات يمكّن من تطوير خوارزميات فعالة لقياس عدم اليقين في الشبكات. بالنظر إلى الجوانب العملية لعلاقة الجوار في الشبكات الحقيقية ، يتم تقديم إطار عمل لتحويل شبكة غير مؤكدة إلى شبكة مرجحة حتمية حيث يمكن قياس الأوزان على الحواف بواسطة مؤشر يشبه Jaccard. تظهر نتائج التقييم التجريبي الشامل على البيانات الحقيقية فعالية وكفاءة خوارزمياتنا.

      هذه معاينة لمحتوى الاشتراك ، والوصول عبر مؤسستك.


      خلفية

      معقد التصلب الحدبي (TSC) هو اضطراب وراثي جسمي سائد يتميز بتطور الأورام الوعائية في مجموعة متنوعة من الأعضاء والأنسجة ، بما في ذلك الدماغ والجلد والكلى [1]. معدل الاختراق مرتفع ولكن المظاهر المظهرية للمرض متغيرة. يظهر على بعض الأفراد علامات طفيفة فقط للمرض ، وأحيانًا بدون أعراض واضحة. يتأثر البعض الآخر بشدة في سن مبكرة وفي مواقع متعددة في جميع أنحاء الجسم. ما يقرب من ثلثي الحالات متفرقة.

      في 75-90٪ من الأفراد المختبرين المصنفين على أنهم TSC محدد وفقًا لمعايير التشخيص السريري لمؤتمر الإجماع لعام 1998 [2] ، طفرة في أي منهما TSC1 على الكروموسوم 9q34 أو TSC2 تم التعرف على الكروموسوم 16p13.3 [3]. TSC1 و TSC2 هي جينات مثبطة للورم تقوم بترميز هامارتين (TSC1130 كيلو دالتون) والتوبرين (TSC2200 كيلو دالتون) على التوالي. يشكل TSC1 و TSC2 مركبًا بروتينيًا مستقرًا يستجيب للإشارات الخلوية المتنوعة ، ولا سيما عوامل النمو وتوافر الطاقة ، وينظم نشاط الهدف الميكانيكي لمركب الراباميسين (mTOR) 1 (TORC1) [4]. TORC1 هو منظم مركزي لعملية التمثيل الغذائي للخلايا ، ويسيطر على تخليق البروتينات والدهون والبيريميدين والالتهام الذاتي [5]. لقد أدى توضيح دور مجمع TSC1-TSC2 في إشارات TORC1 إلى توفير رؤى جديدة في بيولوجيا الخلية الأساسية ، والأهم من ذلك بالنسبة لمرضى TSC ، أدى إلى تطوير علاجات جديدة واعدة تعتمد على استخدام مثبطات TORC1 محددة مثل الرابامايسين ومضاداته. المشتقات [6].

      التشخيص المبكر لـ TSC يسهل الاستشارة الوراثية والتدخل العلاجي ومراقبة المرض [1]. ومع ذلك ، فإن الاختلاف الواسع في النمط الظاهري لـ TSC يعني أن إنشاء تشخيص سريري محدد لـ TSC يمكن أن يكون تحديًا ، خاصة بالنسبة للمرضى الصغار. كانت توصية المؤتمر الدولي لتوافق الآراء TSC لعام 2013 هي تحديد مسببات الأمراض بوضوح TSC1 أو TSC2 يجب أن تكون الطفرة كافية لإجراء تشخيص لـ TSC ، حتى في حالة عدم وجود علامات سريرية واضحة [1]. لسوء الحظ ، على الرغم من التقدم الملحوظ في أبحاث TSC على مدى العقد الماضي ، فشل الاختبار الجزيئي التقليدي في تحديد العوامل المسببة للأمراض. TSC1 أو TSC2 طفرة في 10-25٪ من الأفراد المصابين بالتصلب الحدبي. يشار إلى هؤلاء المرضى عادةً باسم TSC ولم يتم تحديد طفرة (NMI) [7].

      بالإضافة إلى الأعطال الفنية ، هناك العديد من الأسباب المحتملة لعدم القدرة على اكتشاف الطفرات في أفراد TSC NMI. أولاً ، قد تتسبب الطفرات في الجينات الأخرى التي لم يتم التعرف عليها بعد في الإصابة بـ TSC. ثانيًا ، قد تحدث تغييرات جينية دستورية ، مثل مثيلة المحفز التي تسبب إسكات النسخ [8]. ثالثًا ، قد لا يمكن اكتشاف فئات محددة من الطفرات ، مثل طفرات الفسيفساء والطفرات في المناطق الداخلية والتنظيمية باستخدام الاختبارات التقليدية. لقد أتاح تطوير طرق التسلسل المتوازي على نطاق واسع ، المسماة بتكنولوجيا تسلسل الجيل التالي (NGS) ، إمكانية تطبيق مناهج جديدة لاكتشاف الطفرات [9] ، ولديه القدرة على زيادة إنتاجية الطفرات المحددة لدى الأفراد المصابين بالتصلب الحدبي. قد تساعد طرق الكشف عن الطفرات عالية الإنتاجية في تقليل عدم اليقين والقلق في نسبة كبيرة من الأفراد والعائلات الذين لا توفر لهم طرق التشخيص الحالية معلومات مفيدة. تم تطبيق استراتيجيات NGS على أفراد TSC NMI. على سبيل المثال ، في سلسلة مكونة من 38 فردًا من TSC NMI ، تم تحديد 2 (6٪) طفرات فسيفساء و 5 (13٪) طفرات متغايرة الزيجوت قد فاتتها طرق أخرى للكشف عن الطفرات باستخدام تسلسل عميق للغاية خاص بـ exon [10]. كان أحد قيود هذا النهج هو أنه اقتصر على exons والمتواليات intronic المجاورة لـ TSC1 و TSC2. لا يمكن الكشف عن الطفرات العميقة داخل الإنترونات أو في المحفز والتسلسلات التنظيمية الأخرى.

      نقدم هنا نتائج دراسة تجريبية باستخدام NGS المستهدفة للتحقيق في الحمض النووي لـ 7 أفراد لديهم TSC محدد ومؤكد سريريًا فشل فيه تحليل الطفرات التقليدي الشامل في تحديد الطفرة المسببة للأمراض. بالإضافة إلى تزويد هؤلاء الأفراد بمزيد من اليقين بشأن حالة الطفرات الخاصة بهم ، واستبعاد وجود مسببات الأمراض TSC1 أو TSC2 من شأن الطفرات في هؤلاء الأفراد أن تساعد في تحديد مجموعة للتعرف على المفترض TSC3 المكان. استخدمنا طريقة الالتقاط المستهدفة HaloPlex [11]. تعتمد هذه التقنية على الالتقاط المحدد لشظايا التقييد من موضع الاهتمام متبوعًا بتضخيم وتسلسل الأجزاء الملتقطة. تتميز Haloplex بميزة العمل مع مجموعة محددة من الأجزاء ، مما يبسط تحليل البيانات [12]. في 3 أفراد حددنا وتأكدنا من أ TSC2 طفرة تم تفويتها ، أو لم يكن من الممكن اكتشافها ، باستخدام طرق الفحص التقليدية القائمة على exon. في الأفراد الباقين ، حددنا متغيرات جديدة من أي من TSC1 و TSC2 الموقع. ومع ذلك ، فإن الأهمية السريرية لهذه المتغيرات ليست مؤكدة بعد. تشير دراستنا التجريبية إلى أن NGS المستهدفة ستزيد من عائد TSC1 و TSC2 الطفرات التي تم تحديدها في مجموعة مرضى TSC.


      دعم المعلومات

      جدول S1. قائمة بجميع الأدوات المستخدمة في عمليات سير العمل الهيكلية (S) والوظيفية (F) وعلم الجينوم المقارن (C).

      تتوفر إصدارات العمل الحالية من الأدوات المعروضة هنا على https://github.com/TAMU-CPT/galaxy-tools.

      الجدول S2. الإجماع ومشتقات متواليات Shine-Dalgarno الممكنة التي هي الافتراضية في ShineFind.

      بشكل افتراضي ، تبحث أداة ShineFind ضمن 3-24 نيوكليوتيدات في بداية كودون بدء معين لأطول مواقع Shine-Dalgarno المحتملة أو الأولى التي تتطابق مع ما يلي ، بدءًا من ه. القولونية إجماع.

      جدول S3. قائمة الأسماء والمعرفات الشائعة المستخدمة في بلاست.

      يمكن استخدام كل فئة بشكل منفصل أو معًا لتقييد تحليل بلاست بواسطة TaxID. يتم تضمين الأسماء الشائعة Phage وأرقام انضمام NCBI في قاعدة بيانات العاثيات الكنسية المخصصة ، والتي تم تجميعها أيضًا مسبقًا كقاعدة بيانات بلاست. تحتوي الصفوف الغامقة على ممثلين مدروسين جيدًا لكل نوع مورفوتيب.

      جدول S4. روابط سير عمل CPT Galaxy مفيدة.

      يمكن الوصول إلى الإصدارات الحالية لجميع مهام سير العمل المنشورة على https://cpt.tamu.edu/galaxy-pub/workflows/list_published.

      جدول S5. مقارنة التعليقات التوضيحية لجينوم الملتهمة التي يتم إجراؤها باستخدام طرق مختلفة.

      تم تقييم خمس عاثيات ، وهي الملتهمة المتعارف عليها T1 وأربعة تم شرحها مسبقًا في CPT ، باستخدام RASTtk وتمت مقارنة الميزات. عدد السمات الجينية المدرجة هو عدد دقيق ، ولا يعكس احتمال استدعاء جينات مختلفة تمامًا ، أو جينات ذات بدايات بديلة. من المفترض أن يكون عدد البروتين الافتراضي بمثابة وكيل للتعليق التوضيحي الوظيفي. نظرًا لأن RASTtk يستخدم أيضًا الاسم غير المحدد "بروتين الملتهمة" ، فقد تم حساب هذا المصطلح بشكل منفصل. في صف الميزات الإضافية ، يتم سرد الجينات والجوانب الأخرى لجينومات العاثيات التي لا يتم تحديدها عادةً إلا عن طريق الفحص اليدوي ، والتي يحددها خط الأنابيب لدينا فقط هنا. tmp = شريط قياس البروتين ، وتشير عوامل الإنهاء إلى عوامل إنهاء مستقلة عن rho تنبأ بها TransTermHP. يمكن للجمهور تصفح بيانات التعليقات المجمعة على https://cpt.tamu.edu/apollo/jbrowse/.


      صمم AdR جميع التجارب ، وحلل البيانات وكتب المخطوطة.

      تقرير المراجع 1

      سكوت روي ، مركز ألان ويلسون للإيكولوجيا الجزيئية والتطور ، جامعة ماسي ، بالمرستون نورث ، نيوزيلندا. رشح من قبل أنتوني بول.

      "مواقع الإنترون المحفوظة في وحدات البروتين القديمة" بقلم دي روس. تتخذ الورقة مقاربة بارعة لمحاولة التمييز بين منظورات الإنترونات-المتأخرة والإنترونات-المبكرة. اعتمد الكثير من الأدلة السابقة على نظرية الإنترون المبكرة على العلاقة بين مواضع الإنترون وإطار الترميز الخاص بالتسلسل الخارجي المحيط ، أو بالبنية ثلاثية الأبعاد للبروتين المقابل ، والنتائج التي لم يتم قبول وجودها وأهميتها دائمًا من قبل أنصار introns-late. لتجنب هذه المناظر الطبيعية المتناثرة بالألغام ، يقوم دي روس بالتحقيق في تنبؤ آخر لوجود الإنترونات في LUCA & # x02013 إذا تم إنشاء الإنترونات (بشكل أساسي) في العصور القديمة ، فيجب أن تندرج بشكل مفضل ضمن التسلسلات القديمة. ومع ذلك ، فإنني قلق للغاية بشأن مختلف القضايا المنهجية ، وبالتالي أشك في أن النتائج لا تفيد النقاش.

      رد المؤلف

      بالتوافق مع تعليقات المراجعين الآخرين ، لقد ركزت بشكل أقل على التمييز بين الإنترونات المتأخرة والإنترونات المبكرة ، ولكن أكثر نحو دعم نظرية الجينات إكسون. ناقشت أيضًا التحيز المحتمل في النتائج والطريقة التي تم بها التحقيق في ذلك.

      يقدم المؤلف ثلاثة خطوط من الأدلة ذات الصلة لإنترونات ما قبل LUCA. أولاً ، تميل الإنترونات المحفوظة إلى أن توجد في مجالات البروتين المحفوظة. ثانيًا ، من بين المتواليات المحفوظة ، يتم الحفاظ على تلك التي تحتوي على الإنترونات (أي يمتد حفظ التسلسلات على طول تسلسل البروتين). ثالثًا ، توجد الإنترونات المحفوظة بشكل تفضيلي في الجينات المشتركة في جميع مجالات الحياة الثلاثة.

      التفسير البديل للنتيجة الأولى ، أن الإنترونات تميل إلى أن توجد في مجالات البروتين المحفوظة ، هو أن هناك تحيزًا في اكتشاف الإنترونات "المحفوظة". هنا ، تعني الإنترونات المحفوظة تلك الإنترونات التي تشترك في المواقع عبر مجموعات حقيقية النواة في متواليات محفوظة للغاية (على سبيل المثال ، تم حفظ 6 بقايا تمامًا). وبالمثل ، يتم تحديد المجالات حاليًا بشكل عام من خلال الحفظ المتسلسل عبر مسافات تطورية طويلة. وبالتالي ، فإن هذه النتيجة تختصر إلى: توجد الإنترونات في التسلسلات القصيرة المحفوظة للغاية بشكل تفضيلي في متواليات أطول محفوظة بدرجة عالية. هذا ليس مفاجئًا بشكل خاص. بدون تحكم سلبي خفي ، من الصعب تمييز إشارة القدم فوق هذا التحيز المحتمل.

      رد المؤلف

      إنني أدرك أن اكتشاف الإنترونات المحفوظة في المجالات المحفوظة لا يثبت أصلًا قديمًا ، لأن طريقة البحث لم تستطع التمييز مباشرة بين إدخال مبكر في شجرة حقيقية النواة. ومع ذلك ، تتوقع نظرية الجينات Exon أن الإنترونات المحفوظة في الوحدات القديمة والجزء الأول من المقالة يهدف إلى إيجاد تلك الإنترونات المحفوظة المحتملة. بهذه الطريقة يعد تأكيدًا للفرضية ، على الرغم من أنه لا يمكن اعتباره دليلاً. لقد صممت التجارب في التين و # x200B 5 و & # x200B و 6 لمعالجة هذه النقطة (انظر أدناه). يتم الآن تحديد طبيعة التحيز وكيفية التحقيق في ذلك بشكل صريح.

      النتيجة الثانية مثيرة للفضول ، لكنني أخشى أنه قد يتم تفسيرها أيضًا بالقيود في المنهجية. هنا ، الاكتشاف المركزي هو أن التسلسلات القصيرة المحفوظة للغاية التي تحتوي على إنترونات محفوظة من المرجح أن تكمن في متواليات طويلة محفوظة بدرجة عالية من تلك التي لا تحتوي على إنترونات. نظرًا لضخامة قاعدة بيانات التسلسل ، فمن المحتمل أن بعض ستة أمتار الذين تم الحفاظ عليهم بشكل كبير سيكونون إيجابيين كاذبين & # x02013 أي أنها لن تعكس التماثل الحقيقي. يتم تقليل احتمالية وجود موجب خاطئ بشكل كبير من خلال وجود intron محفوظ (الغالبية العظمى من التسلسل المحفوظ ، وتسلسلات intron المحفوظة من المحتمل أن تكون متماثلة). وبالتالي ، من المرجح أن تحتوي المجموعة التي تحتوي على الإنترون المحفوظة على عدد أقل بكثير من الإيجابيات الكاذبة من مجموعة التحكم. يتنبأ المعدل الإيجابي الخاطئ الأعلى بين مجموعة التحكم بمدى أقل لحفظ التسلسل ، تمامًا كما رأينا. وبالتالي ، من الصعب مرة أخرى تمييز إشارة إلى القدم.

      رد المؤلف

      من أجل التحقيق في التحيز المحتمل ، تم إجراء التجارب في & # x200B الشكل 5 5 تم تصميمه ، حيث تم إنشاء موقف تحكم يستخدم نفس المنهجية تمامًا ، ولكن الآن بدون إنترون. وقد تبين أن التسلسلات التي لا تحتوي على إنترون توجد في كثير من الأحيان ضمن نطاق أو تسلسل محفوظ. بعبارة أخرى ، إذا تم أخذ عينة من قاعدة بيانات جينومية تختار تسلسلات قصيرة ومتشابهة للغاية ، فإن الجين الموجود فيه يكون أقدم إذا تمت مشاركة الإنترون أيضًا بين هذه التسلسلات. لن يكون هذا متوقعًا عندما تكون التسلسلات ذات الإنترون مجرد مجموعة فرعية من مجموعة أكبر ذات تسلسلات محفوظة بغض النظر عن الإنترون.

      تم اختبار الافتراض القائل بأن احتمال وجود موجب خاطئ بشكل كبير بسبب وجود intron محفوظ في التجارب. على الرغم من عدم وجود دليل على الأصول القديمة ، إلا أن هذا يعزز الاكتشاف القائل بأن الإنترونات في مواقع مماثلة في الجينات المحفوظة متماثلة وستتوافق مع نظرية الجينات إكسون.

      النتيجة النهائية ، أن تسلسلات المطابقة المحتوية على الإنترون يتم العثور عليها بشكل تفضيلي عبر مجالات الحياة ، ليست ذات دلالة إحصائية: جزء التسلسلات المحتوية على الإنترون في الجينات `` القديمة '' (8/19) لا يختلف إحصائيًا عن جزء التسلسلات التي لا تحتوي على إنترون. (10/51 ص = 0.07 بواسطة اختبار فيشر الدقيق). وهكذا ، في حين أن الاختلاف في أجزاء الجينات القديمة موحي ، لا يمكننا حاليًا استنتاج أي شيء من هذه النتيجة. بالإضافة إلى ذلك ، أشعر بالقلق من أن هذا الاختبار قد يعاني أيضًا من مشاكل مماثلة لتلك التي نوقشت أعلاه.

      رد المؤلف

      تتكون هذه المجموعات من تسلسلات حيث تطابق تسلسل موقع لصق فقط (2 & # x000d7 3 بقايا) ، لكنها لم تظهر أي تشابه جيني كبير آخر. صحيح أن هذه القيمة لا تختلف إحصائيًا ، وهذا يظهر الآن (لقد وجدت p = 0.053 باستخدام اختبار Student T). ومع ذلك ، كان هناك أكثر من اختبار يشير إلى القدم: أ) تشابه التسلسل الكلي ، ب) ممثلو وحدات البروتين القديمة ، ج) ممثلو وحدات البروتين المشتركة بين بدائيات النوى وكذلك حقيقيات النوى. على الرغم من أن هذه الاختبارات لا يمكن اعتبارها مستقلة حقًا ، إلا أن مجموعة الضوابط تشير إلى أن الإنترونات موجودة بشكل تفضيلي في التسلسلات القديمة.

      بالإضافة إلى ذلك ، يصعب تقييم الأساليب غير التقليدية المستخدمة (الحفظ الكامل للتسلسل على شظايا التسلسل القصير) نظرًا لعدم وجود تاريخ لمثل هذه الأساليب. ليس من الواضح سبب اختيار هذه الأساليب على الأدوات التقليدية المتوافرة بكثرة. هذا يجعل من الصعب تفسير البيانات.

      رد المؤلف

      لقد قمت بتضمين فقرة تناقش الطريقة المستخدمة ، وأضفت مجموعة النتائج من الإنترونات المحفوظة المحتملة.

      بافتراض سيناريو "نظرية إكسون للجينات" (دي روس ، 2005) ، شرعت في البحث عن الإنترونات المحفوظة. لقد قمت بتعريف intron محتمل محتمل فقط من خلال intron مشترك في تسلسل قصير ، دون أي اختيار مسبق لنوع الجينات. نظرًا لأن SQL هي أداة قوية لاستخراج معلومات محددة من مصادر البيانات العلائقية الكبيرة ، فقد أدى ذلك بسرعة إلى الإنترونات التي يمكن اعتبارها محفوظة. نظرًا لأن مطابقة التسلسل تم إجراؤها باستخدام خوارزمية بسيطة تقارن تشابه التسلسل ، فقد كان من السهل التحكم في المتغيرات وإجراء التجارب مع تسلسل التحكم كما في التين & # x200 ب الشكل 5. 5. أعتقد أن هذه إحدى المزايا الرئيسية: الطريقة المباشرة للاستعلام تجعل من الممكن تصميم تجارب تنبؤية عن طريق تغيير معلمة واحدة في كل مرة واستخدام موقف تحكم.

      أحد الاعتبارات الأخرى هو استخدام كلمة "عتيق". هذه الكلمة محجوزة تقليديًا في سياق مناقشة intron للفترة التي سبقت تباعد حقيقيات النوى عن بدائيات النوى ، وقد أصبح هذا التمييز أكثر أهمية مع الدليل المتزايد على وجود intron المهم في حقيقيات النوى المبكرة. إحدى الطرق للتمييز بين الحقبتين هي بين "القديمة" و "القديمة / القديمة حقيقية النواة".

      رد المؤلف

      هذا تمييز مهم وقد تم توضيحه بشكل أكبر في المقالة. على الرغم من صعوبة التمييز بين الكائنات حقيقية النواة القديمة والقديمة / المبكرة من خلال التجارب المقدمة ، إلا أن البيانات تتماشى مع الأصل القديم (قبل الانقسام المؤيد / حقيقيات النواة). ومع ذلك ، أفترض أن حقيقيات النوى لم تكن مشتقة من بدائيات النوى ، ولكن كلاهما يشتركان في سلف كان جينومه يشبه حقيقيات النوى.

      بعد سلسلة طويلة من النتائج السابقة ، يحدد de Roos مواقع intron المشتركة بين مجموعات حقيقية النواة. خلصت التحليلات الإحصائية السابقة لأرقام وتوزيعات هذه الأنماط إلى أن الغالبية العظمى منها تمثل مواقف أسلاف ، مما يشير إلى وجود أعداد كبيرة بالفعل من intron بحلول وقت الاختلاف. في حين أن مجموعات حقيقيات النوى المستخدمة هنا (وفي أي مكان آخر) قد لا تسمح باستنتاج وجود intron في آخر سلف لجميع حقيقيات النوى الباقية ، يمكننا الآن أن نكون واثقين من وجود عدد كبير جدًا من الإنترونات في آخر سلف لحقيقيات النوى ، منذ ذلك الحين يتم مشاركة spliceosome على نطاق واسع بين حقيقيات النوى ، ويتم مشاركة أعداد كبيرة من مواقع intron بين حقيقيات النوى المتباينة المبكرة وغيرها (قام Slamovits و Keeling هذا العام بترسيخ الرابط الأخير ، مما يدل على الحفاظ على أكثر من 0.5 introns لكل جين بين الأنواع المحفورة وما بعده - الأنواع المتباينة ، مما يؤكد عمل أرشيبالد وأوكيلي ودوليتل في عام 2002).

      أطرح هذا من أجل الإشارة إلى شيئين. أولاً ، يدور الجدل حول توقيت الإنترونات الآن حول ما إذا كانت الإنترونات قد نشأت في سلف عالمي أو بين سلف حقيقي النواة البدائي وآخر سلف حقيقي النواة. على الرغم من أن نتائج الحفاظ على الإنترونات أو السمات المرتبطة بالتضفير عبر حقيقيات النوى تؤكد حقيقة أن الإنترونات قديمة جدًا داخل حقيقيات النوى ، إلا أنها لا تساعدنا في التمييز بين توقيت منشأ الإنترونات المتصاعدة. ثانيًا ، من المهم الإشارة إلى أن النتائج التي توصل إليها عدد كبير من الإنترونات في حقيقيات النوى المبكرة ليست تحويلية بشكل أساسي لمناقشات الإنترونات المبكرة / المتأخرة. على الرغم من أن وجود الإنترون الكبير له صدى واضح مع الإنترونات في وقت مبكر (وربما يكون ضروريًا تقريبًا للنموذج) ، إلا أنه لا يتعارض مع نموذج الإنترونات المتأخر. العقيدة الأساسية للإنترونات المتأخرة هي أن الإنترونات نشأت بعد آخر سلف عالمي مشترك ، وبالتالي فإن وجود الإنترون في حقيقيات النوى المبكرة ينقح فقط توقيت الأصل في هذا النموذج.

      رد المؤلف

      أعدت كتابة الجمل التي تضمنت تناقضًا بين introns-late. بدلاً من ذلك ، ركزت على النتائج التي تتماشى مع نظرية الجينات Exon. من ناحية أخرى ، قد تجعل أنماط الإنترونات المحفوظة في وحدات البروتين القديمة ، وتوزيعات الطور والارتباط بقدم الجينات كما رأينا في هذه المقالة ، نموذجًا ميكانيكيًا للإنترونات المتأخرة أكثر صعوبة وبالتالي فهي ذات صلة بالنقاش..

      أعتقد أن السؤال الأكثر أهمية في كشف أصول الإنترونات هو ما إذا كانت الإنترونات قد تم إدخالها في الجينات مسبقة التشكيل ، أم أنها كانت في أساس الجينات نفسها. يبدو إدخال الإنترونات على مستوى الحمض النووي أمرًا صعبًا للغاية نظرًا لحقيقة أنه يجب استئصال الإنترون على مستوى الحمض النووي الريبي بشكل مثالي من أجل أن يكون وظيفيًا. لم أر آلية للتطور التدريجي للجسيمات المتضخمة وإدخال الإنترون التي يمكن أن تعالج تأثيرات اللياقة السلبية لمثل هذا السيناريو. علاوة على ذلك ، يجب أن تشرح نماذج إدخال الإنترون كيف نشأت الجينات المعقدة في المقام الأول دون مساعدة من exons. لذلك ، طالما لم يتم حل الألغاز الآلية ، فإنني أعتبر أن النقاش لا يزال مفتوحًا.

      في ضوء هذا ، يمكننا أن نسأل عما إذا كانت الاختبارات مثل تلك التي أجريت هنا من المرجح أن تلقي الضوء على الجدل المبكر / المتأخر حول الإنترونات. إن وجود إنترونات مشتركة في جينات حقيقية النواة المشتركة لا يلقي الضوء على ما إذا كانت هذه الإنترونات تعود إلى عصور سابقة. تتمثل إحدى الطرق الممكنة في مقارنة كثافات intron بين الجينات القديمة (المشتركة حقيقية النواة بدائية النواة) والجينات القديمة حقيقية النواة. ومع ذلك ، حتى في هذه الحالة ، فإن الاختلاف لن يكون دعمًا قاطعًا للإنترونات القديمة ، حيث أن أصل العديد من جينات أسلاف حقيقية النواة قد يرجع تاريخ أصل الإنترونات. وبغض النظر عن المعدلات التفاضلية لفقدان الإنترون عبر الجينات ، فإن حقيقة أن الجينات التي تنشأ عن ازدواج الجينات (ثم تتباعد إلى ما لا يمكن التعرف عليه) قد تحتفظ بإنترونات الأسلاف ، والصعوبات في التمييز بين الجينات الخاصة حقيقية النواة وعجز برامج مثل بلاست لاكتشاف التماثل.

      رد المؤلف

      قد يكون النهج الآخر هو الكشف أولاً عن الخطوات الآلية في نظرية إكسون للجينات لبناء جينوم ، ثم مقارنة بناء الجينات حقيقية النواة مع تلك الموجودة في بدائيات النوى ومعرفة ما إذا تم تجميعها بطريقة مماثلة. في هذا الصدد ، فإن مواقع لصق بدائية على النحو الذي اقترحه ديب ونيومان[49]يمكن أن تمثل أيضًا بقايا تسلسلات exon القديمة (انظر[18]).

      تقرير المراجع 2

      ساندرو دي سوزا ، معهد لودفيج لأبحاث السرطان ، ساو باولو ، البرازيل. رشحه مانيوان لونغ

      طور ألبرت دي روس طريقة جديدة لتحديد مواقع الإنترون المحفوظة بين الأصناف من ممالك الحياة المختلفة. بدلاً من البحث عن مواقع intron المحفوظة في معرفة الجينات ذات الصلة ، يبحث de Roos عن "مواقع لصق" محفوظة في قاعدة بيانات intron. بعبارة "موقع لصق" ، يعني أنه جزء من تسلسل البروتين (10 بقايا أأ) يحيط بموضع إنترون. لقد اعتبر موضع intron محفوظًا عندما تم حفظ "موقع لصق" (6 من أصل 10 بقايا في تلك النافذة) بين تسلسلين بروتينين مترابطين بعيدًا. قد تكون الاستراتيجية مثيرة للاهتمام لأنها يمكن أن تحدد الحالات التي فاتتها الأساليب الأخرى. على الرغم من أنني أدرك جهود المؤلف في محاولة النظر إلى هذه المشكلة باستراتيجية مختلفة وخلاقة ، إلا أنني وجدت المخطوطة صعبة المتابعة ومضاربة للغاية مع العديد من الافتراضات التي لا تدعمها البيانات. علاوة على ذلك ، نظرًا لأن هذه استراتيجية جديدة ، يجب على المؤلف تقديم مزيد من التفاصيل حول المنهجية بالإضافة إلى تقديم المزيد من التحليلات لمجموعة البيانات الخاصة به. سأدرج بعض المشكلات أدناه على أساس نقطة بنقطة لتسهيل الرد على المؤلف.

      رد المؤلف

      لقد غيرت المقالة للتركيز أكثر على البيانات التي تدعم أصل "مبكر جدًا" للإنترونات ، لكنها لا تثبت الإنترونات في وقت مبكر ، ولا يمكنها في حد ذاتها دحض الإنترونات المتأخرة. المقالة كانت قوية جدا في هذا الجانب.

      بشكل عام ، لدي العديد من المشاكل مع قسم "المقدمة" ، حيث تم اقتباس العديد من المراجع المهمة بشكل خاطئ أو تم تجاهلها.

      & # x02022 على سبيل المثال ، الاقتباس الأصلي لنظرية الإنترونات المبكرة مُعطى لورقة جيلبرت رقم 86 حول عالم الحمض النووي الريبي ولمراجعة من جيلبرت وزملائه في الخلية (أيضًا من 86). يجب أن تكون الأوراق المذكورة هنا ورقة Nature 1978 من Ford Doolittle و "Exon Theory of Genes" ورقة من جيلبرت في عام 1987 ، والتي تمثل أفضل المراحل المبكرة لنظرية الإنترونات المبكرة.

      & # x02022 علاوة على ذلك ، تم تجاهل النظرية التركيبية لتطور الإنترون ، التي طورتها نفسي ، سكوت روي ووالي جيلبرت.

      & # x02022 في نقطة معينة ، الأوراق التي استشهد بها كدليل على وجود علاقة بين مواقع intron وحدود الوحدة هي بالتأكيد قديمة. تم تجاهل الأوراق من de Souza et al (1996) و de Souza et al (1998) و Fedorov et al (2001) ولكنها تمثل أفضل ما يمثّل الجانب المفاهيمي الذي استكشفه المؤلف.

      رد المؤلف

      لقد غيرت المراجع وأعدت كتابة المقدمة.

      1) في الفقرة الأخيرة من قسم "المقدمة" ، ذكر المؤلف أن الأساس المنطقي لهذه المخطوطة كان قائمًا على افتراض أن ". يتوقع المرء أن يجد الإنترونات المحفوظة على وجه التحديد في البروتينات القديمة". في الطريقة المقدمة ، يبدو هذا خاطئًا. لا يوجد بالضرورة إنترون محفوظ بين الفقاريات واللافقاريات في جين قديم. أعتقد أن المؤلف يجب أن يكون أكثر وضوحًا بالقول إن هذا الحفظ يجب أن يكون عميقًا بين الممالك الأربع الذي سيذكره لاحقًا.

      رد المؤلف

      أعدت كتابة المقدمة وتركز المقالات على تحديد الإنترونات القديمة المحتملة وخصائصها.

      2) سيكون من الجيد الحصول على وصف أكثر تفصيلاً لمواقع الإنترون المحفوظة 251 (أو 250؟). يجب أن تكون القائمة الكاملة للمناصب متاحة. ولم يتضح كذلك مستوى التشدد المستخدم في التحليل. بقدر ما فهمت تطابقًا بسيطًا يتضمن بروتينات من الإنسان والأرابيدوبسيس ، على سبيل المثال ، كان كافياً لوضع علامة على ذلك على أنه محفوظ.

      رد المؤلف

      لقد قمت بتضمين المجموعة الكاملة من الإنترونات التي يحتمل أن تكون محفوظة ، بالإضافة إلى المجموعة الأكبر التي تحتوي على جينات متجانسة بقوة تم تنظيفها للحصول على 251 من الإنترونات القديمة المحتملة. كان العلم "المشترك بين ممالك حقيقية النواة الرئيسية" قائمًا بالفعل على التواجد في النباتات والحيوانات على حدٍ سواء. من أجل التأهل بشكل أكبر لـ "المحفوظة" ، يجب الحفاظ على تسلسل موقع لصق وموضع intron ، بالإضافة إلى إظهار المزيد من التماثل بعيدًا عن موقع لصق. الصرامة تناقش أيضا في المقالة.

      3) نظرًا لأن هذه طريقة جديدة ، يجب على المؤلف مقارنة مجموعة البيانات الخاصة به بمجموعات البيانات الأخرى. على سبيل المثال ، تم تحليل مجموعة البيانات التي أبلغ عنها روجوزين وآخرون (Curr. Biol 13: 1512 & # x020131517 ، 2003) من قبل هؤلاء المؤلفين وبواسطة Roy and Gilbert (PNAS 102: 1986 & # x020131991، 2005). يبدو أن مجموعات البيانات مختلفة بشكل كبير. يجب أن تكون لأن المنهجية مختلفة ولكن المؤلف يحتاج إلى استكشاف هذه الاختلافات. على سبيل المثال ، أنا مندهش من العدد المنخفض لمواضع intron المحفوظة التي حددها de Roos. في مجموعة البيانات المذكورة أعلاه ، كان هناك ما يقرب من ألف إنترون محفوظة بين الحيوانات و A. thaliana أو P. falciparum.

      رد المؤلف

      لقد قمت بتضمين مقارنة بين الطرق المختلفة المستخدمة والنتائج التي تم الحصول عليها في كلا المادتين المذكورتين. الطريقة المستخدمة في مقالتي صارمة للغاية من حيث أنها تتطلب تشابهًا عاليًا في التسلسل في منطقة قصيرة. تم استخدام المفهوم الأساسي لـ intron القديم ، أي intron في نفس الموضع ضمن تسلسل مشابه ، لذلك لا يجب أن يتطابق فقط الموقع ولكن أيضًا تسلسل موقع لصق. أتوقع أن المزيد من البحث مثل BLAST مع محاذاة فجوة من الأحماض الأمينية المتماثلة من شأنه أن يؤدي إلى مزيد من الإنترونات المحفوظة. لم يكن نطاق الجزء الأول من المقالة الحصول على مجموعة شاملة ، ولكن لتأكيد وجودها ودراسة بعض الخصائص.

      4) يبدو لي أن العديد من التفسيرات تخمينية تمامًا ولا تدعمها البيانات. على سبيل المثال ، من خلال النظر إلى العديد من الإنترونات ، فمن المتوقع أن تحدث بعض التطابقات عن طريق الصدفة فقط. بعض عمليات المحاكاة التي تهدف إلى رسم عتبة لهذه الأرقام ستكون موضع ترحيب.

      رد المؤلف

      كما هو مذكور الآن بشكل أكثر صراحة في المقالة ، هناك تحيز محتمل في طريقة البحث ، والذي تم التحقيق فيه وعرضه في & # x200B الشكل 5 5 و في & # x200B الشكل 6 6 الذي تم تحديده كميا. دعمت النتائج فرضية نظرية إكسون ، وكنت حريصًا على عدم الإيحاء بأنها تثبت الإنترونات في وقت مبكر. انظر أيضا مناقشة د. مراجعة روي.

      5) يتم تقديم التحليل على حدوث مواقع intron المحفوظة في الجينات القديمة بطريقة مربكة. أوصي بشدة المؤلف بإعادة كتابة هذا. ومع ذلك ، لدي مخاوف جدية بشأن التحليل. أولاً ، يبدو أن دي روس يسمي الجين قديمًا عندما يكون هناك بعض الحفظ في نافذة مكونة من 10 بقايا. يجب زيادة حجم هذه النافذة إلى متوسط ​​حجم مجال البروتين على الأقل. علاوة على ذلك ، لا يبدو أنه تم استخدام قاعدة بيانات العناية الواجبة هنا.

      رد المؤلف

      أعدت كتابة التحليل. أسمي intron قديمًا عندما يكون موجودًا في تسلسل محفوظ ، أي يوجد تشابه في موقع لصق (6/10) بالإضافة إلى تشابه جيني شامل كما تم قياسه على 20 (2 & # x000d7 10) من الأحماض الأمينية الإضافية ، بشكل عام تشابه على الأقل 12/30. في مقاربتي ، أسفر هذا عن اختيار قوي للجينات المحفوظة ، وكانت معظم التسلسلات المتطابقة عضوًا في مجال بروتين محفوظ وشاركت في مرحلة مماثلة.

      رد المؤلف

      لم يكن هناك افتراض مسبق للارتباط الجيني وقاعدة بيانات CDD لم تُستخدم بالفعل للعثور على المجموعة المحفوظة ، ولكن تم استخدامها لتأكيد أقدمية المجموعة. كما & # x200B الشكل 6 6 يظهر ، عند استخدام تشابه موقع لصق 8/10 فقط ، تم حفظ معظم التسلسلات كما هو موضح في تشابه التسلسل بشكل أكبر لأعلى ولأسفل. خفض هذا إلى 6/10 ولكن يتطلب 6/20 إضافية (إجمالي 12/30) مختارة فقط الجينات المحفوظة. حتى مع وجود موقع لصق مشابه فقط (2 & # x000d7 3 متطابق) وعدم وجود تشابه آخر ، كانت التسلسلات في 42.1٪ من الجينات المشتركة مع بدائيات النوى و 52.6٪ كانت عضوًا في مجال محفوظ (انظر النص).

      6) التفسير المستمد من التحليلات المتعلقة بقدم الجينات المحددة هو نوع من التفسير الدائري. بالطبع ، إذا تم إنشاء شرط في المراحل الأولى من خط الأنابيب ، فإن التطابق لن يُعتبر تطابقًا إلا إذا كانت الممالك المتضمنة التي انقسمت منذ فترة طويلة ، أتوقع أن يتم إثراء مجموعة البيانات الخاصة بي بالبروتينات القديمة.

      رد المؤلف

      المقال يتكون من جزئين. في البداية ، حاولت الحصول على مجموعة من الإنترونات المحفوظة من خلال البحث عنها تحديدًا. نظرًا لأنني أستفسر عن مواقع intron المماثلة بين التسلسلات التي تباعدت في شجرة حقيقية النواة ، فسيتم إثراء مجموعة البيانات للبروتينات القديمة. ثم بحثت فيما إذا كان هذا التخصيب ناتجًا عن وجود إنترون ، أم أنه جوهري فقط للطريقة المستخدمة. كما يمكن رؤيته في ضوابط Figs & # x200B Figs 5، 5 & # x200B، 6، 6، & # x200B، 7، 7، وجود الإنترون يحدث فرقًا في كل من حفظ الطور والتسلسل الكلي. أستنتج أن إثراء هذه التسلسلات يرجع إلى وجود الإنترونات ، وليس نتيجة للطريقة. في قسم النتائج وكذلك في قسم المناقشة ، أوضحت هذا بشكل أكبر.

      تقرير المراجع 3

      G & # x000e1sp & # x000e1r J & # x000e9kely ، المختبر الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية ، هايدلبرغ ، ألمانيا

      تصف هذه الورقة طريقة جديدة لتحديد مواقع intron المحفوظة في أصناف حقيقية النواة ذات صلة بعيدة. يعتمد على النظر إلى تسلسل بروتين قصير يمتد حول موقع لصق وإيجاد تسلسلات مماثلة لها intron في الموضع المقابل ، بدلاً من تحديد ومحاذاة أخصائيي تقويم العظام ثم تعيين مواضع intron على المحاذاة. باستخدام هذه الطريقة ، حدد المؤلف 218 introns بنفس الطور في المواقع المتماثلة التي ربما ترجع إلى تطور حقيقيات النوى المبكر. الطريقة جديدة ومثيرة للاهتمام. لدي بعض التعليقات حول كيفية تحسين عرض النتائج وتحليلها.

      1) إحدى المشكلات هي أن سياق النشوء والتطور غير محدد بشكل صريح. لا يكفي الإشارة إلى الممالك ، خاصة في حالة البروتيست. إذا كان الإنترون مشتركًا بين الحيوانات والفطريات (بالإضافة إلى ذلك على سبيل المثال من قبل الكائنات الأولية للسوطيات المنتمية) ، فهذا لا يعني أنه كان موجودًا في سلف مشترك حقيقي النواة. يجب التحقق من التوزيع النمطي لكل intron الذي تم تحديده والمشترك بين مملكتين أو أكثر مقابل شجرة حقيقية النواة مبسطة ولكنها متجذرة بما في ذلك الأنواع قيد الدراسة (الأفضل هو أخذ شجرة متجذرة بين Unikonts و Bikonts). بهذه الطريقة فقط يمكن للمؤلف إعادة بناء مواقع الإنترون المحفوظة بشكل موثوق والتي كانت على الأرجح موجودة بالفعل في آخر سلف مشترك حقيقي النواة.

      رد المؤلف

      تمشيا مع تعليقات المراجعين الآخرين ، لقد أضعفت الاستنتاجات حول توقيت أصل الإنترونات على أساس النتائج المقدمة هنا. بدلاً من ذلك ، تم وضع المقالة كدعم إضافي لنظرية Exon للجينات ، من خلال إظهار الإنترونات المحفوظة في الجينات القديمة مثل الفوسفاتيز.

      2) يجب أن تظهر جميع الإنترونات المحفوظة المحددة في كلمة أو صحيفة إكسل كمعلومات تكميلية.

      رد المؤلف

      لقد قمت الآن بإتاحة المجموعة الكاملة للتنزيل ، بما في ذلك مجموعة لا تزال تتضمن جينات متماثلة (على سبيل المثال ، Arac10 و Arac13 ، أو يمثل gpc2 و GapC تسلسلات متجانسة بشدة.

      3) "الإنترونات المشتركة في مجالات البروتين القديمة"

      عندما يتم تقديم نتائج البحث عن CDD ، يجب تقديمها مع عنصر تحكم ، ويفضل أن يكون ذلك في شكل جدول أو رسم بياني. يجب توخي الحذر الشديد عند تصميم مجموعة (أو مجموعات) التحكم. يجب أن يتم اختياره بناءً على نفس المعايير ، بما في ذلك التوزيع النمطي. إنه أمر صعب للغاية ، نظرًا لأن "مجموعة النتائج" غير متجانسة في هذا الصدد.يجب أن يكون عنصر التحكم بحجم عينة مماثل أيضًا ، وبالنظر إلى عدم التجانس والعينة الصغيرة ، فإن الأفضل هو أخذ عينة من عنصر تحكم عدة مرات بشكل مستقل (على سبيل المثال ، أن يكون لديك خمس مجموعات تحكم من

      200 تسلسل يظهر نفس درجة تشابه التسلسل عبر نفس المسافة phyletic مثل "مجموعة النتائج"). من الواضح أن اختيار التسلسلات المحفوظة للغاية سيؤدي إلى إثراء المجالات المحفوظة. يعد تصميم عناصر التحكم أمرًا بالغ الأهمية للتفسير الصحيح للنتائج ، ويجب شرحه بالتفصيل في النص.

      رد المؤلف

      لقد أضفت فقرات توضح الطريقة والنتائج بمزيد من التفصيل. لم يتم إعطاء حجم العينة بشكل صحيح ولم يتم تضمين حجم العينة لعنصر التحكم ، وتم تغيير ذلك. النتائج في تين. & # x200B الأشكال 3 و & # x200B و 4 4 ليس لديها سيطرة مباشرة ، فهي تمثل الإنترونات المحفوظة المحتملة وتمثل مجموعة مختلفة مستخدمة في التين و # x200B التين 6 و & # x200B و7. 7. تم التحقيق فيما إذا كان هذا نتيجة تحيز في الاستعلام ويمثل فقط مجموعة فرعية من الإنترونات المحفوظة في الجينات المحفوظة. التجارب الكمية في تين. & # x200B الأشكال 6 6 و & # x200B و 7 أظهر هذا التحيز المحتمل في موقف خاضع للرقابة ، حيث يكون الاختلاف الوحيد بين المجموعات هو وجود intron. يؤخذ الارتباط الإيجابي بين وجود الإنترون وقديم التسلسل كدعم للفرضية القائلة بأن الإنترونات كانت قديمة بالفعل.

      4) "التواجد المفضل للإنترونات المحفوظة في الجينات القديمة"

      في التحليل لتحديد نتائج بدائية النواة ، تم استخدام التسلسلات التي تحتوي على "عدد من بقايا الأحماض الأمينية المتطابقة من 6 (2 & # x000d7 3) حول موقع لصق (افتراضي)". هذا يعني 19 تسلسل. من الأفضل تكرار التحليل للمجموعة بأكملها (218 تسلسلًا) ، مع مجموعة التحكم المناسبة (انظر أعلاه).

      رد المؤلف

      كما يمكن رؤيته في الرسم البياني لـ & # x200B الشكل 6 ، 6 ، هناك نافذة صغيرة حيث يمكن رؤية الاختلاف في قدم الجينات. سيؤدي التشابه الأقل (2 أو 4 بقايا متطابقة) إلى تحديد إيجابيات خاطئة بشكل أساسي ، وسيختار عدد أكبر التسلسلات المحفوظة فقط في كلتا المجموعتين. إذا تم التقاط المجموعة بالكامل ، فسيختفي أي تأثير في الضوضاء. يمثل هذا إحدى المشكلات في تحليل بيانات الإنترون: نظرًا للخسارة الهائلة للإنترونات وربما الكسب أثناء التطور ، جنبًا إلى جنب مع انزلاق الإنترون المحتمل والتنويع المستمر للبروتين ، فمن الصعب تمييز إشارة قديمة في هذه الضوضاء.

      كتب المؤلف في الصفحة 2: "أقوى تنبؤ لسيناريو الإنترونات المبكر هو وجود الإنترونات المحفوظة بين البروتينات المتعامدة التي تباعدت مبكرًا في سلالة حقيقيات النوى." لا أعتقد أنه صحيح. إذا نشأت الإنترونات في وقت مبكر خلال تطور حقيقيات النوى ، ولكن الجينات بدائية النواة لا تزال في وقت لاحق ، أي ليست كتل بناء للجينات الأولى التي يتم تجميعها ، يتوقع المرء أيضًا العثور على العديد من الإنترونات المحفوظة بين أخصائيي تقويم حقيقيات النوى.

      رد المؤلف

      لقد غيرت المقدمة. على الرغم من توقعها في الإنترونات المبكرة ، إلا أن الإنترونات المحفوظة متوافقة مع الإنترونات المتأخرة. كما هو مذكور الآن في المقالة في الفقرة الأخيرة من المناقشة ، أعتقد أن جينوم الأجداد من بدائيات النوى وحقيقيات النوى كان جينومًا يشبه حقيقيات النوى بخصائص مثل الإنترونات وبقايا الحمض النووي الريبي (مثل الريبوسوم والجبن). في هذا الصدد ، ستكون حقيقيات النوى المبكرة والقديمة مترادفة.

      صفحة 2/3: "لقد وجد أن الإنترونات المحفوظة توجد بشكل متكرر وعلى وجه التحديد في مجالات البروتين القديمة" كلمة "تحديدًا" قوية جدًا هنا ، فهذا يعني أن الإنترونات المحفوظة توجد فقط في المجالات القديمة ، وهذا ليس هو الحال (هي 53٪).

      رد المؤلف

      تم تغييره إلى `` مرتبط بشكل إيجابي بالتسلسل القديم ''.

      غالبًا ما تُستخدم كلمة "عتيق" كمرادف لكلمة "محفوظ" ولكنها بالطبع ليست نفس الشيء. على سبيل المثال صفحة 5 "وهكذا ، بناءً على هذه النتائج ، يبدو أن الإنترونات موجودة بشكل تفضيلي في الجينات القديمة ، بما يتماشى مع سيناريو الإنترونات المبكر" فهذه هي الجينات المحفوظة إلى حد ما ، ثم الجينات "القديمة" بالضرورة.

      رد المؤلف

      تم فحصه بحثًا عن إشارات غير ملائمة إلى القديم والمحافظة عليه.

      الصفحة 7: "في الختام ، تشير البيانات المقدمة هنا إلى وجود عدد كبير من الإنترونات في الجينات القديمة ، متبوعًا بفقدان هائل للإنترونات في وقت لاحق في التطور." الأصوات عالية التكرار قوية جدًا ، تم تحديد ما مجموعه 218 introns. لم يتم تناول خسارة Intron في الورقة ، وهذا يتطلب تعيين توزيع الإنترونات المحفوظة على شجرة النشوء والتطور.

      رد المؤلف

      لقد غيرت هذا. تفسيري للبيانات ، مع وجهة نظر نظرية إكسون ، هو أن المجالات القديمة احتوت على العديد من الإنترونات حيث تم العثور على العديد في الفوسفاتازات على سبيل المثال (الشكل & # x200B (الشكل 4) .4). يشير العدد المنخفض نسبيًا من الإنترونات المحفوظة التي تم العثور عليها (251) إلى أن العديد منها قد فقد أثناء التطور ، أو أن التسلسل تباعد ولم يتم التقاطه بالطريقة الحالية. في المقالة هناك مجموعتان معروضة. يتكون الأول من مجموعة من الإنترونات المحفوظة ، بناءً على شرط أن أي 6 من أصل 10 وحدات بنائية يجب أن تكون متطابقة ، وتتكون المجموعة الثانية من 5 استعلامات منفصلة تم فيها تحديد الموضع الدقيق للمتبقيات المتطابقة.

      الصفحة 7: "هذه النتائج تدعم فكرة الإنترونات القديمة ويصعب التوفيق بينها وبين أصل الإنترونات في وقت متأخر من التطور ، على الرغم من أنه لا يمكن استبعاد الإدراج مباشرة بعد انقسام حقيقيات النوى بدائيات النوى بناءً على النتائج الحالية." أفضل أن أقول إن النتائج تدعم بشكل جيد الوجود السلفي للإنترونات في سلف مشترك لحقيقيات النوى. هذا مثير للاهتمام بما فيه الكفاية ، وستكون الورقة بأكملها والمناقشة أفضل بكثير إذا لم يحاول المؤلف أن يجادل بقوة بشأن نموذج لا تدعمه البيانات بقوة ، بل ناقش ما يمكن للمرء أن يستنتج حقًا من النتائج .

      رد المؤلف

      لقد غيرت التركيز على التمييز بين الإنترونات المتأخرة والإنترونات المبكرة (التي لم تكن مدعومة جيدًا بالبيانات المقدمة) نحو دعم نظرية الجينات إكسون. لقد أوضحت بشكل أكثر وضوحًا ، في ضوء الإنترونات المتأخرة ، أن هذه البيانات لن تستبعد سيناريو الإنترونات المتأخرة.


      شاهد الفيديو: ما هي أسباب الامراض النفسية جميع أسباب الامراض النفسية بالتفصيل (سبتمبر 2022).