معلومة

ماذا يعني "أطلس الركبة" في ورقة IEEE؟

ماذا يعني


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أنا أشير إلى ورقة IEEE لمشروعي الذي يحتوي على مصطلح يسمى أطلس الركبة، لا أفهم المعنى الدقيق لهذا المصطلح ، هل يقصدون أنه صورة معالجة أم شيء آخر؟ أنا أعمل فيماتلابوهنا فقرة من ورقة IEEE:

تم اشتقاق ستة أطالس من سلسلة DESS WE ثلاثية الأبعاد من ستة موضوعات مع صور ركبة طبيعية بصريًا ... تم اختيار سلسلة ثلاثة من هذه الأطالس من مجموعة بيانات OAI للصور 0.D.1 وكانت ثلاثة من الدراسة التجريبية الأساسية. أنشأ المراقبون البشريون المدربون أطالس التصوير بالرنين المغناطيسي للركبة باستخدام التجزئة اليدوية.


أطلس الركبة هو تصوير بالرنين المغناطيسي تم إنشاؤه بهدف تحديد السمات التشريحية ، مثل هذا كثيرًا.


مفصل الركبة

مفصل الركبة هو مفصل زليلي يربط ثلاث عظام هي عظم الفخذ والساق والرضفة. إنه مفصل معقد يتكون من مفصلتين مفصل عظم الفخذ و المفصل الرضفي الفخذي. المفصل الظنبوبي الفخذي هو مفصل بين عظمة القصبة وعظم الفخذ ، في حين أن المفصل الرضفي الفخذي هو مفصل بين الرضفة وعظم الفخذ.

مفصل الركبة هو الأكبر ويمكن القول إن الأكثر توترا مفصل في الجسم. يوفر ترتيب العظام في المفصل نقطة ارتكاز تترجم حركات عضلات الركبة المثنية والباسطة. يوفر ترتيب الأربطة والأربطة خارج المحفظة وداخلها ، بالإضافة إلى امتدادات العضلات التي تعبر المفصل ، الاستقرار المطلوب بشدة والذي يقاوم الضغط الميكانيكي الحيوي الكبير الذي يحدث على المفصل. ك مفصل، يسمح مفصل الركبة في الغالب بالحركة على طول محور واحد من حيث ثني الركبة وتمديدها في المستوى السهمي. كما يسمح أيضًا بالدوران الإنسي الطفيف أثناء الانثناء والمرحلة الأخيرة من تمديد الركبة ، بالإضافة إلى الدوران الجانبي عند "فتح" الركبة.

حقائق أساسية عن مفصل الركبة
نوع مفصل تيبيوفيمورال: المفصل الزليلي أحادي المحور
المفصل الرضفي الفخذي: مفصل مستوي
الأسطح المفصلية مفصل تيبيوفيمورال: اللقمات الجانبية والوسطى لعظم الفخذ وهضاب الظنبوب
المفصل الرضفي الفخذي: السطح الرضفي لعظم الفخذ ، السطح الخلفي للرضفة
الأربطة والغضروف المفصلي الأربطة خارج المحفظة: الرباط الرضفي ، الشبكي الرضفي الإنسي والجانبي ، الرباط الظنبوبي (الإنسي) الجانبي ، الرباط الشظوي (الجانبي) الجانبي ، الرباط المأبضي المائل ، الرباط المقوس المأبضي ، الرباط الأمامي الوحشي (الكل)
الأربطة داخل المحفظة: الرباط الصليبي الأمامي (ACL) ، الرباط الصليبي الخلفي (PCL) ، الغضروف الإنسي ، الغضروف المفصلي الجانبي
الإعصاب العصب الفخذي (العصب إلى المتوسع الإنسي ، العصب الصافن) العصب الظنبوبي والشظوي الشظوي (الشظوي) ، الانقسام الخلفي للعصب السدادي
إمدادات الدم الفروع الجينية للشريان الفخذي المحيطي الجانبي ، والشريان الفخذي ، والشريان الظنبوبي الخلفي ، والشريان الظنبوبي الأمامي ، والشريان المأبضي
الحركات التمديد والانثناء والدوران الإنسي والدوران الجانبي

تناقش هذه المقالة تشريح ووظيفة مفصل الركبة.


الأسطح المفصلية

يتكون مفصل الركبة من مفصلتين - عظم الفخذ الفخذي والرضفي الفخذي. أسطح المفاصل مبطنة زجاجي يتم إحاطة الغضروف داخل تجويف مفصل واحد.

  • تيبيوفيمورال - اللقمات الإنسيّة والجانبيّة لعظم الفخذ تتمفصل مع لقم الظنبوب. إنه المكون الحامل للوزن في مفصل الركبة.
  • الرضفة الفخذية - يتمفصل الجانب الأمامي لعظم الفخذ البعيد مع الرضفة. يسمح بإدخال وتر العضلة الفخذية الرباعية الرؤوس (الباسطة في الركبة) مباشرة فوق الركبة - مما يزيد من كفاءة العضلات.

بما أن الرضفة تتشكل وتوجد داخل فوتر عظم الفخذ الفخذي، إنه يوفر نقطة ارتكاز لزيادة قوة الباسطة في الركبة ويعمل كبنية استقرار تقلل من قوى الاحتكاك الموضوعة على لقمات الفخذ.

الشكل 2 - عرض أكثر تفصيلاً للأسطح العظمية. يظهر السطح السفلي لعظم الفخذ والسطح العلوي للظنبوب.


الملخص

الخلفية والهدف

مع التطور السريع للتصوير الطبي والتشخيص الذكي ، أصبحت أساليب الذكاء الاصطناعي نقطة بحث ساخنة لتكنولوجيا معالجة التصوير الشعاعي في السنوات الأخيرة. يؤثر التعريف المنخفض لنسيج صورة الرنين المغناطيسي للركبة بشكل خطير على تشخيص التهاب مفاصل الركبة. تقدم هذه الورقة طريقة إعادة بناء فائقة الدقة لمعالجة هذه المشكلة.

أساليب

في هذا البحث ، نقترح طريقة فعالة للدقة الفائقة للصور الطبية (EMISR) ، والتي اعتمدنا فيها بشكل أساسي ثلاث طبقات مخفية من الشبكة العصبية الالتفافية فائقة الدقة (SRCNN) وطبقة التفاف بكسل فرعية من الالتواء العصبي الفعال للبكسل الفرعي. شبكة (ESPCN). من المهم إضافة الطبقة التلافيفية ذات البكسل الفرعي الفعال في الطبقة المخفية واستبدال الشبكة الصغيرة التي تتكون من تلافيف متسلسلة لمعالجة الصور منخفضة الدقة ولكن ليس الصور عالية الدقة. تستخدم طريقة EMISR أيضًا نوى التفاف صغيرة متتالية لتحسين سرعة إعادة الإعمار وتعميق الشبكة العصبية الالتفافية لتحسين جودة إعادة البناء.

نتائج

تم اختبار الطريقة المقترحة في IDI لمجموعة البيانات العامة ، وجودة إعادة بناء الخوارزمية أعلى من تلك الخاصة بطريقة الشبكة القائمة على التشفير المتناثر (SCN) وطريقة SRCNN وطريقة ESPCN (+ 2.306 ديسيبل ، + 2.540 ديسيبل ، + 1.089 ديسيبل محسّن) علاوة على ذلك ، سرعة إعادة البناء أسرع من نظيراتها (+ 4.272 ثانية ، + 1.967 ثانية ، و + 0.073 ثانية محسّنة).

استنتاج

تظهر النتائج التجريبية أن إطار عمل EMISR الخاص بنا قد حسن الأداء ويقلل بشكل كبير من عدد المعلمات ووقت التدريب. علاوة على ذلك ، تقدم الصورة المعاد بناؤها مزيدًا من التفاصيل ، والحواف أكثر اكتمالًا. لذلك ، توفر تقنية EMISR تحليلًا طبيًا أكثر قوة في فحوصات التهاب مفاصل الركبة.


محتويات

الرضفة عبارة عن عظم سمسمي مثلثي الشكل تقريبًا ، وتتجه قمة الرضفة للأسفل. القمة هي الجزء السفلي (الأدنى) من الرضفة. وهو مدبب الشكل ، ويرتبط بالرباط الرضفي.

يتم ربط الأسطح الأمامية والخلفية بهامش رقيق وباتجاه المركز بهامش أكثر سمكًا. [1] يرتبط وتر العضلة الفخذية الرباعية الرؤوس بقاعدة الرضفة. ، [1] مع العضلة المتسعة المتوسطة التي ترتبط بالقاعدة نفسها ، والعضلة المتسعة الوحشية والواسعة الإنسية مرتبطة بالحدود الخارجية والوسطى للرضفة على التوالى.

الثلث العلوي من مقدمة الرضفة خشن ومسطّح وخشن ويعمل على ربط وتر العضلة الرباعية الرؤوس وغالبًا ما يكون به تكوّن. يحتوي الثلث الأوسط على العديد من القنوات الوعائية. يبلغ الثلث السفلي ذروته في القمة التي تعمل كأصل للرباط الرضفي. [1] السطح الخلفي مقسم إلى قسمين. [1]

الرضفة اليسرى اليسرى من الأمام

ترك الإنسان الرضفة من الخلف

ثني الركبة وبسطها

تتمفصل الأرباع الثلاثة العلوية من الرضفة مع عظم الفخذ وتنقسم إلى جانب أنسي وجانب جانبي بحافة رأسية تختلف في الشكل.

تبلغ مساحة السطح المفصلي عند البالغين حوالي 12 سم 2 (1.9 بوصة مربعة) ومغطاة بالغضروف ، والذي يمكن أن يصل سمكه الأقصى إلى 6 مم (0.24 بوصة) في المركز عند حوالي 30 عامًا من العمر. بسبب الضغط الكبير على المفصل الفخذي الرضفي أثناء مقاومة ثني الركبة ، فإن الغضروف المفصلي للرضفة هو من بين أثخن سمكا في جسم الإنسان.

الجزء السفلي من السطح الخلفي مليء بقنوات الأوعية الدموية ويمتلئ بالأنسجة الدهنية ، وسادة الدهون تحت الرضفة.

تحرير التباين

الترجمات (أي الرضفة emarginata، "القطعة المفقودة") شائعة بشكل جانبي على الحافة القريبة. [1] الرضفة ثنائية الجزء هي نتيجة تعظم طبقة غضروفية ثانية في موقع التوزع. في السابق ، تم شرح الرضفة ثنائية الأطراف على أنها فشل العديد من مراكز التعظم في الاندماج ، ولكن تم رفض هذه الفكرة. [ بحاجة لمصدر ] تحدث الرضفة الجزئية بشكل حصري تقريبًا عند الرجال. تحدث الرضفة الثلاثية وحتى متعددة الأجزاء.

تتمفصل الأرباع الثلاثة العلوية من الرضفة مع عظم الفخذ وتنقسم إلى جانب أنسي وجانب جانبي بواسطة نتوء رأسي يختلف في الشكل. يمكن تمييز أربعة أنواع رئيسية من الأسطح المفصلية:

  1. الأكثر شيوعًا أن السطح المفصلي الإنسي أصغر من السطح الجانبي.
  2. في بعض الأحيان يكون كلا السطحين المفصليين متساويين في الحجم تقريبًا.
  3. من حين لآخر ، يكون السطح الإنسي ناقص التنسج أو
  4. يشار فقط إلى الحافة المركزية.

تحرير التنمية

يتطور مركز التعظم في الرضفة في عمر 3-6 سنوات. [1] تنشأ الرضفة من مركزي تعظم يتحدان عند تكوينهما الكامل. [ بحاجة لمصدر ]

الدور الوظيفي الأساسي للرضفة هو تمديد الركبة. تزيد الرضفة من قوة وتر العضلة الرباعية التي يمكن أن يمارسها على عظم الفخذ من خلال زيادة الزاوية التي يعمل بها.

ترتبط الرضفة بأوتار العضلة الرباعية الرؤوس الفخذية ، والتي تنقبض لتمتد / تصويب الركبة. يتم تثبيت الرضفة عن طريق إدخال الألياف الأفقية من المتسعة الإنسي وبروز اللقمة الفخذية الجانبية ، مما يثبط الخلع الجانبي أثناء الانثناء. تعمل الألياف الشبكية للرضفة أيضًا على استقرارها أثناء التمرين.

تحرير الخلع

تحدث اضطرابات الرضفة بشكل منتظم بشكل كبير ، خاصة عند الشابات الرياضيات. [2] وهي تنطوي على انزلاق الرضفة من موضعها على الركبة ، غالبًا بشكل جانبي ، وقد تترافق مع ألم شديد وتورم. [3] يمكن تتبع الرضفة مرة أخرى في الأخدود بامتداد الركبة ، وبالتالي تعود في بعض الأحيان إلى الوضع الصحيح من تلقاء نفسها. [3]

تعديل المحاذاة العمودية

أ الرضفة ألتا هي رضفة عالية (محاذاة بشكل ممتاز). الرضفة ألتا الموهنة هي رضفة صغيرة بشكل غير عادي تتطور خارج المفصل وفوقه.

أ الرضفة باجا الرضفة منخفضة الركوب. قد تؤدي الرضفة باجا طويلة الأمد إلى خلل وظيفي في الباسطة. [5]

ال نسبة Insall-Salvati يساعد على تحديد باجا الرضفة بالأشعة السينية الجانبية ، ويتم حسابه على أنه طول الوتر الرضفي مقسومًا على طول عظم الرضفة. تشير نسبة Insall-Salvati البالغة & lt 0.8 إلى باجا الرضفة. [6]

تحرير الكسر

تكون الرضفة عرضة للإصابة بسبب موقعها المكشوف بشكل خاص ، وعادة ما تحدث كسور الرضفة نتيجة لصدمة مباشرة على الركبة. عادة ما تسبب هذه الكسور تورمًا وألمًا في المنطقة ، ونزيفًا في المفصل (تدمي المفصل) ، وعدم القدرة على تمديد الركبة. عادة ما يتم علاج كسور الرضفة بالجراحة ، إلا إذا كان الضرر ضئيلًا وآلية الباسطة سليمة. [7]

تحرير Exostosis

الانبثاث هو تكوين عظام جديدة على العظم ، نتيجة لتكوين الكالسيوم الزائد. يمكن أن يكون هذا سببًا للألم المزمن عند تكوينه على الرضفة.

تم العثور على الرضفة في الثدييات والطيور المشيمية. [8] توجد الرضفة أيضًا في monotremes الحية ، خلد الماء و echidna. في رباعيات الأرجل الأكثر بدائية ، بما في ذلك البرمائيات الحية ومعظم الزواحف (باستثناء بعض Lepidosaurs) ، ترتبط أوتار العضلات من أعلى الساق مباشرة بالظنبوب ، ولا توجد الرضفة. [9] في عام 2017 ، تم اكتشاف أن الضفادع لديها ركبة على عكس ما كان يعتقد. هذا يثير احتمال ظهور الرضفة قبل 400 مليون سنة عندما ظهرت رباعيات الأرجل لأول مرة ، لكنها اختفت في بعض الحيوانات. [10] [11]

الكلمة الرضفة نشأت في أواخر القرن السابع عشر من الشكل المصغر لللاتينية الزنجار أو الزنجار أو باتن، يعني طبق ضحل. [12] [13]


مناقشة

أصبحت التقنيات القائمة على القطرات شائعة بشكل متزايد في النسخ عالية الإنتاجية أحادية الخلية. ومع ذلك ، تم تنفيذ القليل من العمل لتطوير طرق حسابية قوية للتمييز بين الخلايا الأصلية والقطرات الفارغة. هنا ، نصف EmptyDrops ، وهي طريقة لاكتشاف الرموز الشريطية التي تحتوي على خلايا بناءً على انحراف كبير في ملفات تعريف التعبير عن مجموعة الحمض النووي الريبي المحيط. نحن نستخدم البيانات المحاكاة لإثبات أن EmptyDrops يتفوق في الأداء على الاستراتيجية المطبقة حاليًا في مجموعة برامج CellRanger. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن لـ EmptyDrops استعادة علم الأحياء في بيانات 10x حقيقية تُفقد باستخدام CellRanger. تشير نتائجنا إلى أن EmptyDrops فعال في الكشف عن الخلايا في بيانات تسلسل scRNA المستندة إلى القطيرات. يتم دعم هذا من خلال أعمال أخرى حيث تعمل EmptyDrops على تحسين استعادة نوع الخلية [16] وتقليل الآثار الفنية [17].

الافتراض الأساسي لنهجنا هو أن الرموز الشريطية ذات إجماليات UMI المنخفضة جدًا تمثل قطرات فارغة. هذا يسمح لنا باستخدام هذه الرموز الشريطية لتقدير ملف التعريف المحيط. ومع ذلك ، قد لا يكون هذا الافتراض مناسبًا إذا كانت مجموعة البيانات تحتوي على مجموعة فرعية من الخلايا ذات محتوى منخفض جدًا من RNA. في مثل هذه الحالات ، سيكون تقدير ملف تعريف التعبير المحيط متحيزًا ، على الرغم من أن هذا التحيز من المحتمل أن يكون صغيرًا لأن عددًا قليلاً من النسخ سيتم المساهمة به من الخلايا ذات المحتوى المنخفض من الحمض النووي الريبي. قد ينشأ مصدر محتمل آخر للتحيز من أخطاء التسلسل في الرمز الشريطي للخلية ، مثل عدم تخصيص النسخ من القطيرة المحتوية على خلية إلى قطيرة فارغة. يتم تخفيف هذا التأثير عن طريق استخدام الرموز الشريطية الخلوية المصممة في بروتوكول GemCode ، والتي تسمح بتصحيح الخطأ بناءً على "القائمة البيضاء" لتسلسلات الباركود المعروفة [3]. ومع ذلك ، قد يكون هناك مشكلة في البروتوكولات حيث لا يمكن تصحيح الأخطاء في الرموز الشريطية [1].

من الآثار الجانبية الملحوظة للاحتفاظ بالرموز الشريطية ذات إجماليات UMI المنخفضة أنه يتم أيضًا استرداد عدد أكبر من الخلايا منخفضة الجودة. يعد EmptyDrops صحيحًا من الناحية الفنية في الاحتفاظ بالرموز الشريطية المرتبطة حيث تختلف الخلايا التالفة عن القطرات الفارغة. ومع ذلك ، فإن هذه الخلايا ليست ذات أهمية في التحليلات النهائية. لقد أزلناها عن طريق تحديد محتوى الميتوكوندريا (انظر "الطرق") ، على الرغم من أنه يمكن استخدام مقاييس أخرى مثل نسبة البروتين الريبوزومي mRNA (على سبيل المثال ، إذا كان التلف قد جرد السيتوبلازم تمامًا). إذا لم يكن ذلك كافيًا ، فقد يكون الفحص اليدوي لنتائج التجميع ضروريًا لتحديد هذه الخلايا واستبعادها من مزيد من الدراسة. الخيار الآخر هو تطبيق عتبة أكثر صرامة على العدد الإجمالي ، على الرغم من أن هذا سيؤدي أيضًا إلى تجاهل الخلايا الأصلية ذات المحتوى المنخفض من RNA وتعويض فوائد استخدام EmptyDrops. ومع ذلك ، لا يزال EmptyDrops يوفر ميزة على الطرق الحالية من خلال توفير إطار عمل صارم إحصائيًا للكشف عن الخلايا ، دون الحاجة إلى معرفة مسبقة بالعدد المتوقع للخلايا.

لقد ركزنا حصريًا على بيانات scRNA-seq المستندة إلى القطيرات التي تم إنشاؤها باستخدام تقنية GemCode من 10X Genomics. والدافع وراء ذلك هو الاستخدام الواسع النطاق لهذه المنصة بالإضافة إلى توفر مجموعات البيانات غير المفلترة (انظر "الطرق"). من حيث المبدأ ، يمكن أيضًا تطبيق الطريقة على البيانات من البروتوكولات الأخرى المستندة إلى القطرات مثل inDrop و Drop-seq. سيحدث تحلل الخلية أو تسربها في أي بروتوكول يتضمن التفكك والموائع الدقيقة ، ومن غير المرجح أن يكون تكوين قطرات فارغة تحتوي على الحمض النووي الريبي من التجمع المحيط ظاهرة فريدة من نوعها لمجموعات البيانات 10X.

هناك اتجاه مثير للاهتمام للعمل المستقبلي وهو ما إذا كان يمكن "طرح" مساهمة ملف التعريف المحيط من ملف تعريف تعبير كل رمز شريطي ، مما ينتج عنه تمثيل أكثر دقة لنسخة الخلية [18]. يتطلب هذا تقدير الكميات النسبية للمجمع المحيط والحمض النووي الريبي الخلوي في كل قطرة ، وهو أمر غير مباشر لأن التجمع المحيط مشتق من الخلايا. يتطلب القياس الكمي الدقيق للمساهمة المحيطة لكل قطرة "علامات" خاصة بالبيئة المحيطة والتي قد لا تكون متاحة لمجموعة بيانات عشوائية. يعد الطرح المباشر للمساهمة من الأعداد غير مرضٍ أيضًا لأنه لا يحافظ على علاقة التباين المتوسط ​​أو عدم اليقين في التقديرات المحيطة. يبدو أنه قد تكون هناك حاجة إلى نموذج عامل ارتباط الهوية لبيانات التعداد ، وهو ليس بالأمر السهل تنفيذه.

يتم تنفيذ طريقة EmptyDrops الخاصة بنا في حزمة DropletUtils المتاحة من مشروع Bioconductor [19]. نتوقع أنه سيكون مفيدًا للباحثين الذين يرغبون في استخراج أكبر قدر ممكن من المعلومات من مجموعات البيانات القائمة على القطيرات.


مراجع

أنطونيوس إم ، سيرينا جي سي ، دانييلت آر (2018) مراجعة للتجزئة التلقائية للتصوير بالرنين المغناطيسي للجنين وحديثي الولادة. الصورة العصبية 170: 231 - 248

Barmpoutis A ، Vemuri BC ، Shepherd TM ، وآخرون. (2007) شرائح موتر لاستيفاء وتقريب DT-MRI مع تطبيقات لتجزئة حصين الفئران المعزول. IEEE Trans Med Imag 26 (11): 1537

بازين بل ، يي سي ، بوجوفيتش جا وآخرون. (2011) التقسيم المباشر لمساحات المادة البيضاء الرئيسية في صور موتر الانتشار. Neuroimage 58 (2): 458-468

Cootes TF ، Taylor CJ (1992) نماذج الشكل النشط - الثعابين الذكية. في: BMVC ، ص 266-275

Cootes TF ، Taylor CJ (1994) استخدام نماذج المستوى الرمادي لتحسين البحث عن نموذج الشكل النشط. في: IAPR. IEEE ، ص 63-67

Cootes TF، Taylor CJ، Lanitis A (1994) Active Shape Models: تقييم أسلوب متعدد الدقة لتحسين البحث عن الصور. في: Proc. مؤتمر الرؤية الآلية البريطانية ، ص 317 - 338

Cootes TF ، Taylor CJ ، Lanitis A (1994) بحث متعدد الدقة باستخدام Active Shape Models. في: IAPR. IEEE ، الصفحات من 610 إلى 612

فريدمان جيه إتش ، بنتلي جيه إل ، فينكل را (1977) خوارزمية لإيجاد أفضل التطابقات في الوقت اللوغاريتمي المتوقع. ACM Trans Math Softw (TOMS) 3 (3): 209-226

Goodall C (1991) طرق Procrustes في التحليل الإحصائي للشكل. J R Stat Soc 53 (2): 285 - 339

Heckemann RA، Hajnal JV (2006) تجزئة تصوير بالرنين المغناطيسي للدماغ تجمع بين انتشار الملصق ودمج القرار. NeuroImage 33 (1): 115-126

Hill A ، Cootes TF ، Taylor CJ (2010) نماذج الشكل النشط ومشكلة تقريب الشكل. Image Vis Comput 14 (8): 601-607

Jalba AC ، Westenberg MA ، Roerdink JB (2015) التجزئة التفاعلية وتصور بيانات DTI باستخدام تمثيل هرمي لمستجمعات المياه. IEEE Trans Image Process 24 (3): 1025–35

Jia X ، Meng MQH (2014) مسح وتحليل لخوارزميات تخصيص المهام في أنظمة متعددة الروبوتات. Neuroimage 84 (1): 141-158

Kass M ، Witkin A ، Terzopoulos D (1988) الثعابين: نماذج محيطية نشطة. Int J Comput Vis 1 (4): 321 - 331

Kobashi S، Udupa JK (2013) تجزئة صورة الترابط الضبابي لاستخراج دماغ حديثي الولادة في صور MR. في: 2013 المؤتمر الدولي السنوي الخامس والثلاثون لهندسة IEEE في مجتمع الطب والبيولوجيا (EMBC) ، الصفحات من 7136 إلى 7139

Li W ، Chen L ، Li W ، et al. (2013) كشف خصائص تنظيم microRNA في عملية النمو والشيخوخة للدماغ البشري. علم الجينوم BMC Med 6 (1): 1-11

Li B و Groot M و Vernooij MW و Ikram MA و Niessen WJ و Bron EE (2018) في: ورشة عمل دولية حول التعلم الآلي في التصوير الطبي ، التعلم الآلي في التصوير الطبي LNCS ، المجلد 11046 ، الصفحات 205-213

Liang L ، Rehm K ، Woods RP ، et al. (2007) التجزئة التلقائية لنصفي الكرة المخية الأيمن والأيسر من أحجام الدماغ بالرنين المغناطيسي باستخدام خوارزمية قطع الرسم البياني. Neuroimage 34 (3): 1160-1170

Lim SJ، Ho YS (2006) تجزئة صورة الشكل النشط ثلاثية الأبعاد باستخدام نموذج مقياس. في: ISSPIT. IEEE ، ص 168 - 173

ليو تي ، لي إتش ، وونغ ك ، وآخرون. (2007) تجزئة أنسجة المخ بناءً على بيانات DTI. Neuroimage 38 (1): 114-123

Lu Y ، Jiang T ، Zang Y (2003) طريقة زراعة المنطقة لتحليل بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفية. Neuroimage 20 (1): 455-465

Lu M ، Miao CS ، Wang LJ (2012) طريقة جديدة لتجزئة المادة البيضاء في الدماغ. ي شمال شرق جامعة 33 (5): 645-648. (صينى)

Manikandan S ، Ramar K ، Iruthayarajan MW ، et al. (2014) عتبة متعددة المستويات لتجزئة صور الدماغ الطبية باستخدام خوارزمية جينية مشفرة حقيقية. القياس 47 (1): 558-568

Min HB و Pan R و Wu T et al. (2009) التجزئة الآلية لصور دماغ الفأر باستخدام MRF الممتد. Neuroimage 46 (3): 717-725

Moeskops P ، Benders ، Chit MJNL ، et al. (2015) التقسيم التلقائي لصور الدماغ بالرنين المغناطيسي للخدج باستخدام التصنيف الخاضع للإشراف. Neuroimage 118: 628-641

Moeskops P ، Viergever MA ، وآخرون. (2016) التجزئة التلقائية لصور الدماغ بالرنين المغناطيسي بشبكة عصبية تلافيفية. IEEE Trans Med Imaging 35: 1252–1261

Pipitone J ، Park MT ، Winterburn J ، وآخرون. (2014) تجزئة متعددة الأطلس للحصين والحقول الفرعية بأكملها باستخدام قوالب متعددة يتم إنشاؤها تلقائيًا. التصوير العصبي. 101 (101): 494

سانروما جي ، بن كريم أوم ، وآخرون. (2016) بناء مجموعة من طرق التجزئة التكميلية من خلال استغلال التقديرات الاحتمالية. Mach Learn Med Imag ، 27–35

Sanroma G، Benkarim OM، Piella G (2016) بناء مجموعة من طرق التجزئة التكميلية من خلال استغلال التقديرات الاحتمالية. Mach Learn Med Imag ، 27–35

Serag A، Blesa M (2016) التعلم الدقيق مع عدد قليل من الأطلس (ALFA): خوارزمية لاستخراج دماغ حديثي الولادة بالرنين المغناطيسي ومقارنتها مع 11 طريقة متاحة للجمهور. ممثل العلوم 6: 23470

Shao XX ، Lin XM et al (2015) طريقة تجزئة صورة الكبد DTI بناءً على نموذج الكنتور النشط ، CN ، 104361597A [P]. (صينى)

شي Y ، طومسون بيإم ، زوبيكاراي جي آي دي ، وآخرون. (2007) رسم خرائط مباشر لأسطح الحصين مع سياق الشكل الداخلي. Neuroimage 37 (3): 792

Wang XH، Fang LL (2013) مسح لتجزئة الصورة على أساس نموذج الكنتور النشط. التعرف على الأنماط Artif Intell 26 (8): 751-760. (صينى)

وانج إل ، جاو واي ، وآخرون. (2015) الروابط: إطار متكامل متعدد المصادر قائم على التعلم لتجزئة صور دماغ الرضع. Neuroimage 108: 160 - 172

Wang Y و Yu Q و Liu Z وآخرون. (2016) تقييم خوارزميات تسجيل صور موتر الانتشار. تطبيق Multimed Tools 13: 1–18

Warfield SK، Zou KH، Wells WM (2004) الحقيقة المتزامنة وتقدير مستوى الأداء (STAPLE): خوارزمية للتحقق من تجزئة الصورة. IEEE Trans Med Imag 23 (7): 903

Wolz R ، Heckemann RA ، Aljabar P ، et al. (2010) قياس ضمور الحُصين باستخدام تجزئة قطع الرسم البياني رباعي الأبعاد: التطبيق على ADNI. Neuroimage 52 (1): 109-118

Woolrich M ، Hunt L ، Groves A ، وآخرون. (2011) MEG beamforming باستخدام Bayesian PCA لتنظيم مصفوفة التباين المشترك للبيانات التكيفية. Neuroimage 57 (4): 1466

Zimmerman-moreno G، Mayer A، Greenspan H (2008) تصنيف الأشجار للتجزئة السريعة لمسارات ألياف الدماغ DTI. في: مؤتمر IEEE Computer Society حول ورش عمل رؤية الكمبيوتر والتعرف على الأنماط. CVPRW’08. IEEE ، الصفحات من 1 إلى 7


علاج برولوثيرابي لألم الركبة

في هذه الصورة لمريض يتم إعداده لتلقي حقن برولوثيرابي في ركبته ، تمثل النقاط الموجودة على الجلد تلك المناطق من الركبة التي يجب أن يتم حقنها. في هذا المريض بالذات ، هناك 50 نقطة على ركبته. ستمثل كل نقطة مكان إعطاء كل حقنة. هذا هو علاج برولوثيرابي الشامل للركبة.


نتيجة

تم جمع مجموعة عالية الثقة من 442،162 مترًا فريدًا من مواقع 6 A تم تحديدها من خلال سبع تقنيات دقة أساسية ، والتي تغطي سبعة كائنات حية ، بما في ذلك الإنسان (178049 موقعًا) ، والفأر (110959 موقعًا) ، والجرذان (6348 موقعًا) ، وسمك الزرد (63998 موقعًا) مواقع) ، طيران (36913 موقعًا) ، أرابيدوبسيس (35332 موقعًا) ، خميرة (10563 موقعًا). يرجى الاطلاع على الجدول التكميلي S6 للمقارنة الزوجية للبيانات المتولدة من سبع تقنيات دقة أساسية. بالنسبة لعرض المناظر الطبيعية للنسخ ، قمنا بدمج 96 ملفًا شخصيًا تم إنشاؤها من تقنيات الدقة الأساسية فقط ، والتي تغطي ستة تعديلات أخرى على RNA ، بما في ذلك m 5 C (95391 موقعًا) ، m 1 A (16346 موقعًا) ، Ψ (3137 موقعًا) ، m 6 صباحًا (2447 موقعًا) ، م 7 ج (2525 موقعًا) ون م (1835 موقعًا). هذه ، حتى الآن ، المجموعة الأكثر شمولاً لمواقع تعديل النسخ عالية الثقة الناتجة عن تقنيات الدقة الأساسية. قمنا أيضًا بجمع مواقع m 6 A على النصوص الفيروسية من 10 أنواع من الفيروسات خلال 8 مراحل إصابة ، بما في ذلك hMPV و KSHV و HCV و RSV و HIV-1 و DENV و WNV و ZIKV و HCMV و YFV. كشف التحليل عن إجمالي 5388 طفرة جينية ، مرتبطة بالتسبب المرضي ، والتي يمكن أن تدمر الفكرة المكونة لـ M6 A من مواقع m 6 A الموثوقة ، والتي من المحتمل أن تربط وظيفة m 6 A بشكل غير مباشر بـ 134 نوعًا مختلفًا من الأمراض.

تم توفير ملفات تعريف كمية m 6 A (مستويات مثيلة لكل مواقع m 6 A) لـ 109 حالة تجريبية (خط خلوي / نسيج أو علاجات مختلفة) في الإنسان ، تغطي 46 خطًا من الخلايا البشرية و 28 من الأنسجة البالغة و 8 أنسجة جنينية. بالنسبة للماوس ، هناك ما مجموعه 80 ملفًا جانبيًا على شكل epitranscriptome تغطي 25 خطًا خلويًا و 10 أنسجة للماوس. تتوفر أيضًا ملفات تعريف التعبير الجيني المتطابقة للتحليل المقارن ، حيث يكون من المفيد غالبًا التركيز على مواقع المثيلة الموجودة على الجينات المعبر عنها بسهولة.

تم إجراء تحليل الحفظ بين الإنسان والفأر والجرذ والزرد والخنازير والقرد والشمبانزي لتحديد مواقع m 6 A المحفوظة بين نوعين من الفقاريات (انظر الجدول 1). تم العثور على حوالي 22000 م 6 مواقع (تقع على 6193 جينًا بشريًا) محفوظة بين الإنسان والفأر ، تمثل 12.45٪ و 20.15٪ من مواقع m6 A في الإنسان والفأر ، على التوالي ، وهي غنية جدًا بالقرب من نقطة التوقف. الكودونات على mRNAs (الشكل التكميلي S1). تم التنبؤ بوظائف GO (62) المفترضة كما هو موضح سابقًا (46) لمواقع m 6 A المحفوظة ، والتي يفترض أنها أكثر أهمية وظيفيًا (مفصلة في المواد التكميلية).

المواقع المحفوظة م 6 أ بين الفقاريات

. بشر (178049 موقع). الفأر (110959 موقعًا). جرذ (6348 موقعًا). الزرد (63998 موقعًا). شمبانزي (37456 قمة). قرد (38838 قمة). شخص شره (121409 قمة).
بشر 22 359 (20.15%) 1117 (17.60%) 2823 (4.411%) 20 757 (55.41%) 16 832 (43.33%) 22 245 (18.32%)
الفأر22170 (12.45%) 1709 (26.92%) 1725 (2.695%) 8749 (23.35%) 7864 (20.24%) 15 636 (12.87%)
جرذ1132 (0.635%) 1729 (1.558%) 76 (0.119%) 245 (0.654%) 256 (0.659%) غير متاح
الزرد2922 (1.641%) 2063 (1.859%) 86 (1.354%) غير متاح غير متاح غير متاح
. بشر (178049 موقع). الفأر (110959 موقعًا). جرذ (6348 موقعًا). الزرد (63998 موقعًا). شمبانزي (37456 قمة). قرد (38838 قمة). شخص شره (121409 قمة).
بشر 22 359 (20.15%) 1117 (17.60%) 2823 (4.411%) 20 757 (55.41%) 16 832 (43.33%) 22 245 (18.32%)
الفأر22170 (12.45%) 1709 (26.92%) 1725 (2.695%) 8749 (23.35%) 7864 (20.24%) 15 636 (12.87%)
جرذ1132 (0.635%) 1729 (1.558%) 76 (0.119%) 245 (0.654%) 256 (0.659%) غير متاح
الزرد2922 (1.641%) 2063 (1.859%) 86 (1.354%) غير متاح غير متاح غير متاح

ملحوظة: مجموعات البيانات epitranscriptome ذات الدقة الأساسية متاحة فقط للإنسان والفأر والجرذان وسمك الزرد. بالنسبة للخنازير والقرد والشمبانزي ، تتوفر فقط قمم m 6 A تسمى من بيانات m 6 A-seq. N / A تعني أن أداة UCSC LiftOver لا تدعم تحويل الإحداثيات المتجانسة بين النوعين ، ولم يتم إجراء تحليل الحفظ.

المواقع المحفوظة م 6 أ بين الفقاريات

. بشر (178049 موقع). الفأر (110959 موقعًا). جرذ (6348 موقعًا). الزرد (63998 موقعًا). شمبانزي (37456 قمة). قرد (38838 قمة). شخص شره (121409 قمة).
بشر 22 359 (20.15%) 1117 (17.60%) 2823 (4.411%) 20 757 (55.41%) 16 832 (43.33%) 22 245 (18.32%)
الفأر22170 (12.45%) 1709 (26.92%) 1725 (2.695%) 8749 (23.35%) 7864 (20.24%) 15 636 (12.87%)
جرذ1132 (0.635%) 1729 (1.558%) 76 (0.119%) 245 (0.654%) 256 (0.659%) غير متاح
الزرد2922 (1.641%) 2063 (1.859%) 86 (1.354%) غير متاح غير متاح غير متاح
. بشر (178049 موقع). الفأر (110959 موقعًا). جرذ (6348 موقعًا). الزرد (63998 موقعًا). شمبانزي (37456 قمة). قرد (38838 قمة). شخص شره (121409 قمة).
بشر 22 359 (20.15%) 1117 (17.60%) 2823 (4.411%) 20 757 (55.41%) 16 832 (43.33%) 22 245 (18.32%)
الفأر22170 (12.45%) 1709 (26.92%) 1725 (2.695%) 8749 (23.35%) 7864 (20.24%) 15 636 (12.87%)
جرذ1132 (0.635%) 1729 (1.558%) 76 (0.119%) 245 (0.654%) 256 (0.659%) غير متاح
الزرد2922 (1.641%) 2063 (1.859%) 86 (1.354%) غير متاح غير متاح غير متاح

ملحوظة: مجموعات البيانات epitranscriptome ذات الدقة الأساسية متاحة فقط للإنسان والفأر والجرذان وسمك الزرد. بالنسبة للخنازير والقرد والشمبانزي ، تتوفر فقط قمم m 6 A تسمى من بيانات m 6 A-seq. N / A تعني أن أداة UCSC LiftOver لا تدعم تحويل الإحداثيات المتجانسة بين النوعين ، ولم يتم إجراء تحليل الحفظ.

أطلس m 6 A epitranscriptome (م 6 أ-أطلس)

قمنا ببناء m 6 A-Atlas ، وهو قاعدة معرفية شاملة لتفكيك ن 6-ميثيلادينوزين (م 6 أ) فوق الترنسكريبتوم. تمكّن واجهات الويب سهلة الاستخدام المتوفرة في m 6 A-Atlas المستخدمين من البحث عن بيانات m 6 A المشروحة بشكل شامل وتصفحها وتصورها وتنزيلها (انظر الجدول 2) حسب الجين والمرض والوظيفة والموقع الجينومي ونوع معين. تم دمج متصفح الجينوم من أجل استكشاف تفاعلي لمناطق الجينوم ذات الأهمية. يمكن تنزيل جميع البيانات المتوفرة في قاعدة بيانات m 6 A-Atlas ومشاركتها مجانًا. لقد قمنا أيضًا بدمج أداتين قويتين: أداة البحث عن الحفظ m6A ، والتي تُستخدم لتحديد مواقع m 6 A المحفوظة بين قائمة المواقع المرشحة التي يوفرها المستخدم ، والباحث التفاضلي m6A ، الذي يقوم بإرجاع m 6 الميثيل التفاضلي مواقع بين شرطين تجريبيين. لراحة المستخدمين ، تم وضع تعليمات مفصلة حول كيفية استخدام m 6 A-Atlas في صفحة "المساعدة". m 6 يمكن الوصول إلى A-Atlas مجانًا على الإنترنت على العنوان التالي: www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/atlas.

. مواقع موثوقة م 6 أ. الملامح الكمية. شرح أساسي. الحفظ في الفقاريات. الوظائف المفترضة. منظر طبيعي مع ستة تعديلات أخرى على الحمض النووي الريبي. جمعية المرض.
بشرنعم نعم نعم نعم نعم نعم نعم
الفأرنعم نعم نعم نعم نعم نعم -
جرذنعم نعم نعم نعم - - -
الزردنعم نعم نعم نعم - - -
يطيرنعم نعم نعم - - - -
أرابيدوبسيسنعم نعم نعم - - - -
خميرةنعم نعم نعم - - نعم -
. مواقع موثوقة م 6 أ. الملامح الكمية. شرح أساسي. الحفظ في الفقاريات. الوظائف المفترضة. منظر طبيعي مع ستة تعديلات أخرى على الحمض النووي الريبي. جمعية المرض.
بشرنعم نعم نعم نعم نعم نعم نعم
الفأرنعم نعم نعم نعم نعم نعم -
جرذنعم نعم نعم نعم - - -
الزردنعم نعم نعم نعم - - -
يطيرنعم نعم نعم - - - -
أرابيدوبسيسنعم نعم نعم - - - -
خميرةنعم نعم نعم - - نعم -
. مواقع موثوقة م 6 أ. الملامح الكمية. شرح أساسي. الحفظ في الفقاريات. الوظائف المفترضة. منظر طبيعي مع ستة تعديلات أخرى على الحمض النووي الريبي. جمعية المرض.
بشرنعم نعم نعم نعم نعم نعم نعم
الفأرنعم نعم نعم نعم نعم نعم -
جرذنعم نعم نعم نعم - - -
الزردنعم نعم نعم نعم - - -
يطيرنعم نعم نعم - - - -
أرابيدوبسيسنعم نعم نعم - - - -
خميرةنعم نعم نعم - - نعم -
. مواقع موثوقة م 6 أ. الملامح الكمية. شرح أساسي. الحفظ في الفقاريات. الوظائف المفترضة. منظر طبيعي مع ستة تعديلات أخرى على الحمض النووي الريبي. جمعية المرض.
بشرنعم نعم نعم نعم نعم نعم نعم
الفأرنعم نعم نعم نعم نعم نعم -
جرذنعم نعم نعم نعم - - -
الزردنعم نعم نعم نعم - - -
يطيرنعم نعم نعم - - - -
أرابيدوبسيسنعم نعم نعم - - - -
خميرةنعم نعم نعم - - نعم -

دراسة حالة عن lncRNA: MALAT1

من الاهتمامات هنا مواقع مثيلة m 6 A RNA على MALAT1 ، والتي تشفر الحمض النووي الريبي غير المشفر بطول 7.9 كيلو بايت وتقع في الكروموسوم 11q13. يؤدي البحث عن طريق الجين "MALAT1" في الصفحة الأولى لقاعدة بيانات m6A-Atlas إلى إرجاع ما مجموعه 142 مترًا من سجلات 6 A المتعلقة بـ MALAT1. هذا يتوافق مع معرفتنا بأن MALAT1 معدلة بدرجة كبيرة m6A (63-66). من الممكن تصفية هذه السجلات بالتكنولوجيا (الشكل 2 أ) أو خط الخلية / الأنسجة (الشكل 2 ب). بعد النقر فوق موقع MALAT1 m 6 A ، يتم توفير مزيد من المعلومات بما في ذلك مصدر السجل مثل PubMed ID ورقم انضمام GEO والتكنولوجيا وخط الخلية والعلاج. يتم عرض التوزيع العام لجميع مواقع m 6 A الموجودة على MALAT1 مع تعليقاتها التوضيحية في قسم "المناظر الطبيعية" (الشكل 2 ج) ، ويمكن تنزيلها عند التبديل إلى عرض "الجدول". يتضح من هناك أن أربعة مواقع MALAT1 م 6 أ (تقع في chr11: 65267646 ، 65267843 ، 65267952 و 65270276 ، على التوالي ، hg19 التجمع) تم اكتشافها بشكل متكرر من خلال أكثر من 10 تجارب للقرار الأساسي ، وجميعها محفوظة. بين الإنسان والقرد ، مما يشير إلى انتشارها ووظائفها التي يحتمل أن تكون مهمة. على وجه التحديد ، تم حفظ موقع MALAT1 m 6 A الموجود في chr11: 65257646 (مدعومًا بـ 13 تجربة) بين القرد (مدعومًا بتجربة واحدة متر 6 A-seq) والماوس (مدعومًا بستة تجارب ذات دقة أساسية) (الشكل 2D). تم توقع الوظائف البيولوجية لهذا الموقع في السيليكو ويظهر في لوحة التنبؤ GO. يمكننا أن نرى أن موقع m 6 A يعرض نمط مثيلة مشترك مع مواقع m 6 A الموجودة في USP10 و AGO2 و TRAF7 وما إلى ذلك (الشكل 2E) ، ويتنبأ التحليل المستند إلى الشبكة ، وفقًا للجرم من قبل الارتباط المبدأ ، أنه قد يكون مرتبطًا بعدد من الوظائف ، مثل تخليق الحمض النووي المتضمن في إصلاح الحمض النووي (ص-القيمة = 0.01297) ، تحديد مصير الخلية (القيمة الاحتمالية = 0.0454) والتنظيم السلبي لتطور الخلية (ص-القيمة = 0.00366) (الشكل 2F). وهذا يتوافق مع الاكتشاف الأخير الذي مفاده أن تنظيم m 6 A لـ MALAT1 ينظم تكوين الأورام (67) والتطور الجنيني (68). يمكن العثور على ملفات تعريف المثيلة لموقع m 6 A الفردي تحت & gt100 سياقات بيولوجية مختلفة (خط الخلية ، الأنسجة ، العلاج ، عدوى الفيروس ، إلخ) ضمن لوحة "مستوى المثيلة". من الممكن التصفية لخط خلية معين أو نسيج من الاهتمامات. تم العثور على أعلى مستوى مثيلة في خط خلية iSLK.219. من الجدير بالذكر أن مستوى المثيلة في هذا الموقع أعلى من 0 في جميع الظروف التي تمت تغطيتها تقريبًا ، مما يشير إلى انتشاره ووظائفه. (الشكل 2G). The matched RNA expression profiles of MALAT1 are also available in the gene expression panel for comparative analysis (Figure 2H). Additionally, post-transcriptional annotation suggests that the m 6 A site is in proximity to the binding position of microRNA hsa-miR-670-3p and 21 RNA binding proteins, including HRNPC, which may be immediately regulated through the m 6 A site. Interestingly, the regulation of interaction between MATLAT1 and HNRNPC via m 6 A methylation has been previously confirmed ( 69).

The m 6 A sites of MALAT1 and related information. (أ و ب) More than 100 m 6 A records of MALAT1 were detected from different technologies and in different cell lines/tissues. (ج) The overall distribution pattern of m 6 A sites on MALAT1 transcript is illustrated together with their annotations. (د) An m 6 A site is conserved between human and mouse. (ه) The m 6 A site is co-methylated with sites located on a few genes, which may suggest their functional relevance. (F) The predicted GO functions of an individual m 6 A site. (جي) The methylation levels of an m 6 A site under different biological conditions. (ح) The matched gene expression profiles of the m 6 A-carrying gene.

The m 6 A sites of MALAT1 and related information. (أ و ب) More than 100 m 6 A records of MALAT1 were detected from different technologies and in different cell lines/tissues. (ج) The overall distribution pattern of m 6 A sites on MALAT1 transcript is illustrated together with their annotations. (د) An m 6 A site is conserved between human and mouse. (ه) The m 6 A site is co-methylated with sites located on a few genes, which may suggest their functional relevance. (F) The predicted GO functions of an individual m 6 A site. (جي) The methylation levels of an m 6 A site under different biological conditions. (ح) The matched gene expression profiles of the m 6 A-carrying gene.

Case study on protein coding gene: SMAD3

SMAD3 (SMAD Family Member 3) has been shown previously shown to promote binding of the m 6 A methyltransferase complex to a subset of transcripts involved in early cell fate decisions ( 70). Of interests here is to check the m 6 A methylation status of this gene. Searching by gene ‘SMAD3’ at the front page of m 6 A-Atlas database returns a total of 44 m 6 A records related to MALAT1. It is possible to further filter these records by technology (Figure 3A) or cell line/tissue (Figure 3B). After clicking an MALAT1 m 6 A site, more information is provided including the source of the record such as PubMed ID, GEO accession number, technology, cell line and treatment. The overall distribution of all the m 6 A (and other RNA modification) sites located on MALAT1 together with their annotations can be visualized in the ‘landscape’ section (Figure 3C), and can be downloaded when switching to its ‘Table’ view. It is clear from there that four MALAT1 RNA modification sites (located on chr15: 67483526, 67358454, 67358455 and 67358461, respectively, hg19 assembly) were repetitively detected by more than 5 base-resolution experiments. However, only the first one (chr15: 67483526) is m 6 A RNA methylation site the others three are all m 5 C sites. The m 6 A site located at chr15: 67483526 (supported by seven experiments) is conserved in monkey and chimp (both supported by one m 6 A-seq experiment) (Figure 3D). We can see from the ‘methylation level’ panel that, the methylation level (log2 fold enrichment) of this site is above 0 for almost all experimental conditions (Figure 3E), showing its prevalent existence and functionality. The highest methylation level was observed under A549 cell lines, and a strong demethylation of the site was observed after METTL3 is knocked down, suggesting the methylation of this site is likely to be METTL3-dependent. Importantly, the m 6 A-forming motif of this site DRACH may be destroyed by a known synonymous mutation (chr15: 67483526) relevant to Thoracic aortic aneurysm and aortic dissection (RCV000292705) and Loeys-Dietz syndrome (RCV000384686), which may indicate a disease-relevant mechanism that functions at the epitranscriptome layer (Figure 3F).

The m 6 A sites of SMAD3 and related information. (أ و ب) More than 40 m 6 A records of SMAD3 were detected from different technologies and in different cell lines/tissues. (ج) The overall distribution pattern of m 6 A sites on MALAT1 transcript is illustrated together with their annotations. (د) An m 6 A site is conserved between human, mouse and Chimp. (ه) The m 6 A site shows stable m6A signal (with log2 fold enrichment greater than 0) under different experimental conditions, suggesting its universal existence and prevalence. The highest methylation level was detected under A549 cell lines, and a strong demethylation of the site was observed after METTL3 is knocked down, suggesting the methylation of this site is likely to be METTL3-dependent. (F) A known disease-relevant germline mutation (chr15: 67483526) can destroy the m 6 A forming motif of this m6A site, linking it to epitranscriptome disease pathogenesis.

The m 6 A sites of SMAD3 and related information. (أ و ب) More than 40 m 6 A records of SMAD3 were detected from different technologies and in different cell lines/tissues. (ج) The overall distribution pattern of m 6 A sites on MALAT1 transcript is illustrated together with their annotations. (د) An m 6 A site is conserved between human, mouse and Chimp. (ه) The m 6 A site shows stable m6A signal (with log2 fold enrichment greater than 0) under different experimental conditions, suggesting its universal existence and prevalence. The highest methylation level was detected under A549 cell lines, and a strong demethylation of the site was observed after METTL3 is knocked down, suggesting the methylation of this site is likely to be METTL3-dependent. (F) A known disease-relevant germline mutation (chr15: 67483526) can destroy the m 6 A forming motif of this m6A site, linking it to epitranscriptome disease pathogenesis.

Case study: KSHV viral m 6 A

The ‘Virus’ page of m 6 A-Atlas provides the m 6 A sites located on the viral transcripts. Of interests here is the m 6 A methylation sites located on KSHV viral transcripts. After selecting KSHV at the ‘Virus’ page, a total 356 m 6 A sites were returned. Various information related to those sites were provided, including the position, source, strain, gene, width, etc., and it is possible to further narrow down the results by the infected cell line (Figure 4).

Viral m 6 A sites on KSHV transcripts. The 356 m 6 A sites located on KSHV viral transcripts detected under various conditions and infection stages.

Viral m 6 A sites on KSHV transcripts. The 356 m 6 A sites located on KSHV viral transcripts detected under various conditions and infection stages.


مقدمة

Three-dimensional (3D) knee kinematic data, measuring knee flexion/extension, abduction/adduction, and internal/external rotation, are increasingly used in gait analysis towards quantifying the knee function [1], understanding pathological knee alterations [2], and assessing the progression of knee pathologies and their impact on the gait [3, 5]. They also offer opportunities for diagnostics [6], classification [7], and therapy of knee musculoskeletal pathologies [8]. Kinematic data are generally given in the form of normalized curves of measurements recorded on a treadmill at regular intervals of time during a gait cycle. Several studies have used knee kinematic data to obtain crucial information about musculoskeletal pathologies [9], to distinguish between knee osteoarthritis and asymptomatic subjects [10], and to further classify osteoarthritis populations with respect to the pathology level of severity [4, 7, 11, 12]. These studies have generally reported, without mentioning specifically the gender corresponding to data measurements, that the high dimensionality of kinematic data, their significant intra-class variability and interclass proximity, usually make their analysis a difficult task. However, no study has attempted to explain this difficulty in terms of objective metrics of data complexity. Instead, informal assessments have been generally invoked to deem knee kinematic data as “simple” or “complex,” using classification rates obtained with a common classifier believed to be appropriate for the type of application at hand [7, 11]. Although such a characterization can be sometimes useful, it does not afford a general, objective, and practical means of assessing the complexity of the data. In this study, we use classifier independent data complexity metrics to evaluate how difficult it can be to classify knee kinematic data.

The design and study of data complexity metrics is an emergent subject in data mining and classification. In this context, complexity measures that correlate linearly with classification error have been investigated in [13, 14]. By examining the performance of several classifiers in a space defined by complexity measures, the studies in [15, 16] were able to build a model of a classifier accuracy based on the data complexity measures divided into three general types: (1) class ambiguity, to characterize the overlap of classes in feature space. This is in general due to class representation features that cause ambiguous interpretations. The study [17] gives a lower bound on the achievable error rate in this case (2) boundary complexity, related to the Kolmogorov complexity [18, 19], defined as the minimum length of a computer program needed to reproduce the class boundary: a classification problem is complex if it takes a “long” algorithm to describe the class boundary. Because the Kolmogorov complexity is algorithmically uncomputable [20], approximate measures are used which describe geometrical properties of data sets. Such measures, which depend on the data set only, can guide the selection of appropriate classifiers and (3) geometry and density of manifolds, which describe sample sparsity, and feature space dimensionality.

This study investigates such complexity metrics to evaluate knee kinematic data complexity, and does so for both single features, i.e., features considered individually, and global features, i.e., for multiple features taken simultaneously. The data describe the temporal variation of the three dimensions of knee rotation during locomotion, namely knee flexion/extension, abduction/adduction, and internal/external, in pathology classification problems involving knee osteoarthritis. Osteoarthritis (OA) is the most common type of musculoskeletal disorder and the knee is one of the most affected joints [21]. The kinematic data have interesting characteristics: (i) they reflect the functional status of the knees, (ii), they are objective non-invasive measurements and non-radiant like conventional static X-ray imaging and, (iii) they can be used further by health care professionals to personalize, and therefore enhance, care pathways of knee OA patients. Traditionally, kinetic (rather than kinematic) variables, the external knee adduction moment in particular, have been used in the assessment of the progression and severity of knee OA. However, their measurement needs sophisticated setups, which are, generally, available only in specialized gait study laboratories (Simon 2004). Kinematic data, instead, are acquired in a normal clinical setting, using a commercially available treadmill and a simple non invasive knee attachment system.


شاهد الفيديو: أفضل وقت لتغيير مفصل الركبه Best Time for Knee Arthroplasty. فتحي درويش (يوليو 2022).


تعليقات:

  1. Fenrijora

    هذه العبارة اللامعة تسقط بالمناسبة

  2. Bemabe

    الجواب السلطوي المغري ...

  3. Jalal

    نقاط يحب ذلك))

  4. Faegis

    يمكنني التحدث كثيرًا حول هذا الموضوع.

  5. Vudor

    يتفق معك تمامًا. الفكرة الممتازة ، تتفق معك.

  6. Kejind

    إنها توافق ، رسالة مفيدة إلى حد ما



اكتب رسالة